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- PDB-5wwf: Crystal structure of hnRNPA2B1 in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wwf
タイトルCrystal structure of hnRNPA2B1 in complex with RNA
要素
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
  • RNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / HNRNP / RRM / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / miRNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / RNA transport / G-quadruplex DNA unwinding / primary miRNA processing / single-stranded telomeric DNA binding / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding ...: / miRNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / RNA transport / G-quadruplex DNA unwinding / primary miRNA processing / single-stranded telomeric DNA binding / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA transport / mRNA export from nucleus / Cajal body / pre-mRNA intronic binding / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / mRNA processing / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
hnRNP A2/B1, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A2, C-terminal / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, LC domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...hnRNP A2/B1, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A2, C-terminal / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, LC domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wu, B.X. / Su, S.C. / Ma, J.B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for the specific and multivariant recognitions of RNA substrates by human hnRNP A2/B1.
著者: Wu, B. / Su, S. / Patil, D.P. / Liu, H. / Gan, J. / Jaffrey, S.R. / Ma, J.
履歴
登録2017年1月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
B: RNA
C: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
D: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9404
ポリマ－48,9404
非ポリマー00
水1,08160
1
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
B: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4702
ポリマ－24,4702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
D: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4702
ポリマ－24,4702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.351, 38.301, 107.931
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1 / hnRNP A2/B1


分子量: 21206.969 Da / 分子数: 2 / 断片: RRMs (UNP RESIDUES 12-195) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPA2B1, HNRPA2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22626
#2: RNA鎖 RNA


分子量: 3263.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 21583 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 2.25
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EN1

5en1


解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 7.455 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25772 1081 5.2 %RANDOM
Rwork0.20255 ---
obs0.20549 19662 92.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.476 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å2-0.52 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 426 0 60 3335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0183457
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7571.8294740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13936988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0085364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.91722.987154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.08615552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4021530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2572.771443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2452.7681442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5944.1361808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5954.1391809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.483.0682014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4793.0692013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9944.4922930
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.04522.7023926
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.03822.7053924
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 55 -
Rwork0.285 985 -
obs--65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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