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- PDB-5wty: Structure of Nop9 RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wty
タイトルStructure of Nop9 RNA complex
要素
  • Nucleolar protein 9
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*UP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Pumilio repeat-containing protein / RNA-binding protein / RNP / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / 90S preribosome / ribosomal small subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA binding / nucleolus ...endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / 90S preribosome / ribosomal small subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nucleolar protein 9 / NOP9-like PUF repeat domain / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleolar protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.785 Å
データ登録者Ye, K. / Wang, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Nop9 binds the central pseudoknot region of 18S rRNA
著者: Wang, B. / Ye, K.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nucleolar protein 9
A: Nucleolar protein 9
C: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*UP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*UP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,3384
ポリマ－148,3384
非ポリマー00
水1,874104
1
B: Nucleolar protein 9
D: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*UP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1692
ポリマ－74,1692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area27230 Å2
手法PISA
2
A: Nucleolar protein 9
C: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*UP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1692
ポリマ－74,1692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.503, 102.744, 114.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nucleolar protein 9 / Pumilio domain-containing protein NOP9


分子量: 68246.469 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 53-634 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: NOP9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47077
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*UP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3')


分子量: 5922.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate tribasic dihydrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.785→50 Å / Num. obs: 39356 / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 18.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.785→19.959 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1974 5.02 %
Rwork0.1765 --
obs0.1796 39356 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.785→19.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8934 482 0 104 9520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19913103
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9383701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051559
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7853-2.85470.35981130.26922142X-RAY DIFFRACTION80
2.8547-2.93170.35391320.24922634X-RAY DIFFRACTION97
2.9317-3.01770.31841550.23182707X-RAY DIFFRACTION100
3.0177-3.11470.28841440.21542686X-RAY DIFFRACTION100
3.1147-3.22560.31131620.2082694X-RAY DIFFRACTION100
3.2256-3.35420.2631460.20172713X-RAY DIFFRACTION100
3.3542-3.50610.2611390.18392702X-RAY DIFFRACTION100
3.5061-3.68980.24461190.17222749X-RAY DIFFRACTION100
3.6898-3.91940.21681520.16432694X-RAY DIFFRACTION100
3.9194-4.21940.20171360.15592735X-RAY DIFFRACTION100
4.2194-4.63910.20611310.13842756X-RAY DIFFRACTION100
4.6391-5.29940.20651360.15432717X-RAY DIFFRACTION100
5.2994-6.63570.24211510.1892734X-RAY DIFFRACTION100
6.6357-19.95980.16461580.14282719X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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