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万見
- PDB-5x3d: Crystal structure of HEP-CMP-bound form of cytidylyltransferase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x3d
タイトルCrystal structure of HEP-CMP-bound form of cytidylyltransferase (CyTase) domain of Fom1 from Streptomyces wedmorensis
要素Phosphoenolpyruvate phosphomutase
キーワードTRANSFERASE / Cytidylyltransferase / Nucleotidyltransferase / fosfomycin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxyethylphosphonate cytidylyltransferase / phosphoenolpyruvate mutase / phosphoenolpyruvate mutase activity / antibiotic biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate phosphomutase, core / : / Phosphoenolpyruvate phosphomutase / ICL/PEPM domain / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7XL / Fosfomycin biosynthesis bifunctional protein Fom1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces wedmorensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Tomita, T. / Cho, S.H. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Fosfomycin Biosynthesis via Transient Cytidylylation of 2-Hydroxyethylphosphonate by the Bifunctional Fom1 Enzyme
著者: Cho, S.H. / Kim, S.Y. / Tomita, T. / Shiraishi, T. / Park, J.S. / Sato, S. / Kudo, F. / Eguchi, T. / Funa, N. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T.
履歴
登録2017年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate phosphomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2492
ポリマ－17,8171
非ポリマー4311
水1,31573
1
A: Phosphoenolpyruvate phosphomutase
ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate phosphomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4974
ポリマ－35,6352
非ポリマー8622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area1430 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.909, 71.909, 109.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate phosphomutase / Fom1


分子量: 17817.314 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytidylyltransferase domain, UNP residues 1-139 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces wedmorensis (バクテリア)
遺伝子: Fom1(N) / プラスミド: pHis8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P96074
#2: 化合物 ChemComp-7XL / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-(2-hydroxyethyl)phosphinic acid


分子量: 431.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N3O11P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 4.3 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97908, 0.97927, 0.96404
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979081
20.979271
30.964041
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 13233 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.9 % / Net I/σ(I): 63.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.93→30.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.993 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23376 649 4.9 %RANDOM
Rwork0.19111 ---
obs0.19307 12523 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.93→30.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数994 0 27 73 1094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.991424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0713.0082309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2885125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.10322.82646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.15415170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6891510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4013.175503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3793.167502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2624.736627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2614.745628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3193.587540
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3183.587540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0015.228798
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.31626.1281213
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.22725.9391192
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 57 -
Rwork0.226 876 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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