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- PDB-5x2t: Direct Observation of Conformational Population Shifts in Hemoglo... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x2t | ||||||
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Title | Direct Observation of Conformational Population Shifts in Hemoglobin: Crystal Structure of Half-Liganded Hemoglobin after Adding 4 mM bezafibrate pH 7.2. | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / Hemoglobin / Allostery / Allosteric proteins / Oxygen binding / Bezafibrate | ||||||
Function / homology | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ohki, M. / Park, S.-Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Direct observation of conformational population shifts in crystalline human hemoglobin. Authors: Shibayama, N. / Ohki, M. / Tame, J.R.H. / Park, S.Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 675.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 568.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 64.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 82.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15150.353 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 15890.198 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Chemical | ChemComp-HNI / #4: Chemical | ChemComp-HEM / #5: Chemical | ChemComp-PEM / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 7.7 / Details: 17%(w/v) PEG 3350, pH 7.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 23, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.64→50 Å / Num. obs: 48972 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 72.02 Å2 / Net I/σ(I): 11.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.64→48.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Rfactor Rfree error: 0 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.372
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Displacement parameters | Biso mean: 76.37 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.43 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.64→48.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.64→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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