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万見
- PDB-5wqw: X-ray structure of catalytic domain of autolysin from Clostridium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wqw
タイトルX-ray structure of catalytic domain of autolysin from Clostridium perfringens
要素N-acetylglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / autolysin / glycoside hydrolase 73 family
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / SH3-like domain, bacterial-type / SH3-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Tamai, E. / Sekiya, H. / Goda, E. / Makihata, N. / Maki, J. / Yoshida, H. / Kamitori, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS KAKENHIJP15K06973, JP15K08482 日本
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Structural and biochemical characterization of the Clostridium perfringens autolysin catalytic domain
著者: Tamai, E. / Sekiya, H. / Goda, E. / Makihata, N. / Maki, J. / Yoshida, H. / Kamitori, S.
履歴
登録2016年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2016年12月7日ID: 5AZM
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9497
ポリマ－30,5761
非ポリマー3726
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.320, 37.170, 64.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 N-acetylglucosaminidase / Probable surface protein


分子量: 30576.330 Da / 分子数: 1 / 断片: autolysin catalytic domain, UNP residues 871-1129 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain 13 / Type A) (ウェルシュ菌)
株: 13 / Type A / 遺伝子: CPE1231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XL11
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1M CHES PH9.5, 10% (W/V) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→42.87 Å / Num. obs: 22481 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.68 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3 / CC1/2: 0.852 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.76→42.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.09 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.111
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19249 1158 5.2 %RANDOM
Rwork0.16072 ---
obs0.16241 21323 96.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.28 Å20 Å2-0.52 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.76→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 24 121 2159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022079
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.9382809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.63334460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.095253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17424.44499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42915336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.411159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 70 -
Rwork0.224 1480 -
obs--91.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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