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- PDB-5x0z: Crystal structure of FliM-SpeE complex from H. pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x0z
タイトルCrystal structure of FliM-SpeE complex from H. pylori
要素
  • Flagellar motor switch protein (FliM)
  • Polyamine aminopropyltransferase
キーワードTRANSFERASE/MOTOR PROTEIN / flagellar motor / H. pylori / motility / TRANSFERASE-MOTOR PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spermidine synthase / polyamine biosynthetic process / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / cytoskeletal motor activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CheC-like / Chemotaxis protein chec / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / Spermidine synthase, tetramerisation domain / CheC-like superfamily / Spermidine/spermine synthases / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term ...CheC-like / Chemotaxis protein chec / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / Spermidine synthase, tetramerisation domain / CheC-like superfamily / Spermidine/spermine synthases / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Polyamine aminopropyltransferase / Flagellar motor switch protein FliM
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, H. / Au, S.W.N.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号
The Research Grants Council 香港
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / : 2017
タイトル: A putative spermidine synthase interacts with flagellar switch protein FliM and regulates motility in Helicobacter pylori
著者: Zhang, H. / Lam, K.H. / Lam, W.W.L. / Wong, S.Y.Y. / Chan, V.S.F. / Au, S.W.N.
履歴
登録2017年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyamine aminopropyltransferase
B: Polyamine aminopropyltransferase
C: Polyamine aminopropyltransferase
D: Polyamine aminopropyltransferase
E: Flagellar motor switch protein (FliM)
F: Flagellar motor switch protein (FliM)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,2587
ポリマ-167,0686
非ポリマー1891
1,56787
1
A: Polyamine aminopropyltransferase
B: Polyamine aminopropyltransferase
E: Flagellar motor switch protein (FliM)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7234
ポリマ-83,5343
非ポリマー1891
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Polyamine aminopropyltransferase
D: Polyamine aminopropyltransferase
F: Flagellar motor switch protein (FliM)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5343
ポリマ-83,5343
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)184.314, 184.314, 157.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質
Polyamine aminopropyltransferase / Spermidine synthase / Putrescine aminopropyltransferase / PAPT / SPDSY


分子量: 30729.744 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
: 26695 / 遺伝子: speE, HP_0832 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O25503, spermine synthase, spermidine synthase
#2: タンパク質 Flagellar motor switch protein (FliM)


分子量: 22074.736 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 43-237 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
: 26695 / 遺伝子: HP_1031 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25675
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.46 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: imidazole/hydrochloric acid, sodium citrate tribasic, ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 83101 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 23.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(DEV_2621: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CMG, 4GC8
解像度: 2.7→27.05 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 3924 4.81 %
Rwork0.177 --
obs0.179 81649 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→27.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11498 0 13 87 11598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41715833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7247174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6993-2.73210.37311210.25752304X-RAY DIFFRACTION82
2.7321-2.76670.29351270.22942468X-RAY DIFFRACTION88
2.7667-2.80310.29281060.22182668X-RAY DIFFRACTION93
2.8031-2.84140.28751370.2172704X-RAY DIFFRACTION97
2.8414-2.8820.27141310.22842806X-RAY DIFFRACTION99
2.882-2.92490.25421300.22012815X-RAY DIFFRACTION100
2.9249-2.97060.30941570.22532764X-RAY DIFFRACTION100
2.9706-3.01920.27021500.21512826X-RAY DIFFRACTION100
3.0192-3.07120.27981610.20812822X-RAY DIFFRACTION100
3.0712-3.1270.24261390.20192795X-RAY DIFFRACTION100
3.127-3.1870.2461480.18972812X-RAY DIFFRACTION100
3.187-3.2520.23131340.18212806X-RAY DIFFRACTION100
3.252-3.32260.22481510.19722825X-RAY DIFFRACTION100
3.3226-3.39970.26931370.19532801X-RAY DIFFRACTION100
3.3997-3.48460.26371510.22072803X-RAY DIFFRACTION99
3.4846-3.57860.20711430.17742802X-RAY DIFFRACTION100
3.5786-3.68360.24461470.19872815X-RAY DIFFRACTION100
3.6836-3.80220.20321500.18152787X-RAY DIFFRACTION100
3.8022-3.93770.24441190.19812820X-RAY DIFFRACTION99
3.9377-4.09490.21521420.15212835X-RAY DIFFRACTION100
4.0949-4.28060.17511510.14222784X-RAY DIFFRACTION100
4.2806-4.50530.16221340.13622856X-RAY DIFFRACTION100
4.5053-4.78610.15231350.12672826X-RAY DIFFRACTION100
4.7861-5.15330.15821240.13812844X-RAY DIFFRACTION100
5.1533-5.66760.20261550.16142815X-RAY DIFFRACTION100
5.6676-6.47780.20591420.17592839X-RAY DIFFRACTION100
6.4778-8.12450.19351570.17112835X-RAY DIFFRACTION100
8.1245-27.0540.13921450.15062848X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.22640.045-0.73082.3714-0.58624.7167-0.3216-0.0172-0.66620.74780.39760.50.8841-0.021-0.06750.53020.05040.08550.22810.06810.4668-17.7086127.241812.2662
24.53610.00640.74496.08322.55919.07610.0623-0.5101-0.977-0.19180.1683-0.3340.22240.1709-0.26040.55860.0130.08710.24270.08280.5944-19.78133.230512.9736
33.4575-0.2895-0.11191.7996-0.00492.6998-0.10580.1587-0.1157-0.1243-0.04530.64140.297-0.26730.14910.3362-0.0648-0.0450.1874-0.05690.5246-30.8652141.083-0.6531
44.6822-0.1754-0.89532.3840.7081.8797-0.06480.796-0.6687-0.3171-0.17730.54010.2748-0.22010.17170.4538-0.0562-0.09330.3135-0.12340.4454-23.5093133.2963-13.3422
58.2877-4.9555-1.91972.07014.67213.0518-0.3588-0.31080.53941.1260.2343-0.1778-0.48760.3410.15790.5884-0.0031-0.04390.21270.05620.3316-3.1694127.2149.1295
61.9454-0.98880.47461.7825-3.42855.6721-0.08040.0007-0.077-0.26150.0402-0.0011-0.1293-0.04970.01050.3640.0140.03540.1812-0.05140.2596.837124.2252-0.7621
72.3504-0.46881.2051.5193-0.42112.37140.14390.73160.0735-0.6258-0.2321-0.36620.1260.50810.1180.54980.04960.18030.43580.02890.261816.9997129.6997-12.2635
85.4138-1.3755-0.10272.49890.281.4824-0.08490.25920.8035-0.2735-0.0265-0.62-0.26830.30150.07750.4429-0.0650.06390.24140.07990.412613.3674144.9347-5.9133
94.3848-0.68030.08652.83260.85571.85650.03670.59540.4216-0.398-0.1388-0.1526-0.14710.12960.11350.48850.01350.02330.28550.10990.27060.0109142.92-13.114
106.4992.81570.03597.45584.29195.1375-0.2036-0.1476-0.3716-0.9616-0.0361-0.4620.07010.58510.31650.47190.011-0.0230.27910.12790.3479-7.2836179.0237-4.2912
111.66571.4527-1.39212.2606-3.12045.8565-0.12140.1503-0.03840.21280.1565-0.00650.0582-0.1777-0.03020.3604-0.0292-0.08620.1943-0.04470.29551.5965183.8246.3667
121.23990.2967-0.06741.3657-0.45411.15220.1777-0.4117-0.06270.6013-0.1761-0.2977-0.14940.40580.0620.5342-0.0592-0.20490.37630.00250.31611.5129180.360618.6956
133.73280.7473-0.2012.0432-0.0831.36410.0748-0.1775-0.35010.3788-0.0864-0.26590.12840.23970.03680.50030.0275-0.11410.21130.06030.31733.149164.691316.0737
144.65250.9642-2.08374.55130.74374.7768-0.2202-0.24620.5466-0.8483-0.09880.9649-0.48290.0110.05410.6231-0.1211-0.11020.31340.06560.4995-15.1931179.4601-5.3004
154.51881.2027-1.14732.9536-0.10054.1468-0.11160.62761.222-0.35440.23380.1344-0.3616-0.22260.09590.6905-0.0149-0.21190.28550.08320.5403-25.7236171.5403-10.3848
162.22140.3789-0.43121.5546-0.03142.865-0.13630.01480.1016-0.0211-0.06350.669-0.1794-0.30150.1470.32890.0235-0.04540.178-0.02730.5858-32.8548160.95834.061
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182.6794-0.77522.23351.8372-0.52712.5823-0.0135-0.56560.06550.49240.24220.24290.0224-0.4911-0.19790.37050.05540.12740.37110.01780.23415.3594114.207628.78
197.32244.0512-1.42855.3702-1.5163.53250.029-0.242-0.26690.130.0764-0.1933-0.17930.1078-0.08190.25180.07210.02530.2288-0.01730.143410.6999111.159521.4674
204.4158-0.84520.8192.5923-0.08492.5492-0.0735-0.5478-0.12370.27220.24280.36020.0295-0.4243-0.17410.32160.05920.07810.35210.0940.2247-1.1924113.507426.5141
212.43440.2003-1.34571.8312-0.60412.3681-0.09720.6607-0.1876-0.5740.34030.20340.2686-0.6006-0.22540.4478-0.1246-0.13110.41390.02480.2528-0.3693192.4584-25.9074
224.6668-0.8624-1.63682.6209-0.25962.69890.060.3523-0.0993-0.29030.07230.15010.1781-0.0648-0.14220.3288-0.0386-0.06460.2534-0.00970.17376.2235192.4386-18.2202
235.9912-0.47322.5044.3906-1.85564.40860.12720.4008-0.0828-0.6280.1672-0.58530.68250.3987-0.17990.3815-0.0437-0.00280.3006-0.04230.171210.6095192.9273-17.3779
242.80250.31680.22422.5465-0.38611.5323-0.09920.164-0.0594-0.3370.30060.32560.2443-0.2839-0.20230.3816-0.1215-0.0820.31590.07190.2265-4.0524192.6895-19.5318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 30 THROUGH 47 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 48 THROUGH 129 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 130 THROUGH 262 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 16 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 17 THROUGH 67 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 68 THROUGH 129 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 130 THROUGH 189 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 190 THROUGH 262 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 16 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 17 THROUGH 67 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 68 THROUGH 129 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 130 THROUGH 262 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 16 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'D' AND (RESID 17 THROUGH 47 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'D' AND (RESID 48 THROUGH 129 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'D' AND (RESID 130 THROUGH 262 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'E' AND (RESID 47 THROUGH 133 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'E' AND (RESID 134 THROUGH 183 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'E' AND (RESID 184 THROUGH 237 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'F' AND (RESID 48 THROUGH 108 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'F' AND (RESID 109 THROUGH 133 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'F' AND (RESID 134 THROUGH 169 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'F' AND (RESID 170 THROUGH 230 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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