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- PDB-5wxg: Structure of TAF PHD finger domain binds to H3(1-15)K4ac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wxg
タイトルStructure of TAF PHD finger domain binds to H3(1-15)K4ac
要素
  • Histone H3K4ac
  • Transcription initiation factor TFIID subunit 3
キーワードHYDROLASE / TAF3 / histone H3
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of protein location in nucleus / transcription regulator inhibitor activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation ...maintenance of protein location in nucleus / transcription regulator inhibitor activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Chromatin modifying enzymes / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / male germ cell nucleus / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / mRNA transcription by RNA polymerase II / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / p53 binding / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / nuclear membrane / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger ...Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.703 Å
データ登録者Zhao, S. / Li, H.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Kinetic and high-throughput profiling of epigenetic interactions by 3D-carbene chip-based surface plasmon resonance imaging technology
著者: Zhao, S. / Yang, M. / Zhou, W. / Zhang, B. / Cheng, Z. / Huang, J. / Zhang, M. / Wang, Z. / Wang, R. / Chen, Z. / Zhu, J. / Li, H.
履歴
登録2017年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
P: Histone H3K4ac
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2635
ポリマ－8,1082
非ポリマー1553
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.840, 52.868, 54.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1162-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / 140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription ...140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription initiation factor TFIID 140 kDa subunit / TAFII140


分子量: 7290.298 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 853-915 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5VWG9
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3K4ac


分子量: 817.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.03M magnesium chloride, 0.03M calcium chloride, 0.1M MES, 0.1M imidazole, PH6.5, 15% PEGMME 550, 15% PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 8164 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 15.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.734.50.7380.9061100
1.73-1.764.50.6570.8541100
1.76-1.794.60.5680.8831100
1.79-1.834.50.4880.895199.8
1.83-1.874.50.3870.946199.7
1.87-1.914.50.4140.926199.8
1.91-1.964.50.3450.942199.7
1.96-2.024.60.2650.9721100
2.02-2.074.60.2340.957199
2.07-2.144.60.1950.979199.5
2.14-2.224.50.1710.979199.5
2.22-2.314.60.1670.98199.1
2.31-2.414.50.1440.99199.7
2.41-2.544.50.1250.987198.3
2.54-2.74.40.1130.981198.8
2.7-2.914.40.0990.991197.6
2.91-3.24.40.0850.993196.9
3.2-3.664.40.0570.996197
3.66-4.614.30.0430.998197.2
4.61-504.30.0420.998193

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155: ???精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.703→30.344 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 789 9.69 %
Rwork0.1666 --
obs0.1695 8141 98.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.09 Å2 / Biso mean: 22.3313 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.703→30.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数561 0 3 68 632
Biso mean--18.36 30.53 -
残基数----70
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.928790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.894339
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7031-1.80980.23011030.18531233133698
1.8098-1.94960.20471410.17512121353100
1.9496-2.14570.22421360.15631205134199
2.1457-2.45610.20591300.17021237136799
2.4561-3.09390.2011220.18231234135698
3.0939-30.34880.17441570.15521231138896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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