PDB-5wvu: Crystal structure of carboxypeptidase from Thermus thermophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wvu

タイトル

Crystal structure of carboxypeptidase from Thermus thermophilus

要素

Thermostable carboxypeptidase 1

キーワード

HYDROLASE / carboxypeptidase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxypeptidase Taq / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Okai, M. / Nagata, K. / Tanokura, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Insight into the transition between the open and closed conformations of Thermus thermophilus carboxypeptidase.
著者: Okai, M. / Yamamura, A. / Hayakawa, K. / Tsutsui, S. / Miyazono, K.I. / Lee, W.C. / Nagata, K. / Inoue, Y. / Tanokura, M.

履歴

登録	2016年12月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2017年2月22日	ID: 1WGZ
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wvu.cif.gz	311.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wvu.ent.gz	255 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wvu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wvu_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wvu_full_validation.pdf.gz	472.6 KB	表示
XML形式データ	5wvu_validation.xml.gz	53.4 KB	表示
CIF形式データ	5wvu_validation.cif.gz	75 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/5wvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/5wvu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ka4-1 6g21-d 3gzj-2 3dwc-2 6llz-d 4uyl-d 3l0q-d 5hkw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: ttk003000945.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermostable carboxypeptidase 1

B: Thermostable carboxypeptidase 1

C: Thermostable carboxypeptidase 1

ヘテロ分子

175 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thermostable carboxypeptidase 1

ヘテロ分子

A: Thermostable carboxypeptidase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thermostable carboxypeptidase 1

C: Thermostable carboxypeptidase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.100, 233.700, 124.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Thermostable carboxypeptidase 1 / TthCP1 分子量: 58088.543 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLM3, carboxypeptidase Taq
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.32 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 8000, posodium chloride, magnesium chloride, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→41.245 Å / Num. obs: 75787 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 6.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.6→41.245 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	3798	5.02 %
R_work	0.1901	-	-
obs	0.1924	75730	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.245 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12336	0	27	224	12587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	12710
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.245	17249
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.302	7550
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2289

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5998-2.6327	0.331	131	0.2533	2592	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6327-2.6674	0.2849	132	0.2402	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6674-2.7039	0.2734	141	0.2333	2595	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7039-2.7425	0.2821	135	0.2344	2608	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7425-2.7835	0.3353	123	0.2505	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7835-2.8269	0.3062	154	0.2483	2606	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8269-2.8733	0.2854	141	0.2453	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8733-2.9228	0.299	152	0.2422	2606	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9228-2.9759	0.3031	126	0.2399	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9759-3.0332	0.2874	147	0.2361	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0332-3.0951	0.2934	139	0.2213	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0951-3.1623	0.29	133	0.2338	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1623-3.2359	0.2898	153	0.2282	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2359-3.3168	0.2827	136	0.2292	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3168-3.4064	0.2734	153	0.2132	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4064-3.5066	0.2361	123	0.1985	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5066-3.6197	0.2141	137	0.1896	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6197-3.749	0.2233	142	0.1788	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.749-3.899	0.2234	118	0.1899	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.899-4.0763	0.2472	137	0.1884	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0763-4.291	0.2404	137	0.1727	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
4.291-4.5595	0.1861	138	0.1499	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5595-4.911	0.1605	152	0.1375	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.911-5.4043	0.2014	169	0.1471	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4043-6.184	0.2241	155	0.1659	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
6.184-7.7826	0.1791	138	0.158	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7826-41.2502	0.1832	156	0.1632	2802	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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