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- PDB-5wsk: Structure of Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wsk
タイトルStructure of Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from wheat
要素
  • Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
  • Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
キーワードLYASE / Activited Rubisco / wheat
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.781 Å
データ登録者Ma, Y. / Liu, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from wheat
著者: Ma, Y. / Liu, C.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,99512
ポリマ－289,8988
非ポリマー974
水31,2021732
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)579,99024
ポリマ－579,79616
非ポリマー1948
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area95260 Å2
ΔGint-413 kcal/mol
Surface area119860 Å2
手法PISA
2
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)579,99024
ポリマ－579,79616
非ポリマー1948
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area94720 Å2
ΔGint-434 kcal/mol
Surface area119900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.720, 110.720, 200.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

-
要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit


分子量: 52963.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P11383, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small chain


分子量: 19511.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5F0E6, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 12.5% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→44.415 Å / Num. obs: 226185 / % possible obs: 98.39 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 1.34

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UZH

1uzh


解像度: 1.781→44.415 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 11328 5.01 %
Rwork0.1545 --
obs0.1562 226185 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.781→44.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17745 0 4 1732 19481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01218299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33324822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2236640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7809-1.80110.25463330.22596597X-RAY DIFFRACTION92
1.8011-1.82230.27673780.22117111X-RAY DIFFRACTION97
1.8223-1.84450.25033880.20957089X-RAY DIFFRACTION97
1.8445-1.86790.25183810.20266998X-RAY DIFFRACTION98
1.8679-1.89250.2433160.19637135X-RAY DIFFRACTION98
1.8925-1.91840.24553880.18967117X-RAY DIFFRACTION98
1.9184-1.94580.22143760.18287125X-RAY DIFFRACTION98
1.9458-1.97480.23194000.17237107X-RAY DIFFRACTION98
1.9748-2.00570.21433570.16947134X-RAY DIFFRACTION98
2.0057-2.03860.2193910.17137085X-RAY DIFFRACTION98
2.0386-2.07370.20493970.16167124X-RAY DIFFRACTION98
2.0737-2.11140.20683580.16737199X-RAY DIFFRACTION98
2.1114-2.1520.19213950.15887116X-RAY DIFFRACTION99
2.152-2.1960.19753690.15467210X-RAY DIFFRACTION99
2.196-2.24370.1973940.15097161X-RAY DIFFRACTION99
2.2437-2.29590.18023880.14657210X-RAY DIFFRACTION99
2.2959-2.35330.17193680.14397171X-RAY DIFFRACTION99
2.3533-2.41690.183470.14127255X-RAY DIFFRACTION99
2.4169-2.48810.17673620.13987203X-RAY DIFFRACTION99
2.4881-2.56840.18953680.13987246X-RAY DIFFRACTION99
2.5684-2.66010.17544010.13877204X-RAY DIFFRACTION99
2.6601-2.76660.17463880.14017219X-RAY DIFFRACTION99
2.7666-2.89250.1743710.14527198X-RAY DIFFRACTION99
2.8925-3.0450.183840.14757240X-RAY DIFFRACTION99
3.045-3.23570.19473640.15767285X-RAY DIFFRACTION99
3.2357-3.48550.18993930.1547248X-RAY DIFFRACTION99
3.4855-3.8360.15334170.14117218X-RAY DIFFRACTION100
3.836-4.39070.15743700.13257282X-RAY DIFFRACTION100
4.3907-5.53020.16443800.13967283X-RAY DIFFRACTION99
5.5302-44.4290.19064060.17637287X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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