PDB-5ws4: Crystal structure of tripartite-type ABC transporter MacB from Ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ws4

タイトル

Crystal structure of tripartite-type ABC transporter MacB from Acinetobacter baumannii

要素

Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Multi-drug efflux transporter / ABC transporter / Drug exporter

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Murakami, S. / Okada, U. / Yamashita, E.

資金援助

日本, 4件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of tripartite-type ABC transporter MacB from Acinetobacter baumannii.
著者: Okada, U. / Yamashita, E. / Neuberger, A. / Morimoto, M. / van Veen, H.W. / Murakami, S.

履歴

登録	2016年12月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ws4.cif.gz	490 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ws4.ent.gz	404.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ws4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ws4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ws4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5ws4_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	5ws4_validation.cif.gz	60 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gkoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gko-d 5xu1-d 7arh-d 5kyu-d 2a1d-d 3efo-d 4eo4-d 6phe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB

B: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB

ヘテロ分子

145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	229.652, 229.652, 154.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB 分子量: 72272.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: macB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0D8G707, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物	ChemComp-AT4 / 5'-O-[(R)-HYDROXY(THIOPHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE / ADENOSINE 5'-O-(2-THIODIPHOSPHATE) / ADP-β-S 分子量: 443.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₉P₂S

#1: タンパク質

Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB

分子量: 72272.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: macB / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0D8G707, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

#2: 化合物

ChemComp-AT4 / 5'-O-[(R)-HYDROXY(THIOPHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE / ADENOSINE 5'-O-(2-THIODIPHOSPHATE) / ADP-β-S

分子量: 443.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₉P₂S

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 82.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 1.2M Sodium citric acid, 0.1M Sodium HEPES (pH7.2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1.75 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.75 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 46498 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.3 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 27.5
反射シェル	解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.4→49.115 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	2357	5.06 %
R_work	0.227	-	-
obs	0.2285	46498	81.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→49.115 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9770	0	54	0	9824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9948
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.819	13496
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.613	6012
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1746

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.4386	0.1707	10	0.2923	488	X-RAY DIFFRACTION	14
3.4386-3.4791	0.332	39	0.2805	899	X-RAY DIFFRACTION	26
3.4791-3.5215	0.3	59	0.2676	1230	X-RAY DIFFRACTION	36
3.5215-3.5661	0.3457	61	0.282	1413	X-RAY DIFFRACTION	41
3.5661-3.613	0.3155	96	0.2618	1617	X-RAY DIFFRACTION	47
3.613-3.6625	0.3431	90	0.2584	1844	X-RAY DIFFRACTION	54
3.6625-3.7148	0.2742	98	0.2534	2070	X-RAY DIFFRACTION	60
3.7148-3.7702	0.2527	119	0.256	2237	X-RAY DIFFRACTION	65
3.7702-3.8291	0.2914	147	0.2535	2450	X-RAY DIFFRACTION	71
3.8291-3.8918	0.2845	139	0.2589	2590	X-RAY DIFFRACTION	76
3.8918-3.9589	0.2791	195	0.2587	2749	X-RAY DIFFRACTION	81
3.9589-4.0309	0.2325	144	0.2448	2980	X-RAY DIFFRACTION	87
4.0309-4.1084	0.2492	167	0.2288	3152	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1084-4.1922	0.2551	169	0.2238	3351	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1922-4.2833	0.2453	202	0.2199	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2833-4.3829	0.2805	160	0.2151	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3829-4.4924	0.2338	196	0.2	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4924-4.6138	0.2318	205	0.1964	3433	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6138-4.7494	0.2406	184	0.1823	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7494-4.9026	0.2185	146	0.1865	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9026-5.0776	0.2554	197	0.2139	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0776-5.2807	0.2775	161	0.2085	3439	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2807-5.5207	0.2491	171	0.2263	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5207-5.8114	0.2535	170	0.2321	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8114-6.1748	0.2867	194	0.2422	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1748-6.6505	0.2601	196	0.2388	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6505-7.3178	0.2572	220	0.2282	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3178-8.3722	0.2362	207	0.2116	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3722-10.531	0.1891	186	0.1733	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
10.531-49.1198	0.3165	138	0.2848	3342	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 66.3132 Å / Origin y: 66.489 Å / Origin z: 44.3118 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0341 Å²	-0.3305 Å²	0.0755 Å²	-	0.1253 Å²	0.0192 Å²	-	-	0.103 Å²
L	0.0876 °²	-0.0579 °²	-0.0676 °²	-	0.0863 °²	-0.0354 °²	-	-	-0.011 °²
S	0.0734 Å °	-0.0061 Å °	0.0244 Å °	-0.1569 Å °	-0.0236 Å °	-0.0206 Å °	0.0237 Å °	-0.0756 Å °	0.0525 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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