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- PDB-5wrj: Crystal structure of human tyrosylprotein sulfotransferase-1 comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wrj
タイトルCrystal structure of human tyrosylprotein sulfotransferase-1 complexed with PAP and gastrin peptide
要素
  • Protein-tyrosine sulfotransferase 1
  • gastrin peptide
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-tyrosine sulfotransferase / protein-tyrosine sulfotransferase activity / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / response to food / post-translational protein modification / hormone activity ...protein-tyrosine sulfotransferase / protein-tyrosine sulfotransferase activity / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / response to food / post-translational protein modification / hormone activity / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Gastrin / Protein-tyrosine sulfotransferase / Gastrin/cholecystokinin peptide hormone / Gastrin/cholecystokinin, conserved site / Gastrin/cholecystokinin family / Gastrin / cholecystokinin family signature. / gastrin / cholecystokinin / caerulein family / Sulfotransferase family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Gastrin / Protein-tyrosine sulfotransferase / Gastrin/cholecystokinin peptide hormone / Gastrin/cholecystokinin, conserved site / Gastrin/cholecystokinin family / Gastrin / cholecystokinin family signature. / gastrin / cholecystokinin / caerulein family / Sulfotransferase family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Protein-tyrosine sulfotransferase 1 / Gastrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Tanaka, S. / Nishiyori, T. / Kojo, H. / Otsubo, R. / Kakuta, Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the broad substrate specificity of the human tyrosylprotein sulfotransferase-1.
著者: Tanaka, S. / Nishiyori, T. / Kojo, H. / Otsubo, R. / Tsuruta, M. / Kurogi, K. / Liu, M.C. / Suiko, M. / Sakakibara, Y. / Kakuta, Y.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref.entity_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-tyrosine sulfotransferase 1
B: Protein-tyrosine sulfotransferase 1
C: Protein-tyrosine sulfotransferase 1
D: Protein-tyrosine sulfotransferase 1
F: gastrin peptide
H: gastrin peptide
J: gastrin peptide
L: gastrin peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,43716
ポリマ－143,6318
非ポリマー1,8068
水2,594144
1
A: Protein-tyrosine sulfotransferase 1
B: Protein-tyrosine sulfotransferase 1
F: gastrin peptide
H: gastrin peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7198
ポリマ－71,8164
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
2
C: Protein-tyrosine sulfotransferase 1
D: Protein-tyrosine sulfotransferase 1
J: gastrin peptide
L: gastrin peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7198
ポリマ－71,8164
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.668, 93.263, 93.012
Angle α, β, γ (deg.)90.60, 93.39, 103.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Protein-tyrosine sulfotransferase 1 / Tyrosylprotein sulfotransferase 1 / TPST-1


分子量: 34373.262 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 43-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPST1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60507, protein-tyrosine sulfotransferase
#2: タンパク質・ペプチド
gastrin peptide


分子量: 1534.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H15N5O10P2 / 参照: UniProt: P01350*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate trihydrate, 19.5% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 71093 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 8.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WRI

5wri


解像度: 2.31→48.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.239 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26943 3560 5 %RANDOM
Rwork0.24096 ---
obs0.2424 67464 95.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.267 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20.01 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.31→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8872 108 40 144 9164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0199426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.029141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.98612784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.563321096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.05551136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40623.392395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.746151690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8961564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1624.5834544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1624.5834543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9556.8675671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9556.8685672
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1944.6994882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1944.6994883
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.056.9817111
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.61235.45210396
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.59435.46810364
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.309→2.369 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 200 -
Rwork0.385 3735 -
obs--71.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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