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- PDB-5x3t: VapBC from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x3t
タイトルVapBC from Mycobacterium tuberculosis
要素
  • Antitoxin VapB26
  • Ribonuclease VapC26
キーワードANTITOXIN/TOXIN / TA system / ANTITOXIN-TOXIN complex / RIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of growth / negative regulation of growth / RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
PIN domain / Ribbon-helix-helix protein, CopG / VapC family / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Ribbon-helix-helix / PIN domain / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin VapB26 / Ribonuclease VapC26
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kang, S.M. / Kim, D.H. / Yoon, H.J. / Lee, B.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Functional details of the Mycobacterium tuberculosis VapBC26 toxin-antitoxin system based on a structural study: insights into unique binding and antibiotic peptides.
著者: Kang, S.M. / Kim, D.H. / Lee, K.Y. / Park, S.J. / Yoon, H.J. / Lee, S.J. / Im, H. / Lee, B.J.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin VapB26
C: Antitoxin VapB26
E: Antitoxin VapB26
G: Antitoxin VapB26
B: Ribonuclease VapC26
D: Ribonuclease VapC26
F: Ribonuclease VapC26
H: Ribonuclease VapC26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0739
ポリマ－98,0498
非ポリマー241
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22770 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area34270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.221, 64.221, 216.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Antitoxin VapB26


分子量: 7729.558 Da / 分子数: 4 / 変異: L50M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapB26, Rv0581 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O53778
#2: タンパク質
Ribonuclease VapC26 / RNase VapC26 / Toxin VapC26


分子量: 16782.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapC26, Rv0582 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O53779, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 49908 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24.6 % / Net I/σ(I): 70.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→30.78 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.22
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 2449 4.92 %
Rwork0.208 --
obs0.21 49804 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→30.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6104 0 1 65 6170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1788368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6722270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061102
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6527-2.70690.3931300.26932786X-RAY DIFFRACTION99
2.7069-2.76570.34351480.25132812X-RAY DIFFRACTION100
2.7657-2.830.29791320.24812781X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.90070.35151340.26192810X-RAY DIFFRACTION100
2.9007-2.97910.31371500.26192757X-RAY DIFFRACTION100
2.9791-3.06660.32411390.27092860X-RAY DIFFRACTION100
3.0666-3.16550.29761480.25092778X-RAY DIFFRACTION100
3.1655-3.27850.28561260.23952802X-RAY DIFFRACTION100
3.2785-3.40970.30911580.24012810X-RAY DIFFRACTION100
3.4097-3.56460.26581140.2382834X-RAY DIFFRACTION100
3.5646-3.75220.26661320.26472764X-RAY DIFFRACTION99
3.7522-3.98690.23221830.21972660X-RAY DIFFRACTION96
3.9869-4.2940.16711490.17912790X-RAY DIFFRACTION100
4.294-4.72470.18581460.1592774X-RAY DIFFRACTION100
4.7247-5.40520.19481610.17432770X-RAY DIFFRACTION100
5.4052-6.79780.26261670.2022771X-RAY DIFFRACTION100
6.7978-30.78250.15881320.14492796X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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