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万見
- PDB-5x2u: Direct Observation of Conformational Population Shifts in Hemoglo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x2u
タイトルDirect Observation of Conformational Population Shifts in Hemoglobin: Crystal Structure of Half-Liganded Hemoglobin after Adding 80 mM phosphate pH 6.7.
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Hemoglobin / Allostery / Allosteric proteins / Oxygen binding / Bezafibrate
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / Late endosomal microautophagy / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / regulation of blood pressure / platelet aggregation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II) / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Ohki, M. / Park, S.-Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Direct observation of conformational population shifts in crystalline human hemoglobin.
著者: Shibayama, N. / Ohki, M. / Tame, J.R.H. / Park, S.Y.
履歴
登録2017年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,65824
ポリマ－186,24312
非ポリマー7,41512
水00
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5538
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,4724
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5538
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,4724
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5538
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,4724
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)228.886, 55.812, 139.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HNI / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II)


分子量: 619.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4NiO4
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.7 / 詳細: 17%(w/v) PEG 3350, pH 7.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 57084 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 61.52 Å2 / Net I/σ(I): 15.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.53→39.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.908 / SU Rfree Blow DPI: 0.326 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 2891 5.07 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 57071 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.098 Å20 Å2-3.8907 Å2
2---6.8515 Å20 Å2
3----3.2464 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.53→39.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13032 0 516 0 13548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113973HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0419167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4367SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes258HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2165HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13973HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1680SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15576SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 164 4.66 %
Rwork0.281 3354 -
all0.283 3518 -
obs--82.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.99230.1257-2.290.01610.51470.9617-0.06040.15670.1292-0.00850.0356-0.07190.04060.21550.0248-0.12270.0221-0.01130.20350.0968-0.073454.409532.706314.016
24.7575-0.02840.58730.7182-0.25782.9364-0.0957-0.33340.0962-0.072-0.06120.07360.13680.02750.1569-0.04340.04870.0106-0.0999-0.0329-0.021334.916331.269628.428
3-0.07-0.4584-0.08931.4355-0.1642.2637-0.01020.10120.0966-0.0085-0.13410.0142-0.09160.04140.1443-0.0431-0.0533-0.1210.06090.12070.009528.090542.6886-0.4762
40.35250.77862.06881.82031.27813.27080.02380.1278-0.0748-0.0428-0.03630.08810.19720.05210.01250.035-0.02310.08340.0706-0.148-0.100130.230618.2692-0.7299
52.82150.1222-2.41560-0.44541.5370.014-0.1581-0.00740.041-0.05070.18250.0047-0.09070.0367-0.0657-0.10820.13980.1664-0.1704-0.0149-4.41134.988854.0081
62.88770.15940.17893.03620.89431.95970.0635-0.22860.0731-0.060.0321-0.0236-0.06420.1149-0.0956-0.0301-0.03550.0637-0.0634-0.0242-0.052117.3378.462943.4288
72.88330.2002-0.51581.72730.66251.38510.01050.0412-0.10420.0517-0.0937-0.00170.1162-0.1590.0832-0.08010.0097-0.1345-0.1222-0.04480.1718-0.2658-13.390328.4626
82.9355-1.5221.39741.8434-1.00020.6310.00590.06740.1377-0.0758-0.04720.0949-0.0966-0.03180.0413-0.0890.1568-0.1573-0.056-0.04580.1551-7.74929.10822.6435
91.12541.2916-0.57082.6205-0.76430.72560.0170.09270.10230.00050.0464-0.0596-0.06040.0294-0.0634-0.0313-0.00880.09140.01950.12190.017525.782339.791371.9394
103.3283-1.04390.67380.5328-1.79751.096-0.00510.0127-0.10620.1068-0.0195-0.10310.04720.03210.02450.04250.0197-0.0773-0.0772-0.0425-0.022228.530117.493181.995
110.67961.12420.056201.22472.5142-0.0218-0.13780.05130.07570.0334-0.00650.02520.0038-0.0115-0.12970.02790.01590.1358-0.1102-0.007114.162437.3229101.1791
124.0031-1.1075-0.36350.61110.35350.07170.00440.0453-0.0229-0.0549-0.0290.03960.0136-0.06720.0246-0.1289-0.02930.09070.05750.00920.0463-2.036532.023183.4898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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