PDB-5wrx: VG13P structure in LPS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wrx

タイトル

VG13P structure in LPS

要素

analogue peptide VG13P

キーワード

DE NOVO PROTEIN / ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide / endotoxin neutralisation / turn and loop-like structure

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Datta, A. / Bhunia, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Dynamic Insights into a Glycine-Mediated Short Analogue of a Designed Peptide in Lipopolysaccharide Micelles: Correlation Between Compact Structure and Anti-Endotoxin Activity.
著者: Datta, A. / Jaiswal, N. / Ilyas, H. / Debnath, S. / Biswas, K. / Kumar, D. / Bhunia, A.

履歴

登録	2016年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wrx.cif.gz	87.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wrx.ent.gz	63.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wrx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wrx_validation.pdf.gz	491.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wrx_full_validation.pdf.gz	587.2 KB	表示
XML形式データ	5wrx_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	5wrx_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wrx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zkt-d 1im1-d 1im1-1 1i6y-d 2l2y-d 2ifi-d 2n5r-d 1r8t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 36038

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: analogue peptide VG13P

1.45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	analogue peptide VG13P 分子量: 1449.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D homonuclear TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D trNOESY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1 mM Peptide VG13P, 0.1 mM TSP, 0.02 mM LPS, 55.5 M Water, 56.5 M D2O, 90% H2O/10% D2O
Label: VG13P in LPS micelle / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	Peptide VG13P	natural abundance	1
0.1 mM	TSP	natural abundance	1
0.02 mM	LPS	natural abundance	1
55.5 M	Water	natural abundance	1
56.5 M	D2O	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 0 Not defined / Label: condition_1 / pH: 4.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.05

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
TopSpin	3.1	Bruker Biospin	解析
Sparky	3.114	Goddard	chemical shift assignment

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Violated NOE distance constraints were corrected at each refinement step

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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