PDB-5ws8: Pyruvate kinase (PYK) from Mycobacterium tuberculosis in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ws8

タイトル

Pyruvate kinase (PYK) from Mycobacterium tuberculosis in complex with Oxalate

要素

Pyruvate kinase

キーワード

TRANSFERASE / pyruvate kinase / glycolysis / tetramer / allostery / synergism / phospho transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Zhong, W. / Cai, Q. / El Sahili, A. / Lescar, J. / Dedon, P.C.

資金援助

シンガポール, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Allosteric pyruvate kinase-based "logic gate" synergistically senses energy and sugar levels in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Zhong, W. / Cui, L. / Goh, B.C. / Cai, Q. / Ho, P. / Chionh, Y.H. / Yuan, M. / Sahili, A.E. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D. / Lescar, J. / Dedon, P.C.

履歴

登録	2016年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ws8.cif.gz	716.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ws8.ent.gz	595.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ws8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wrpSC 5ws9C 5wsaC 5wsbC 5wscC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qxl-3 6ito-d 5wsa-d 5wsb-d 4l28-d 5ws9-d 6qxl-1 1pky-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase

B: Pyruvate kinase

C: Pyruvate kinase

D: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.011, 127.011, 144.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 472 / Label seq-ID: 5 - 475

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
6
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Pyruvate kinase / PK 分子量: 51014.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pyk, pykA, Rv1617, MTCY01B2.09 / プラスミド: pYUB28b-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WKE5, pyruvate kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 12% PEG 8000, 20% glycerol, 50 mM triethanolamine-HCl (TEA) buffer pH 7.2, 100 mM KCl, 50 mM MgCl2, 5 mM oxalate, 5 mM ATP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→63.51 Å / Num. obs: 78513 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.62→2.67 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WRP

5wrp

解像度: 2.62→63.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 22.036 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.439 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21784	4011	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1734	-	-	-
obs	0.17562	74461	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.639 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.81 Å²	0.9 Å²	0 Å²
2-	-	1.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.62→63.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14008	0	28	494	14530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	14256
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.181	1.974	19352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.651	3	31924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.446	5	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.177	23.289	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.867	15	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.034	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	15972
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.094	4.133	7436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.091	4.131	7435
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.826	6.192	9288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.826	6.194	9289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.67	4.525	6820
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.651	4.52	6801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.664	6.618	10041
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.497	79.505	59645
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.479	79.396	59350
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	29210	0.06
1	2	B	29210	0.06
2	1	A	29044	0.08
2	2	C	29044	0.08
3	1	A	29016	0.07
3	2	D	29016	0.07
4	1	B	29134	0.07
4	2	C	29134	0.07
5	1	B	29158	0.07
5	2	D	29158	0.07
6	1	C	29066	0.07
6	2	D	29066	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.62→2.688 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	302	-
R_work	0.307	5575	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3523	2.2412	-1.0972	5.2417	-0.3671	2.9967	-0.1505	0.1792	0.0739	-0.2877	0.1083	0.3967	0.007	-0.5606	0.0422	0.1169	-0.1002	-0.0532	0.2266	0.0399	0.0501	24.8154	-2.8249	-31.9548
2	2.2219	-0.1474	0.4776	3.3933	2.9847	8.6132	-0.0601	0.0204	-0.3332	-0.1131	-0.0988	0.4014	0.3668	-0.968	0.1589	0.3252	-0.0466	0.0155	0.4242	0.0788	0.264	14.2911	-24.779	-9.6594
3	1.6129	0.0278	0.2567	2.5314	0.4459	3.5076	-0.1707	0.1279	-0.1961	-0.0945	0.1973	-0.0781	0.3486	0.2182	-0.0266	0.0798	-0.046	0.0062	0.1822	0.0444	0.0544	32.9794	-9.7506	-20.6548
4	8.0471	1.1323	0.458	0.6285	0.7378	3.1959	0.0085	0.3852	0.0191	-0.2984	0.1428	-0.1779	-0.0295	0.3276	-0.1512	0.3067	-0.0953	0.0789	0.3604	0.0336	0.1533	51.3587	1.4085	-35.4181
5	3.7852	-2.866	0.9162	5.4012	-0.6494	3.0904	-0.1291	-0.1853	-0.1466	0.2403	0.114	0.4171	-0.0112	-0.5291	0.0151	0.1171	0.0993	0.0492	0.2043	0.0324	0.0466	24.8074	2.8242	16.7272
6	2.1932	0.0474	-0.8513	3.27	3.096	8.4135	-0.0067	-0.05	0.3546	0.1199	-0.1378	0.3987	-0.3176	-1.0092	0.1444	0.334	0.0581	-0.0176	0.4233	0.0858	0.2816	14.2991	24.7813	-5.5704
7	1.6189	-0.1102	-0.1119	2.5649	0.5064	3.3372	-0.1712	-0.0998	0.2085	0.0953	0.212	-0.0516	-0.3553	0.2038	-0.0408	0.0766	0.0375	-0.0065	0.1759	0.0375	0.0478	32.98	9.758	5.4383
8	7.9283	-0.9346	-0.5272	0.882	0.5733	3.3006	-0.0046	-0.4088	-0.0739	0.3833	0.0918	-0.1803	-0.0315	0.3682	-0.0871	0.2637	0.0939	-0.0504	0.379	0.0437	0.1276	51.3993	-1.3764	20.2112
9	4.0286	2.8481	1.1888	5.5343	0.6064	3.2082	-0.1496	0.1572	-0.1263	-0.3376	0.0789	-0.4584	0.0483	0.6123	0.0707	0.1268	-0.0979	0.0607	0.2337	-0.0162	0.0534	102.2034	2.8224	-31.9517
10	2.3373	-0.4401	-0.3243	3.5918	-3.3875	8.9101	-0.0113	0.0427	0.3037	-0.1399	-0.1456	-0.3978	-0.3599	1.0341	0.1568	0.3179	-0.0649	-0.002	0.4352	-0.0884	0.2689	112.7051	24.7717	-9.6919
11	1.6441	0.1343	-0.283	2.5326	-0.5199	3.7949	-0.1792	0.1006	0.2074	-0.1104	0.2063	0.0678	-0.3529	-0.1894	-0.0271	0.0779	-0.0428	-0.0111	0.1728	-0.042	0.0503	94.009	9.7503	-20.656
12	8.0989	1.3759	-0.495	0.6173	-0.7465	3.2309	0.0044	0.3505	-0.0438	-0.2808	0.1291	0.1274	-0.0244	-0.3366	-0.1335	0.3568	-0.0717	-0.0817	0.3701	-0.0498	0.1513	75.6402	-1.3533	-35.4154
13	3.301	-2.3058	-0.8996	4.8515	0.7968	3.7427	-0.1914	-0.2207	0.1035	0.3192	0.1684	-0.3595	-0.0574	0.5601	0.023	0.127	0.1087	-0.0578	0.2197	-0.0395	0.0426	102.1968	-2.8274	16.7379
14	1.4622	0.5771	0.5604	3.7003	-3.3411	8.7037	-0.0042	-0.0341	-0.3361	0.0702	-0.1207	-0.4219	0.3139	0.9032	0.1249	0.3003	0.0491	0.0282	0.4088	-0.0883	0.2939	112.6871	-24.7733	-5.5339
15	1.704	-0.0653	0.2656	2.3708	-0.5593	3.4778	-0.175	-0.0987	-0.1913	0.0825	0.2163	0.0785	0.3706	-0.1856	-0.0413	0.0821	0.0394	0.0068	0.1772	-0.0448	0.0496	94.0122	-9.755	5.4343
16	7.7088	-1.1827	0.3528	0.9281	-0.6895	3.3381	-0.0204	-0.4607	-0.0026	0.3491	0.1277	0.1976	0.0322	-0.3779	-0.1072	0.2533	0.1059	0.045	0.3836	-0.0527	0.141	75.634	1.3547	20.2161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	345 - 467
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	168 - 344
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	345 - 467
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	71 - 167
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	168 - 344
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	345 - 467
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 70
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	71 - 167
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	168 - 344
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	345 - 467

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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