PDB-5x0q: OxyR2 E204G variant (Cl-bound) from Vibrio vulnificus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x0q

タイトル

OxyR2 E204G variant (Cl-bound) from Vibrio vulnificus

要素

LysR family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / LysR-type transcription regulator / LTTR / OxyR / H2O2

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Jo, I. / Ha, N.-C.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
著者: Jo, I. / Kim, D. / Bang, Y.-J. / Ahn, J. / Choi, S.H. / Ha, N.-C.

履歴

登録	2017年1月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x0q.cif.gz	195.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x0q.ent.gz	154.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b70C 5b7dSC 5x0vC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5x0v-1 5b7h-1 5b7d-1 5b7d-2 5b7h-2 1981 1975 1972 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LysR family transcriptional regulator

B: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

B: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.213, 138.232, 97.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-163- GLU
2	1	A-767- HOH

#1: タンパク質	LysR family transcriptional regulator / OxyR 分子量: 24075.781 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 86-301 / 変異: E204G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: MO6-24/O / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087I947
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium citrate (pH 6.5), 14% PEG 3350, 2mM TCEP (Tris(2carboxyethyl)phosphine), 5mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.0082 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0082 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 69247 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique all: 3289 / R_pim(I) all: 0.163 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B7D

5b7d

解像度: 1.55→19.868 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 16.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1876	3199	4.96 %
R_work	0.1549	-	-
obs	0.1565	64561	92.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.868 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3280	0	15	606	3901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3469
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.209	4729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.79	2930
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5731	0.2499	68	0.1998	1609	X-RAY DIFFRACTION	56
1.5731-1.5977	0.2407	95	0.2022	1831	X-RAY DIFFRACTION	64
1.5977-1.6239	0.2293	86	0.2097	2005	X-RAY DIFFRACTION	70
1.6239-1.6519	0.2238	113	0.2017	2205	X-RAY DIFFRACTION	77
1.6519-1.6819	0.2437	144	0.1874	2422	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6819-1.7142	0.2211	126	0.1905	2595	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7142-1.7492	0.1844	148	0.181	2690	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7492-1.7872	0.2193	141	0.1872	2761	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7872-1.8288	0.2303	160	0.1794	2834	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8288-1.8745	0.2322	140	0.1692	2821	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8745-1.9251	0.202	142	0.1606	2826	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9251-1.9817	0.1855	144	0.1475	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9817-2.0456	0.1801	152	0.1465	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0456-2.1186	0.1778	136	0.1455	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1186-2.2034	0.169	167	0.1445	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2034-2.3035	0.1788	162	0.139	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3035-2.4248	0.1871	137	0.1461	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4248-2.5764	0.189	161	0.153	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5764-2.7748	0.1787	139	0.1558	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7748-3.0532	0.1936	158	0.1569	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0532-3.4929	0.1891	148	0.1472	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4929-4.3928	0.1646	157	0.1306	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3928-19.8692	0.1585	175	0.1481	3037	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4548	-1.0614	0.616	0.6245	-0.3647	0.248	-0.0663	0.543	0.1943	-0.01	-0.0697	-0.2286	0.0267	0.242	0.0413	0.0656	-0.0012	-0.0039	0.1727	0.013	0.1327	26.3257	-6.3244	16.9387
2	1.0096	0.1707	-0.3574	0.7759	-0.1028	0.8913	-0.0593	0.015	-0.029	-0.0821	0.0151	-0.018	0.0143	-0.0258	0.0298	0.0629	-0.0102	-0.0075	0.0505	-0.0042	0.0325	6.7533	-5.9274	13.2779
3	1.0484	-0.3913	-0.0649	1.2497	-0.4407	1.2931	-0.0125	0.289	-0.0325	-0.1512	-0.0192	0.1889	-0.0889	-0.283	0.012	0.0811	-0.0002	-0.0396	0.1735	-0.0201	0.0788	-13.7755	-6.7324	13.7243
4	0.765	0.205	-0.6217	1.2649	-0.2272	0.9056	-0.1826	0.205	-0.1345	-0.2688	0.0621	-0.1383	0.1457	-0.075	0.0134	0.1129	-0.0251	-0.0148	0.1099	-0.0094	0.0396	4.8602	-10.4189	8.8891
5	3.0455	-1.6287	-0.2392	0.7323	0.0348	-0.0007	0.1046	0.3834	-0.4446	-0.0007	-0.1154	0.2585	-0.0289	-0.2171	-0.0458	0.094	-0.0159	0.013	0.1933	-0.0359	0.1785	-27.3383	-41.8194	17.6697
6	1.3953	0.4649	0.2015	0.956	-0.0079	0.6763	-0.0121	0.0541	0.0324	-0.118	-0.0033	0.05	0.0229	-0.0096	0.0096	0.0791	-0.0011	-0.0027	0.06	-0.0059	0.0501	-7.6819	-41.7122	14.3577
7	2.0651	-0.1926	-0.2967	0.3133	0.1557	1.9518	0.0358	0.269	-0.0395	-0.2866	-0.0576	-0.2027	0.233	0.1672	0.0633	0.1605	0.034	0.0767	0.1398	-0.0043	0.1376	13.212	-44.0268	9.7167
8	0.9092	0.4477	0.4601	0.9128	0.0112	0.3301	-0.0726	0.1618	0.1033	-0.1342	0.0327	0.0731	0.0139	0.0396	0.0261	0.0909	0.0007	0.0165	0.0851	0.0097	0.052	-2.1879	-37.3765	12.0323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 83 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 180 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 181 through 253 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 254 through 301 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 83 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 106 through 183 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 184 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 231 through 301 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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