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万見
- PDB-5x03: Crystal structure of the C-terminal domain of Bacillus subtilis G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x03
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of Bacillus subtilis GabR reveals a closed conformation by the binding of gamma-aminobutyric acid, inducing the transcriptional activation
要素(HTH-type transcriptional regulatory protein GabR) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator / Aminotransferase-like domain / External Schiff base
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Park, S.A. / Lee, K.S.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of Bacillus subtilis GabR reveals a closed conformation by gamma-aminobutyric acid binding, inducing transcriptional activation
著者: Park, S.A. / Park, Y.S. / Lee, K.S.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5335
ポリマ－83,9352
非ポリマー5973
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area29450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.497, 118.497, 75.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量: 41819.957 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 108-470 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: gabR, ycnF, BSU03890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94426
#2: タンパク質 HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量: 42115.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 108-472 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: gabR, ycnF, BSU03890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94426
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.5%(w/v) polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 69052 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 14.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→37.472 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 29.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1979 2.88 %
Rwork0.1728 --
obs0.1741 68646 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5891 0 37 248 6176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1268143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4132325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076882
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.05010.29341300.24794356X-RAY DIFFRACTION86
2.0501-2.10540.30311360.23454534X-RAY DIFFRACTION90
2.1054-2.16720.24831270.22334556X-RAY DIFFRACTION90
2.1672-2.23690.26581300.21134635X-RAY DIFFRACTION92
2.2369-2.31670.25651380.20224662X-RAY DIFFRACTION93
2.3167-2.40910.23111350.19854755X-RAY DIFFRACTION94
2.4091-2.51830.23431350.20214783X-RAY DIFFRACTION95
2.5183-2.65050.25111400.19994834X-RAY DIFFRACTION96
2.6505-2.81580.2231390.19264874X-RAY DIFFRACTION96
2.8158-3.03180.23291360.194877X-RAY DIFFRACTION97
3.0318-3.33440.19891420.1674905X-RAY DIFFRACTION97
3.3344-3.8110.19791490.14344939X-RAY DIFFRACTION97
3.811-4.77980.18161460.12824950X-RAY DIFFRACTION97
4.7798-15.91510.18651450.15054937X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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