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万見
- PDB-5x4b: Crystal Structure of N-terminal G-domain of EngA from Bacillus su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x4b
タイトルCrystal Structure of N-terminal G-domain of EngA from Bacillus subtilis
要素GTPase Der
キーワードHYDROLASE / Ribosome biogenesis / Rossmann fold / GTPase / GDP
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome biogenesis / ribosome binding / GTP binding
類似検索 - 分子機能
EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / GTP-binding protein EngA / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Small GTP-binding protein domain / K homology domain-like, alpha/beta / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / GTP-binding protein EngA / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Small GTP-binding protein domain / K homology domain-like, alpha/beta / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / GTPase Der
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Singh, V. / Prakash, B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of N-terminal G-domain of EngA from Bacillus subtilis
著者: Singh, V. / Prakash, B.
履歴
登録2017年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年5月31日ID: 4KYU
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase Der
B: GTPase Der
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,63110
ポリマ－35,5562
非ポリマー1,0758
水4,612256
1
A: GTPase Der
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3636
ポリマ－17,7781
非ポリマー5855
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7030 Å2
手法PISA
2
B: GTPase Der
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2694
ポリマ－17,7781
非ポリマー4903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.260, 43.750, 50.710
Angle α, β, γ (deg.)66.880, 79.880, 70.820
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GTPase Der / GTP-binding protein EngA


分子量: 17778.025 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-163 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: der, engA, yphC, BSU22840 / プラスミド: PQE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: P50743

-
非ポリマー , 5種, 264分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NH4Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.65 Å / Num. obs: 46098 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.649 % / Biso Wilson estimate: 20.947 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rrim(I) all: 0.025 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 45.45 / Num. measured all: 214315 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.84.7150.06224.218784621290186300.9970.06987.5
1.8-24.6870.03142.4733917796172360.9990.03490.9
2-2.24.6570.02353.8722805528348970.9990.02692.7
2.2-2.64.5880.0261.5227298631759500.9990.02294.2
2.6-2.84.5570.01867.1384081939184510.0295.2
2.8-34.5440.01768.816321145013910.9990.0295.9
3-3.74.5160.01674.24128992949285610.01896.8
3.7-3.84.5320.01580.49112424924810.01799.6
3.8-3.94.5510.01485.25110625524310.01695.3
3.9-44.4980.01483.7691320820310.01697.6
4-4.54.5280.01486.56349678277210.01698.7
4.5-64.4910.01483.8448141092107210.01698.2
6-84.4340.01681.28197345344510.01898.2
8-104.5470.01380.2277317417010.01597.7
10-124.5520.01183.92305696710.01397.1
12-154.370.01777.15201474610.01997.9
15-204.2960.01477.1116282710.01696.4
19.65-2023

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.951 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1809 2305 5 %RANDOM
Rwork0.1528 ---
obs0.1542 43793 91.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.09 Å2 / Biso mean: 15.674 Å2 / Biso min: 1.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å2-0.17 Å2-0.32 Å2
2---0.42 Å20.25 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2224 0 62 256 2542
Biso mean--11.91 27.38 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0192339
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4421.9883195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.16434869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.615298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8924.554101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28915348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1131512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02477
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 157 -
Rwork0.156 2991 -
all-3148 -
obs--85.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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