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- PDB-5x0o: Regulatory domain of AphB treated with Cumene hydroperoxide from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x0o
タイトルRegulatory domain of AphB treated with Cumene hydroperoxide from Vibrio vulnificus
要素LysR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / AphB / LysR-type / transcriptional regulator / tcpPH activation
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Song, S. / Park, N. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: Mol. Cells / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Regulatory Domain of AphB from Vibrio vulnificus, a Virulence Gene Regulator
著者: Park, N. / Song, S. / Choi, G. / Jang, K.K. / Jo, I. / Choi, S.H. / Ha, N.-C.
履歴
登録2017年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR family transcriptional regulator
B: LysR family transcriptional regulator
C: LysR family transcriptional regulator
D: LysR family transcriptional regulator
E: LysR family transcriptional regulator
F: LysR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,4186
ポリマ－140,4186
非ポリマー00
水00
1
A: LysR family transcriptional regulator
B: LysR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8062
ポリマ－46,8062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
2
C: LysR family transcriptional regulator
F: LysR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8062
ポリマ－46,8062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
3
D: LysR family transcriptional regulator
E: LysR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8062
ポリマ－46,8062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.844, 189.418, 57.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
LysR family transcriptional regulator


分子量: 23402.980 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 88-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: JS86_04620 / プラスミド: pPROEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A087IWB4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 15% PEG 8000, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 51444 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/av σ(I): 13.44 / Net I/σ(I): 13.44
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Num. unique all: 2629 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000data processing
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FHK

5fhk


解像度: 2.402→45.696 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 25.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2562 2487 4.83 %
Rwork0.2086 --
obs0.211 51444 95.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→45.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9374 0 0 0 9374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55613036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6296219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4019-2.44810.327710.27841825X-RAY DIFFRACTION65
2.4481-2.4980.34761150.2762222X-RAY DIFFRACTION78
2.498-2.55240.33831250.27842379X-RAY DIFFRACTION86
2.5524-2.61170.29761120.28462657X-RAY DIFFRACTION92
2.6117-2.6770.36341330.28052643X-RAY DIFFRACTION96
2.677-2.74940.3231550.27552795X-RAY DIFFRACTION98
2.7494-2.83030.32731580.26222759X-RAY DIFFRACTION99
2.8303-2.92160.29681340.24532846X-RAY DIFFRACTION99
2.9216-3.0260.30781390.24752830X-RAY DIFFRACTION99
3.026-3.14720.26091380.23832803X-RAY DIFFRACTION100
3.1472-3.29040.2771440.22382841X-RAY DIFFRACTION100
3.2904-3.46380.26631510.21622855X-RAY DIFFRACTION100
3.4638-3.68070.25851440.19372845X-RAY DIFFRACTION100
3.6807-3.96480.24171320.18272881X-RAY DIFFRACTION100
3.9648-4.36350.21441680.16312868X-RAY DIFFRACTION100
4.3635-4.99420.17931510.1452894X-RAY DIFFRACTION100
4.9942-6.28950.21181620.18052934X-RAY DIFFRACTION100
6.2895-45.7040.22431550.17833080X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9568-2.07382.51256.7657-4.44926.2669-0.032-0.25520.07880.4359-0.319-0.4710.09730.20810.26980.2520.00640.07150.209-0.00430.23971.404959.1137-7.34
20.54660.4711-0.49992.37780.1571.96710.0036-0.270.2499-0.0452-0.1919-0.3916-0.25440.2290.08750.20220.0304-0.04710.24450.05860.303-1.682862.5729-9.937
30.9256-0.76220.62461.9837-1.32941.0250.0614-0.10790.16470.0948-0.0639-0.0799-0.01750.0320.0940.2210.01010.02550.2644-0.00330.33675.181258.72313.5668
41.87330.4938-0.1032.38580.82242.620.0948-0.4774-0.0861-0.0185-0.0019-0.23320.04780.18810.02370.18590.016-0.02720.28390.02730.307519.016347.36558.9162
52.77840.69110.06032.5474-0.54772.4509-0.1081-0.3033-0.1301-0.1279-0.11340.1384-0.0975-0.12820.06540.2310.0297-0.02630.2140.02310.24128.91745.14289.0724
61.63250.85470.89963.68530.46784.4949-0.1996-0.38440.41760.2280.10260.851-0.6914-0.4303-0.05650.22920.00590.05130.2964-0.01810.2146-6.730667.6251-3.4736
73.19251.2417-0.49392.98950.7274.19360.16270.05280.2574-0.4539-0.1134-0.0332-0.06060.3338-0.03230.27740.02080.06380.2055-0.01280.275622.166144.7499-11.8394
81.9966-0.56830.21830.81310.34870.40920.00810.3350.0863-0.1528-0.1097-0.10720.07260.11640.09770.30190.01720.04920.28440.05830.27334.540145.0452-22.374
92.2763-0.9084-1.55723.21780.56092.39120.0666-0.01190.05350.1606-0.2686-0.06230.2242-0.20630.05570.2931-0.0093-0.05090.220.05880.230649.193370.2132-3.6189
101.8989-1.6632-1.13422.09790.31662.1417-0.03880.1645-0.3654-0.0832-0.15140.17220.3521-0.36160.2060.2651-0.0997-0.01220.20020.04940.227745.858362.21721.7058
111.84170.0409-0.34532.14740.10021.9753-0.0677-0.00830.0012-0.0347-0.01920.11730.0726-0.07860.07920.2267-0.0258-0.010.20930.0040.194225.135182.68322.2525
121.6754-0.4911-0.52281.4269-0.09320.6947-0.2978-0.5985-0.05290.33080.2708-0.154-0.00230.2511-0.02150.27450.0083-0.06630.28760.00660.250553.882664.53095.6788
138.0145-2.37521.25283.38130.61813.4751-0.27990.38250.22370.1292-0.0169-0.124-0.01220.18040.24340.2873-0.0639-0.00810.2727-0.02810.122916.907412.3654-11.21
142.52460.5289-0.49446.0646-0.9551.99510.15840.1629-0.019-0.6209-0.1470.44310.1558-0.12490.02620.27320.0235-0.02610.281-0.00840.166911.31936.4623-13.4588
151.63580.2428-0.81734.88280.37723.30210.5282-0.4610.6613-0.2887-0.13120.2767-0.5571-0.2572-0.0260.26210.0288-0.00410.31610.00930.287812.150224.9055-6.2013
164.8008-0.6524-0.5121.0057-0.53270.53050.01990.0711-0.02460.04720.04-0.1574-0.0031-0.0195-0.09140.2216-0.02820.01440.1097-0.00120.145224.408213.9411-2.5397
174.62241.3402-0.8312.2269-1.73634.4582-0.0232-0.4930.72590.26810.03-0.6231-0.06380.2675-0.13730.28510.0178-0.09810.4422-0.03830.534351.181215.2989-1.996
184.9448-0.4289-3.59762.08171.77096.6630.56460.40490.902-0.1627-0.0858-0.3529-0.5844-0.58070.0730.1872-0.0195-0.050.2232-0.02470.474940.361520.3123-5.3553
191.9939-0.1433-0.40032.7307-0.28861.2716-0.01540.17620.15590.05120.1092-0.33020.011-0.0348-0.02570.2572-0.0062-0.01040.25620.03460.331139.342713.3258-8.017
202.2337-0.56151.69151.511-0.94231.4551-0.2541-0.41830.34320.04040.3685-0.1012-0.34760.21250.02970.2474-0.06290.01430.2244-0.05530.223722.436515.10231.3699
211.29241.75040.9743.60930.01844.01480.0177-0.72940.3874-0.02950.20820.14930.018-0.5102-0.18150.20880.0320.01640.20550.01540.20914.08977.3577-3.3176
222.46940.21861.05553.12680.79831.80950.3189-0.1028-0.05220.1139-0.29970.07310.0138-0.1737-0.01570.26610.0090.07370.24140.03150.276138.368922.8122-24.5253
234.1731.54130.92290.90480.67383.6776-0.3940.11220.2256-0.0857-0.0038-0.2797-0.15470.00720.24440.1695-0.00490.07160.2680.10660.322534.384427.1636-35.1033
241.9719-0.6629-0.48382.2986-0.37492.12480.1225-0.0269-0.03470.096-0.05910.0374-0.12490.0403-0.11240.1624-0.008-0.02220.2030.01860.119416.16765.6693-30.0101
251.22661.13470.35381.21960.46630.8185-0.07760.32350.1178-0.16290.1416-0.0656-0.06560.0046-0.03230.2367-0.03410.06670.34320.0430.312239.954824.0271-34.5702
263.81011.2573-1.62872.97820.77542.2697-0.0022-0.0377-0.1766-0.1502-0.041-0.0232-0.1173-0.24180.11250.2731-0.0293-0.0370.34830.0630.239123.882980.0435-16.6424
272.7667-0.2965-0.34380.18350.31290.68210.0391-0.0794-0.2118-0.0465-0.19360.07830.252-0.22770.13360.3631-0.0326-0.02170.2928-0.05080.283324.557972.9613-22.6324
282.3584-0.32360.85973.6669-0.5422.04940.0490.1151-0.0517-0.0031-0.0919-0.22610.05310.12990.00950.16440.00270.01680.17240.0160.177450.266874.116-22.2727
293.0525-0.5789-1.772.27310.32932.66120.19110.391-0.004-0.4522-0.09150.313-0.4912-0.3980.0420.34830.0344-0.06690.3020.02180.261618.051279.9081-25.5662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 90 through 106 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 137 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 171 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 172 through 228 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 229 through 261 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 262 through 288 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 90 through 152 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 153 through 288 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 88 through 116 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 117 through 160 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 161 through 261 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 262 through 288 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 90 through 106 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 107 through 127 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 128 through 137 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 138 through 173 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 174 through 185 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 186 through 201 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 202 through 256 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 257 through 269 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 270 through 288 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 90 through 137 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 138 through 160 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 161 through 256 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 257 through 288 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 89 through 116 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 117 through 167 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 168 through 261 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 262 through 288 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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