PDB-5wt5: L-homocysteine-bound NifS from Helicobacter pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wt5

タイトル

L-homocysteine-bound NifS from Helicobacter pylori

要素

Cysteine desulfurase IscS

キーワード

TRANSFERASE / Iron-sulfur cluster biogenesis / cysteine desulfurase

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / [2Fe-2S] cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Takahashi, Y.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structural snapshot of cysteine desulfurase NifS with L-cysteine in initiation of catalysis
著者: Fujishiro, T. / Nakamura, R. / Takahashi, Y.

履歴

登録	2016年12月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wt5.cif.gz	591.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wt5.ent.gz	484.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wt5_validation.pdf.gz	508.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wt5_full_validation.pdf.gz	546.3 KB	表示
XML形式データ	5wt5_validation.xml.gz	66 KB	表示
CIF形式データ	5wt5_validation.cif.gz	90.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wt6C 1ecxS 5wt2 5wt4 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kg1-1 5wt4-1 5wt6-1 6kg0-1 3h7f-d 3fsl-2 4isy-1 1ecx-2 5wt2-1 5wmi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine desulfurase IscS

B: Cysteine desulfurase IscS

C: Cysteine desulfurase IscS

D: Cysteine desulfurase IscS

ヘテロ分子

178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine desulfurase IscS

B: Cysteine desulfurase IscS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cysteine desulfurase IscS

D: Cysteine desulfurase IscS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.440, 102.320, 132.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cysteine desulfurase IscS / NifS 分子量: 44353.348 Da / 分子数: 4 / 変異: L2V, K138R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: iscS, HP_0220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O25008, cysteine desulfurase
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine / ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES/NaOH, PEG 4000, glycerol, isopropanol, L-homocysteine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射	モノクロメーター: Si double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.897→47.782 Å / Num. obs: 221285 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.91 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.0753 / R_pim(I) all: 0.04564 / Net I/σ(I): 11.91
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.7912 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 21290 / CC_1/2: 0.529 / R_pim(I) all: 0.4727 / % possible all: 99.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ECX

1ecx

解像度: 1.9→47.782 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2089	10789	5.04 %
R_work	0.1836	-	-
obs	0.1847	213980	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.782 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11308	0	36	769	12113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	11551
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.775	15648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.386	6927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.112	1804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	2008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2263	1107	0.1971	6711	21249	100
1.9216-1.9442	0.2384	365	0.1958	6693		100
1.9442-1.9679	0.2311	395	0.1908	6729		100
1.9679-1.9928	0.2241	373	0.1905	6641		100
1.9928-2.019	0.2052	349	0.1799	6812		100
2.019-2.0467	0.1817	336	0.1683	6782		100
2.0467-2.0759	0.1938	356	0.16	6656		100
2.0759-2.1069	0.1869	396	0.1606	6779		100
2.1069-2.1399	0.1724	349	0.1577	6761		100
2.1399-2.1749	0.1829	367	0.1541	6776		100
2.1749-2.2124	0.1855	370	0.1503	6716		100
2.2124-2.2527	0.1745	382	0.1465	6737		100
2.2527-2.296	0.1672	315	0.1515	6781		100
2.296-2.3429	0.1829	385	0.1468	6750		100
2.3429-2.3938	0.1554	325	0.1431	6806		100
2.3938-2.4495	0.1853	347	0.1473	6810		100
2.4495-2.5107	0.1842	382	0.1567	6714		100
2.5107-2.5786	0.1876	342	0.1553	6794		100
2.5786-2.6545	0.1768	337	0.1584	6794		100
2.6545-2.7402	0.1969	346	0.1735	6789		100
2.7402-2.8381	0.2295	329	0.1831	6857		100
2.8381-2.9517	0.2147	314	0.2025	6760		100
2.9517-3.086	0.2013	407	0.1939	6734		100
3.086-3.2487	0.239	348	0.2214	6769		100
3.2487-3.4522	0.2407	367	0.2215	6846		100
3.4522-3.7186	0.262	424	0.2197	6761		100
3.7186-4.0927	0.1977	334	0.1913	6828		100
4.0927-4.6844	0.2204	395	0.1888	6793		100
4.6844-5.9002	0.204	353	0.1799	6852		100
5.9002-47.7966	0.1979	353	0.1765	6944		99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7685	0.8152	-2.3101	1.1552	-1.5317	6.1269	0.0599	0.0147	0.0643	0.0017	0.0205	0.2184	-0.1753	-0.21	-0.142	0.122	0.0139	-0.021	0.1589	-0.0233	0.2189	-9.1159	6.946	14.0795
2	1.6313	-0.2969	-0.0263	1.6064	0.4804	1.092	0.0057	0.164	-0.2467	-0.2641	0.0044	-0.1157	0.2222	0.0521	-0.002	0.2774	-0.0103	0.0497	0.1826	-0.0231	0.2309	7.0965	-8.8172	4.1498
3	1.8755	0.5865	-0.7112	2.51	-0.7413	4.065	-0.1295	0.5097	0.1214	-0.8105	0.0294	-0.391	0.0141	0.223	0.1143	0.425	0.0298	0.086	0.3058	0.027	0.3498	1.4689	12.681	-11.3349
4	0.6724	0.3729	-0.9253	0.8594	-0.8069	3.4095	0.0334	-0.0289	0.2043	-0.0057	0.0173	0.0304	-0.1976	-0.099	-0.1181	0.2028	0.0131	0.0137	0.1428	-0.026	0.2375	0.7955	17.6456	18.5095
5	2.3256	-0.5796	0.6487	1.8133	-0.4315	1.868	0.0195	-0.3782	-0.0508	0.1568	-0.0136	-0.2314	0.0739	0.2409	-0.0048	0.19	-0.022	0.0134	0.2816	-0.0059	0.2246	17.0236	2.9208	30.0157
6	3.1676	1.0156	-2.1471	2.1416	-1.2477	5.7794	0.0449	-0.807	-0.1564	0.4885	-0.1846	0.037	0.1248	0.2042	0.1351	0.2618	0.0447	0.0046	0.392	-0.0327	0.2934	-5.2975	7.7939	44.0674
7	0.8643	0.0558	0.8901	0.6552	0.7452	4.5549	-0.0181	0.0643	-0.3236	-0.0742	0.0689	-0.0246	0.2083	0.2836	-0.0647	0.2089	0.0057	0.0171	0.166	0.0119	0.2776	50.3242	-50.0545	-47.6906
8	2.4806	-0.1848	-0.562	1.9531	0.1872	2.2707	0.0042	-0.3262	0.0923	0.1594	0.007	0.2383	-0.131	-0.3058	-0.0032	0.1908	-0.005	0.0277	0.2665	0.0174	0.217	34.2802	-35.3102	-36.2316
9	2.9868	0.5123	1.4958	1.3211	0.2399	4.4057	0.0216	-0.752	0.1644	0.371	-0.1112	0.0742	-0.1629	-0.1456	0.1005	0.2441	0.0419	0.0595	0.3989	0.0127	0.3022	54.3856	-41.1027	-23.5618
10	1.9714	0.8289	2.9576	0.5181	1.7902	6.3448	-0.2468	-0.5003	0.5429	0.4667	-0.0511	-0.2246	-0.8997	0.4649	0.1642	0.4784	-0.065	-0.0637	0.6999	-0.0286	0.426	67.5082	-36.3908	-15.4076
11	0.8106	0.428	0.7607	1.0371	1.1243	3.1529	0.0715	-0.0363	-0.1277	-0.0206	0.0058	-0.2904	0.2294	0.0933	-0.1233	0.2258	0.0134	0.0474	0.2657	0.0174	0.322	60.1542	-39.2543	-51.8805
12	2.5444	-0.264	0.8054	1.971	-0.5123	1.9286	-0.0528	0.2081	0.3781	-0.2115	-0.0042	0.1195	-0.3431	-0.0331	0.0609	0.2732	-0.0142	0.0245	0.2098	0.0308	0.2492	45.5201	-24.2614	-61.6476
13	5.5711	2.595	2.1127	4.9834	2.1419	5.1897	-0.2132	0.7707	-0.068	-0.5873	0.0823	0.3719	-0.1078	0.0415	0.1094	0.4003	0.0672	0.0516	0.3642	-0.0409	0.2934	47.4081	-46.4491	-80.3832

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 243 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 244 through 385 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 59 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 60 through 243 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 244 through 384 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 2 through 59 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 60 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 244 through 362 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 363 through 386 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 2 through 59 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 60 through 259 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 260 through 386 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)