PDB-5wz4: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis VapC20 (Rv2549c),...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wz4

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis VapC20 (Rv2549c), Sarcin-Ricin loop cleaving toxin

要素

23S rRNA-specific endonuclease VapC20

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / VapC toxin /

Toxin-antitoxin system (トキシン-アンチトキシンシステム) / Sarcin-Ricin loop cleaving toxin / Pin-domain /

Homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

modulation by symbiont of host process / rRNA catabolic process / RNA endonuclease activity /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.775 Å

データ登録者

Thakur, K.G. / Deep, A.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis VapC20 toxin and its interactions with cognate antitoxin, VapB20, suggest a model for toxin-antitoxin assembly.
著者: Deep, A. / Kaundal, S. / Agarwal, S. / Singh, R. / Thakur, K.G.

履歴

登録	2017年1月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.3	2023年3月1日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: database_2 / entity_src_gen Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wz4.cif.gz	114.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wz4.ent.gz	91.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/5wz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/5wz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wzfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wzf-d 2a3u-d 3n31-d 3ni9-1 6afn-d 5x5m-2 6h1i-d 2zqa-d 6yrs-2 3his-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 23S rRNA-specific endonuclease VapC20

B: 23S rRNA-specific endonuclease VapC20

32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.820, 59.280, 78.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	23S rRNA-specific endonuclease VapC20 / Ribonuclease VapC20 / RNase VapC20 / Toxin VapC20 分子量: 16185.639 Da / 分子数: 2 / 変異: D5A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: vapC20, Rv2549c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P95004, UniProt: P0DMV7*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

23S rRNA-specific endonuclease VapC20 / Ribonuclease VapC20 / RNase VapC20 / Toxin VapC20

分子量: 16185.639 Da / 分子数: 2 / 変異: D5A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: vapC20, Rv2549c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P95004, UniProt: P0DMV7*PLUS,

加水分解酵素; エステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

RRCAT INDUS-2

/ ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97885 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97885 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.775→78.62 Å / Num. all: 22721 / Num. obs: 22721 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.128 / R_sym value: 0.092 / Net I/av σ(I): 6.3 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 98358

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.78-1.87	4.3	0.601	1.1	0.383	0.802	0.601	100
1.87-1.98	4.4	0.395	1.8	0.25	0.527	0.395	100
1.98-2.12	4.4	0.248	3	0.156	0.33	0.248	100
2.12-2.29	4.4	0.159	4.3	0.102	0.215	0.159	100
2.29-2.51	4.4	0.124	5.6	0.081	0.172	0.124	100
2.51-2.81	4.4	0.084	8.5	0.058	0.123	0.084	100
2.81-3.24	4.4	0.06	11.2	0.041	0.087	0.06	100
3.24-3.97	4.3	0.061	9.2	0.038	0.081	0.061	100
3.97-5.61	4.2	0.049	11.7	0.033	0.069	0.049	100
5.61-18.324	3.8	0.031	16.1	0.026	0.055	0.031	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM	0.5.8	データ収集
SCALA	3.3.22	データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.775→18.317 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 20.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	1058	4.93 %
R_work	0.1747	-	-
obs	0.1765	21466	94.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.32 Å² / B_iso mean: 17.5618 Å² / B_iso min: 3.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.775→18.317 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2038	0	0	272	2310
B_iso mean	-	-	-	28.61	-
残基数	-	-	-	-	260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2123
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.683	2889
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	314
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	371
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.392	741

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.775-1.8557	0.3203	125	0.2841	2238	2363	85
1.8557-1.9535	0.284	132	0.2399	2330	2462	88
1.9535-2.0757	0.2513	129	0.1936	2496	2625	94
2.0757-2.2357	0.2324	139	0.1734	2546	2685	96
2.2357-2.4602	0.2135	120	0.1696	2622	2742	97
2.4602-2.8151	0.1981	130	0.1732	2652	2782	98
2.8151-3.5425	0.21	130	0.1618	2697	2827	99
3.5425-18.3175	0.1612	153	0.145	2827	2980	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0	-0.0015	0.0004	0.0061	0.0043	0.0003	-0.0306	-0.047	0.0529	0.0371	0.0385	-0.0189	-0.0704	-0.1068	0.0098	0.1505	0.0514	-0.0203	0.1447	-0.0114	0.1173	22.0013	40.9118	71.437
2	0.1458	0.0727	0.0099	0.0541	-0.0472	0.2362	-0.0412	-0.0262	-0.0443	0.0991	0.0413	0.0064	0.176	-0.0792	0.0836	0.0949	-0.0171	0.0361	0.0807	0.0032	0.084	22.4374	26.3912	67.8455
3	0.02	0.0003	0.0061	0.0006	0.0018	0.0025	-0.0019	-0.0208	0.0053	-0.012	-0.0223	-0.0418	-0.0046	0.0034	-0.0048	0.0425	0.0028	0.012	0.0814	-0.0123	0.0568	34.5979	33.5215	64.7003
4	0.017	-0.0068	0.0411	0.018	-0.0374	0.1305	0.0343	-0.1549	0.1339	0.0816	0.0946	0.0466	0.0276	-0.0269	0.0421	0.1062	-0.0073	0.0336	0.132	-0.0566	0.1418	35.2482	38.2105	69.773
5	0.0139	0.0158	0.0043	0.0068	-0.0052	0.01	-0.0161	-0.0218	-0.1325	0.0947	-0.0256	-0.0358	0.0276	-0.0041	0	0.1494	-0.0024	0.0058	0.1065	-0.0024	0.1044	31.6862	20.5996	65.031
6	0.0071	-0.006	0.0016	0.0056	0.0024	0.004	0.0138	0.0626	-0.0606	-0.0638	0.0997	0.066	0.0373	-0.0166	0.0174	0.078	-0.0152	-0.0023	0.0904	-0.0181	0.0641	29.899	24.9476	46.8231
7	0.0298	-0.0082	0.0233	0.0068	-0.0176	0.0291	-0.0292	0.192	0.1338	-0.0378	-0.0359	0.1238	-0.0292	-0.0856	-0.0111	0.0552	0.0155	-0.0149	0.0914	0.0074	0.0962	25.5594	32.3824	48.2131
8	0.0318	-0.0279	0.0146	0.0354	-0.0038	0.0141	-0.004	0.0113	-0.0786	0.0372	0.0443	0.0628	0.0392	-0.073	0.0191	-0.1544	-0.134	0.0669	0.0216	0.0123	0.0772	23.422	22.9304	55.1275
9	0.0321	0.0047	0.0316	0.0181	0.0311	0.0658	-0.0496	-0.0497	-0.0788	-0.005	-0.0312	0.0463	-0.0515	0.0291	-0.0099	0.0548	-0.0132	0.008	0.1171	-0.0025	0.1024	18.8758	29.4958	59.8465
10	0.0063	0.0075	0.0004	0.0067	0.0025	0.02	0.0063	0.0514	0.0169	0.0449	0.0304	0.0078	-0.0346	-0.019	0.0022	0.0367	0.0252	0.0029	0.2406	-0.009	0.0901	14.7909	31.8156	58.803
11	0.0279	-0.0147	0.0352	0.0111	-0.0256	0.0619	-0.1852	0.1149	0.141	-0.062	0.0177	-0.1012	-0.1336	0.1404	-0.0051	0.1712	-0.0463	-0.0004	0.0524	0.0178	0.1305	49.8264	41.5874	42.2845
12	0.0039	0.0041	-0.0095	0.0366	-0.0114	0.0534	0.0379	0.0288	-0.0533	0.0038	-0.0059	-0.0499	0.1436	0.0833	0.0117	0.0797	0.0049	0.0011	0.0292	0.0112	0.0468	44.4833	29.2919	50.5228
13	0.1026	0.0676	0.0167	0.0575	0.0116	0.0201	-0.0657	0.1225	0.0939	-0.0656	0.1173	-0.0324	-0.1371	-0.0789	0.007	0.0857	0.0401	-0.0194	0.0513	0.0053	0.0668	34.3022	37.1485	44.3022
14	0.0453	-0.0122	-0.005	0.0255	0.0261	0.0396	-0.0452	-0.0682	-0.1061	0.0299	-0.0075	-0.092	0.1494	0.0561	-0.0073	0.1051	-0.0006	0.0204	0.1092	0.0067	0.0629	44.2184	25.1399	57.4065
15	0.0214	0.015	0.0139	0.0152	0.0102	0.0274	0.021	-0.1475	0.1586	0.0225	0.0268	-0.0216	0.0066	0.0587	0.0007	0.067	-0.0165	-0.0033	0.1251	-0.0844	0.1205	45.6107	36.3526	65.7301
16	0.0343	0.0011	-0.0237	0.0598	-0.0062	0.0915	-0.0734	-0.024	-0.022	0.045	0.0376	0.0174	-0.0543	0.0209	-0.051	0.0361	-0.0066	-0.0093	0.0265	-0.0219	0.0625	53.3933	34.5503	56.1875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 24 )	A	13 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 40 )	A	25 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 45 )	A	41 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 46 through 63 )	A	46 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 64 through 77 )	A	64 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 78 through 87 )	A	78 - 87
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 88 through 100 )	A	88 - 100
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 101 through 107 )	A	101 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 108 through 120 )	A	108 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 121 through 130 )	A	121 - 130
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 12 through 31 )	B	12 - 31
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 32 through 44 )	B	32 - 44
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 45 through 63 )	B	45 - 63
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 64 through 87 )	B	64 - 87
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 88 through 100 )	B	88 - 100
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 101 through 130 )	B	101 - 130

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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