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Yorodumi- PDB-5x15: Crystal structure of Streptomyces coelicolor RraAS2, an unusual m... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x15 | ||||||
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Title | Crystal structure of Streptomyces coelicolor RraAS2, an unusual member of the RNase ES inhibitor RraA protein family | ||||||
Components | Putative transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE INHIBITOR / Rnase ES inhibitor / Streptomyces coelicolor / RraAS2 / RraA protein family / TRANSFERASE | ||||||
Function / homology | Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like protein / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like superfamily / Aldolase/RraA / oxaloacetate decarboxylase / oxaloacetate decarboxylase activity / transferase activity / Oxaloacetate decarboxylase Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.094 Å | ||||||
Authors | Park, N. / Jo, I. / Ha, N.-C. | ||||||
Citation | Journal: J. Microbiol. / Year: 2017 Title: Crystal structure of Streptomyces coelicolor RraAS2, an unusual member of the RNase E inhibitor RraA protein family Authors: Park, N. / Heo, J. / Song, S. / Jo, I. / Lee, K. / Ha, N.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5x15.cif.gz | 245 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5x15.ent.gz | 202.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5x15.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5x15_validation.pdf.gz | 448 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5x15_full_validation.pdf.gz | 458.5 KB | Display | |
Data in XML | 5x15_validation.xml.gz | 23 KB | Display | |
Data in CIF | 5x15_validation.cif.gz | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/5x15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/5x15 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29551.135 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (bacteria) Strain: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / Gene: SCO7163 / Plasmid: pET-15b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9FBS9 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.1M NaCl, 0.1M bis-Tris propane, PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1.2823 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2823 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.09→50 Å / Num. obs: 13795 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 36.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.15 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 826 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.094→48.457 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.55 / Phase error: 32.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.094→48.457 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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