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万見
- PDB-5wzf: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis VapC20 (Rv2549c),... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wzf
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis VapC20 (Rv2549c), Sarcin-Ricin loop cleaving toxin
要素(23S rRNA-specific endonuclease VapC20) x 2
キーワードHYDROLASE / VapC toxin / Toxin-antitoxin system / Sarcin-Ricin loop cleaving toxin / Pin-domain / Homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host process / rRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease VapC20 / PIN domain / VapC family / PIN domain / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
23S rRNA-specific endonuclease VapC20 / 23S rRNA-specific endonuclease VapC20
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Thakur, K.G. / Deep, A.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Council of Scientific and Industrial Research インド
Department of Science and Technology インド
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis VapC20 toxin and its interactions with cognate antitoxin, VapB20, suggest a model for toxin-antitoxin assembly.
著者: Deep, A. / Kaundal, S. / Agarwal, S. / Singh, R. / Thakur, K.G.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA-specific endonuclease VapC20
B: 23S rRNA-specific endonuclease VapC20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1622
ポリマ－32,1622
非ポリマー00
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.810, 59.140, 79.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 23S rRNA-specific endonuclease VapC20 / Ribonuclease VapC20 / RNase VapC20 / Toxin VapC20


分子量: 16072.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: vapC20, Rv2549c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P95004, UniProt: P0DMV7*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 23S rRNA-specific endonuclease VapC20 / Ribonuclease VapC20 / RNase VapC20 / Toxin VapC20


分子量: 16088.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: vapC20, Rv2549c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P95004, UniProt: P0DMV7*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→79.29 Å / Num. all: 23389 / Num. obs: 23389 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.075 / Rsym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 8.1 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 100456
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.8440.5261.41287232380.2940.6050.5262.595.6
1.84-1.9640.3472.11259431820.1940.3990.3473.898.5
1.96-2.094.10.2053.51250730300.1130.2350.2056.199.6
2.09-2.264.30.1355.41238728560.0710.1530.1358.8100
2.26-2.474.50.09971174826340.0520.1130.09911.599.8
2.47-2.774.50.0719.31075323740.0360.080.07114.699.7
2.77-3.24.50.06110.1960221140.0310.0690.06119.199.2
3.2-3.914.60.04812.7812017730.0240.0540.04825.698.3
3.91-5.534.60.0320.3640914000.0150.0330.0328.297.4
5.53-34.0074.40.03312.434647880.0170.0370.03327.194.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.95 Å34.01 Å
Translation5.95 Å34.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLM3.3.22データ収集
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→34.007 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1976 1166 4.99 %
Rwork0.1712 22184 -
obs0.1725 23350 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.53 Å2 / Biso mean: 25.9258 Å2 / Biso min: 10.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→34.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2048 0 0 261 2309
Biso mean---35.83 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7082887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.013737
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.82970.3171620.27622597275995
1.8297-1.92610.26461350.22572718285398
1.9261-2.04680.2311480.19562763291199
2.0468-2.20480.24621630.181327882951100
2.2048-2.42660.19131520.174927822934100
2.4266-2.77760.20691420.1722817295999
2.7776-3.4990.1811260.16382842296898
3.499-34.01290.15191380.14472877301596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.58930.76170.50363.1969-0.6533.2358-0.09190.14480.1992-0.19670.0146-0.1509-0.24150.15670.05170.1725-0.00770.01850.12830.00320.114119.09056.68585.4846
21.6331-0.476-0.08232.22030.39896.677-0.0732-0.2479-0.12690.16640.1628-0.13260.65780.5795-0.1360.11760.02250.00330.19470.01690.155120.5609-3.693100.8346
38.3431-0.2697-2.63255.11223.5117.7070.083-0.35360.43320.1599-0.0452-0.1656-0.15980.2724-0.07940.1312-0.0204-0.01270.18740.03170.164823.07843.5598102.9581
45.9452.3672-0.76075.1807-3.3499.44340.1137-0.04510.60020.01020.1911-0.0226-0.58490.2004-0.26710.1437-0.03180.00720.1882-0.01250.198829.72598.445894.8453
57.12111.91454.21187.92374.93147.37650.0375-0.04790.06480.43670.08830.05090.3076-0.1024-0.10930.12060.01290.03630.16660.01050.1206-1.16781.3837106.0805
67.6271-5.9624-0.70138.7341-2.24785.0291-0.2931-0.32240.87160.11530.5034-0.7951-0.540.0317-0.20370.24410.0193-0.01860.1644-0.06710.2955-0.466313.1484110.5889
78.90795.34571.11078.62770.5394.707-0.094-0.3816-0.16670.5218-0.1170.86520.429-0.76370.22690.26240.00470.07320.34580.00450.2167-6.86342.8829113.2712
86.85423.66410.21248.28752.68375.2274-0.10530.14450.2956-0.1370.2409-0.0378-0.13610.0826-0.11230.08690.0374-0.01050.15820.02030.11057.54194.0057104.8789
95.43421.6261-0.35768.1239-1.65555.4395-0.001-0.61970.18560.44350.07150.4446-0.0428-0.0799-0.11530.19550.00840.02590.2875-0.01110.166911.59182.8698113.4245
106.4644-3.4236-5.29232.50473.01014.7173-0.3948-0.2409-0.21490.46150.16990.20870.8286-0.28350.31860.28540.01840.0260.1875-0.00250.20465.5416-9.1696105.864
116.8557-3.27150.7324.9548-5.53728.4939-0.00840.2362-0.474-0.64270.13070.36030.5255-0.3134-0.15220.1473-0.0401-0.00630.1752-0.05370.17235.437-5.288186.7176
126.6659-0.86554.00915.8634-2.14197.5321-0.28670.46720.9442-0.14070.20720.8717-0.4889-0.40060.21040.19630.0493-0.02430.28460.06430.352-1.03575.469386.278
137.54240.1508-3.95984.59690.38626.823-0.2239-0.006-0.3815-0.0980.04820.17110.3555-0.23730.15830.0988-0.0136-0.01360.1714-0.0160.1498-1.5387-4.466596.9111
148.5288-0.774-3.14918.02970.56476.3601-0.0603-0.0540.32960.00960.0590.2961-0.391-0.2434-0.00450.10990.0014-0.02520.2892-0.0040.1774-7.70433.921498.8293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 65 )A1 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 88 )A66 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 108 )A89 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 130 )A109 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 12 )B0 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 13 through 19 )B13 - 19
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 20 through 32 )B20 - 32
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 33 through 51 )B33 - 51
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 53 through 65 )B53 - 65
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 66 through 75 )B66 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 76 through 88 )B76 - 88
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 89 through 95 )B89 - 95
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 96 through 114 )B96 - 114
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 115 through 130 )B115 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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