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- PDB-5wsg: Cryo-EM structure of the Catalytic Step II spliceosome (C* comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wsg
タイトルCryo-EM structure of the Catalytic Step II spliceosome (C* complex) at 4.0 angstrom resolution
要素
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 15
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • 3'-exon-intron
  • 3'-intron-lariat
  • 5'-exon
  • 5'-intron-lariat
  • Pre-mRNA-processing protein 45
  • RNA (91-MER)
  • Saccharomyces cerevisiae S288c SNR6 snRNA
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • Syf1,Pre-mRNA-splicing factor SYF1,Syf1,Pre-mRNA-splicing factor SYF1,Syf1,Pre-mRNA-splicing factor SYF1,Syf1
  • U5 snRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Catalytic Step II spliceosome / C* spliceosome / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exon ligation / snRNA metabolic process / snRNA modification / U2-type post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step ...RNA exon ligation / snRNA metabolic process / snRNA modification / U2-type post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / nuclear mRNA surveillance / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / splicing factor binding / snRNP binding / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type spliceosomal complex / U1 snRNP / U2 snRNP / U4 snRNP / U2-type prespliceosome / poly(U) RNA binding / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / precatalytic spliceosome / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / Dual incision in TC-NER / DNA replication origin binding / U5 snRNP / U5 snRNA binding / DNA replication initiation / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / U2 snRNA binding / protein K63-linked ubiquitination / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / positive regulation of cell cycle / nuclear periphery / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / metallopeptidase activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / RNA helicase / DNA repair / mRNA binding / GTPase activity / chromatin binding / GTP binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA Binding Protein, Prp18; Chain A / Functional domain of the splicing factor Prp18 / Prp18 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Prp18 domain / cwf21 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Slt11, RNA recognition motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif ...RNA Binding Protein, Prp18; Chain A / Functional domain of the splicing factor Prp18 / Prp18 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Prp18 domain / cwf21 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Slt11, RNA recognition motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / : / : / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / PRP39 N-terminal HAT repeat / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Leucine-rich repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Small nuclear ribonucleoprotein E / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / : / Sm domain profile. / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Myb-like DNA-binding domain / LSM domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / : / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / : / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Pre-mRNA-processing factor 17 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Pre-mRNA-splicing factor PRP46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Yan, C. / Wan, R. / Bai, R. / Huang, G. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structure of a yeast step II catalytically activated spliceosome.
著者: Chuangye Yan / Ruixue Wan / Rui Bai / Gaoxingyu Huang / Yigong Shi /
要旨: Each cycle of precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing comprises two sequential reactions, first freeing the 5' exon and generating an intron lariat-3' exon and then ligating the two exons and ...Each cycle of precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing comprises two sequential reactions, first freeing the 5' exon and generating an intron lariat-3' exon and then ligating the two exons and releasing the intron lariat. The second reaction is executed by the step II catalytically activated spliceosome (known as the C* complex). Here, we present the cryo-electron microscopy structure of a C* complex from Saccharomyces cerevisiae at an average resolution of 4.0 angstroms. Compared with the preceding spliceosomal complex (C complex), the lariat junction has been translocated by 15 to 20 angstroms to vacate space for the incoming 3'-exon sequences. The step I splicing factors Cwc25 and Yju2 have been dissociated from the active site. Two catalytic motifs from Prp8 (the 1585 loop and the β finger of the ribonuclease H-like domain), along with the step II splicing factors Prp17 and Prp18 and other surrounding proteins, are poised to assist the second transesterification. These structural features, together with those reported for other spliceosomal complexes, yield a near-complete mechanistic picture on the splicing cycle.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_image_scans / entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.52025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6684
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
C: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
J: Pre-mRNA-splicing factor CWC21
O: Pre-mRNA-splicing factor PRP46
P: Pre-mRNA-processing protein 45
Q: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
R: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
S: Pre-mRNA-splicing factor CWC15
T: Pre-mRNA-splicing factor BUD31
Z: Pre-mRNA-splicing factor CWC22
B: 5'-exon
N: 5'-intron-lariat
D: U5 snRNA
E: Saccharomyces cerevisiae S288c SNR6 snRNA
L: RNA (91-MER)
M: 3'-intron-lariat
c: Pre-mRNA-splicing factor CEF1,Pre-mRNA-splicing factor CEF1,Cef1,Pre-mRNA-splicing factor CEF1
d: Pre-mRNA-splicing factor CLF1,Pre-mRNA-splicing factor CLF1,Clf1
I: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
v: Syf1,Pre-mRNA-splicing factor SYF1,Syf1,Pre-mRNA-splicing factor SYF1,Syf1,Pre-mRNA-splicing factor SYF1,Syf1
n: Pre-mRNA-processing factor 17
o: Pre-mRNA-processing factor 19
p: Pre-mRNA-processing factor 19
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-splicing factor SNT309
k: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
i: Small nuclear ribonucleoprotein E
h: Small nuclear ribonucleoprotein F
j: Small nuclear ribonucleoprotein G
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
g: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
F: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
G: Small nuclear ribonucleoprotein E
H: Small nuclear ribonucleoprotein F
K: Small nuclear ribonucleoprotein G
U: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
V: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
W: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
X: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
Y: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
b: 3'-exon-intron
e: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16
f: Pre-mRNA-splicing factor 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,090,49858
ポリマ－2,089,43745
非ポリマー1,06113
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 15種, 15分子 ACJOQRSTZcdItef

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33334
#2: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36048
#3: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Complexed with CEF1 protein 21


分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03375
#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP46 / Complexed with CEF1 protein 1 / PRP nineteen-associated complex protein 50 / PRP19-associated ...Complexed with CEF1 protein 1 / PRP nineteen-associated complex protein 50 / PRP19-associated complex protein 50 / Pre-mRNA-processing protein 46


分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12417
#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Extracellular mutant protein 2 / Synthetic lethality with U2 protein 11


分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38241
#7: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Complexed with CEF1 protein 2 / PRP19-associated complex protein 40 / Synthetic lethal with CLF1 protein 3


分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12046
#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Complexed with CEF1 protein 15


分子量: 19975.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03772
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Bud site selection protein 31 / Complexed with CEF1 protein 14


分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25337
#10: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Complexed with CEF1 protein 22


分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53333
#17: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CEF1,Pre-mRNA-splicing factor CEF1,Cef1,Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / PRP nineteen-associated complex protein 85 / PRP19-associated complex protein 85


分子量: 60160.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03654
#18: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CLF1,Pre-mRNA-splicing factor CLF1,Clf1 / Crooked neck-like factor 1 / PRP19-associated complex protein 77 / Synthetic lethal with CDC40 protein 3


分子量: 64183.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12309
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / PRP19 complex protein 31 / Synthetic lethal with CDC40 protein 2


分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53277
#23: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / PRP19-associated complex protein 25 / Synergistic to PRP19 mutation protein 309


分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06091
#34: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16


分子量: 121815.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P15938, RNA helicase
#35: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 18


分子量: 28414.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33411

-
タンパク質 , 3種, 4分子 PvkF

#5: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45


分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28004
#20: タンパク質 Syf1,Pre-mRNA-splicing factor SYF1,Syf1,Pre-mRNA-splicing factor SYF1,Syf1,Pre-mRNA-splicing factor SYF1,Syf1 / PRP19-associated complex protein 90 / Synthetic lethal with CDC40 protein 1


分子量: 78040.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04048
#24: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40018

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 BNDELMb

#11: RNA鎖 5'-exon


分子量: 4112.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#12: RNA鎖 5'-intron-lariat


分子量: 4694.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#13: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#14: RNA鎖 Saccharomyces cerevisiae S288c SNR6 snRNA


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: REF: 831416131
#15: RNA鎖 RNA (91-MER)


分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: TPG: 329136699
#16: RNA鎖 3'-intron-lariat


分子量: 7301.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#33: RNA鎖 3'-exon-intron


分子量: 4349.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

-
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 nopqr

#21: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17 / Cell division control protein 40


分子量: 52128.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40968
#22: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19


分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P32523, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 iGhHjKlUmVgW

#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12330
#26: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P54999
#27: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204
#28: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43321
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02260
#30: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06217

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U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 XY

#31: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40567
#32: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' / Looks exceptionally like U2A protein 1


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08963

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非ポリマー , 3種, 13分子

#36: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#37: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationN
配列の詳細EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(lower-case)/v(lower-case) CHAINS CORRESPONDS TO EACH UNP ...EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(lower-case)/v(lower-case) CHAINS CORRESPONDS TO EACH UNP DATABASE SEQUENCE. CHAIN c(LOWER-CASE) UNP Q03654, CHAIN d(LOWER-CASE) UNP Q12309, CHAIN v(LOWER-CASE) UNP Q04048, BUT THERE ARE UNK(UNKNOWN RESIDUES) IN THE CHAINS. THE AUTHORS DO NOT KNOW HOW THE COORDINATES OF UNK RESIDUES ALIGN WITH THE SEQUENCE. THEREFORE THE RESIDUE NUMBERS IN THE COORDINATES ARE MEANINGLESS.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast Step II Catalytically Activated Spliceosome (C* spliceosome)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#40 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
緩衝液pH: 8
詳細: 10mM Tris-HCl, pH 8.0, 75mM NaCl, 1mM Mg(OAc)2, 1mM imidazole, 0.01% NP40, 1mM TCEP, 0.5mM EGTA
試料濃度: 0.27 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影電子線照射量: 1.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27558 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01667292
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.41992391
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.20350956
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06910919
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00710707

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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