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- PDB-5wut: Crystal structure of laminarinase from Flavobacterium sp. UMI-01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wut
タイトルCrystal structure of laminarinase from Flavobacterium sp. UMI-01
要素ULam111
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / laminarinase / glycosidic bond / thermostability (耐熱性) / b-jelly roll fold
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-1,3-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Qin, H.M. / Miyakawa, Y. / Nakamura, A. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science, and Technology 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of laminarinase from Flavobacterium sp. UMI-01
著者: Qin, H.M. / Miyakawa, Y. / Nakamura, A. / Tanokura, M.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ULam111
B: ULam111


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1692
ポリマ－54,1692
非ポリマー00
水12,070670
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.630, 80.880, 109.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ULam111


分子量: 27084.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flavobacterium sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y1CVU5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.6), 30% (w/v) polyethylene glycol 4000, and 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 76300 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 25.71
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PHENIXデータ削減
PHENIXデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→40.44 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 3833 5.03 %
Rwork0.1758 --
obs0.1773 76276 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3748 0 0 670 4418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.185246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9861388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62020.21041390.18662676X-RAY DIFFRACTION100
1.6202-1.64160.2361250.192648X-RAY DIFFRACTION100
1.6416-1.6640.21451450.17572622X-RAY DIFFRACTION100
1.664-1.68780.23811440.18612652X-RAY DIFFRACTION100
1.6878-1.7130.22091330.18092668X-RAY DIFFRACTION100
1.713-1.73980.2251460.17662649X-RAY DIFFRACTION100
1.7398-1.76830.24241330.18682680X-RAY DIFFRACTION100
1.7683-1.79880.24321300.18822660X-RAY DIFFRACTION100
1.7988-1.83150.22531290.18432635X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.86670.21991370.19112672X-RAY DIFFRACTION100
1.8667-1.90480.22321270.1872702X-RAY DIFFRACTION100
1.9048-1.94620.22831470.18312646X-RAY DIFFRACTION100
1.9462-1.99150.21271450.17832663X-RAY DIFFRACTION100
1.9915-2.04130.21071420.17082679X-RAY DIFFRACTION100
2.0413-2.09650.19131480.17842667X-RAY DIFFRACTION100
2.0965-2.15820.19731440.17712680X-RAY DIFFRACTION100
2.1582-2.22790.21541490.17682662X-RAY DIFFRACTION100
2.2279-2.30750.22661400.18222686X-RAY DIFFRACTION100
2.3075-2.39980.21331280.18092686X-RAY DIFFRACTION100
2.3998-2.50910.22391440.18652683X-RAY DIFFRACTION100
2.5091-2.64130.18091460.1832694X-RAY DIFFRACTION100
2.6413-2.80680.1971490.18652696X-RAY DIFFRACTION100
2.8068-3.02340.22891600.192696X-RAY DIFFRACTION100
3.0234-3.32750.21331500.17712704X-RAY DIFFRACTION100
3.3275-3.80870.1951490.16242740X-RAY DIFFRACTION100
3.8087-4.79740.15461580.14022739X-RAY DIFFRACTION100
4.7974-40.45290.19821460.17522858X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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