[日本語] English
万見
- PDB-5x29: NMR structure of the SARS Coronavirus E protein pentameric ion channel -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x29
タイトルNMR structure of the SARS Coronavirus E protein pentameric ion channel
要素Envelope small membrane protein
キーワードVIRAL PROTEIN / membrane protein / envelope protein / ion channel / pentamer
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / host cell Golgi membrane / Maturation of protein E / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses ...SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / viral budding from Golgi membrane / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / host cell Golgi membrane / Maturation of protein E / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human SARS coronavirus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Torres, J. / Surya, W. / Li, Y.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of EducationRG 51/13 シンガポール
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles
著者: Surya, W. / Li, Y. / Torres, J.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年7月4日Group: Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: citation / citation_author / entity_poly
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope small membrane protein
B: Envelope small membrane protein
C: Envelope small membrane protein
D: Envelope small membrane protein
E: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0185
ポリマ－45,0185
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6250 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area22590 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

-
要素

#1: タンパク質
Envelope small membrane protein / sM protein


分子量: 9003.540 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 8-65 / 変異: C40A, C43A, C44A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (ウイルス)
遺伝子: E, sM, 4 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P59637

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic13D HNCA
132isotropic13D HN(CO)CA
142isotropic13D (H)CCH-TOCSY
152isotropic13D 1H-15N NOESY
172isotropic12D 1H-13C HSQC
162isotropic13D 1H-13C NOESY
183isotropic13D 1H-15N NOESY
194isotropic13D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle10.67 mM [U-99% 15N] Envelope small membrane protein, 200 mM LMPG, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
micelle20.67 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Envelope small membrane protein, 200 mM LMPG, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O15N13C_sample95% H2O/5% D2O
micelle30.67 mM [U-99% 15N, U-99% 2H] Envelope small membrane protein, 200 mM LMPG, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O15N2H_sample95% H2O/5% D2O
micelle40.33 mM [U-99% 13C] Envelope small membrane protein, 0.33 mM [U-99% 15N, U-99% 2H] Envelope small membrane protein, 200 mM LMPG, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O15N2H+13C_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.67 mMEnvelope small membrane protein[U-99% 15N]1
200 mMLMPGnatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.67 mMEnvelope small membrane protein[U-99% 13C; U-99% 15N]2
200 mMLMPGnatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
0.67 mMEnvelope small membrane protein[U-99% 15N, U-99% 2H]3
200 mMLMPGnatural abundance3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
0.33 mMEnvelope small membrane protein[U-99% 15N, U-99% 2H]4
200 mMLMPGnatural abundance4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
HADDOCK2.2Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 / 詳細: Calculation of pentamer structure
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 16

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る