PDB-5wqm: Crystal structure of a carbonyl reductase from Pseudomonas aerugi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wqm

タイトル

Crystal structure of a carbonyl reductase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 (condition I)

要素

Probable dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short chain dehydrogenase/reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

carbonyl reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Li, S. / Wang, Y. / Bartlam, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure and characterization of a NAD(P)H-dependent carbonyl reductase from Pseudomonas aeruginosa PAO1.
著者: Li, S. / Teng, X. / Su, L. / Mao, G. / Xu, Y. / Li, T. / Liu, R. / Zhang, Q. / Wang, Y. / Bartlam, M.

履歴

登録	2016年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wqm.cif.gz	338.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wqm.ent.gz	278.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wqm_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wqm_full_validation.pdf.gz	467.1 KB	表示
XML形式データ	5wqm_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	5wqm_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wqnC 5wqoC 5wqpC 3wxbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tt1-1 5tt1-2 5wqn-2 4aab-d 1fbt-d 3vt0-6 1n3f-1 4aag-d 1n3e-2 3ssc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable dehydrogenase

B: Probable dehydrogenase

C: Probable dehydrogenase

D: Probable dehydrogenase

ヘテロ分子

97.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable dehydrogenase

C: Probable dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable dehydrogenase

D: Probable dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.150, 109.150, 142.345
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-301- NA
2	1	C-425- HOH
3	1	D-312- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 229 / Label seq-ID: 1 - 229

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Probable dehydrogenase 分子量: 24340.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA4079 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HWU9
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 27161 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1291 / R_pim(I) all: 0.299 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WXB

3wxb

解像度: 2.6→43.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 24.383 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.327

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23304	1981	7.5 %	RANDOM
R_work	0.18992	-	-	-
obs	0.19317	24428	97.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.153 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.35 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→43.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6532	0	2	88	6622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.014	6636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.103	1.638	8992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824	1.623	14040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.295	5	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.706	20.87	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.85	15	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.847	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	832
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.895	2.026	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.895	2.026	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.111	3.035	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.111	3.035	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.21	2.342	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.21	2.342	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.58	3.405	4656
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.007	24.401	6994
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6	24.38	6990
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6472	0.1
1	2	B	6472	0.1
2	1	A	6520	0.09
2	2	C	6520	0.09
3	1	A	6546	0.09
3	2	D	6546	0.09
4	1	B	6506	0.09
4	2	C	6506	0.09
5	1	B	6511	0.09
5	2	D	6511	0.09
6	1	C	6583	0.09
6	2	D	6583	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	130	-
R_work	0.263	1595	-
obs	-	-	88.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9239	0.5146	-0.0413	4.1159	-0.0152	1.3056	-0.0001	-0.0357	0.7366	-0.3762	0.1842	-0.6349	-0.2836	0.3897	-0.1841	0.1255	-0.0948	0.1732	0.2155	-0.1157	0.5115	33.629	-44.686	-13.854
2	3.824	-1.4113	0.7436	4.9374	-1.5086	1.9464	-0.0047	-0.8724	0.7861	0.3902	0.3136	-0.4708	-0.307	0.3023	-0.3089	0.0783	-0.0657	0.0916	0.4206	-0.3203	0.4491	31.637	-43.018	-0.046
3	4.1375	0.8518	0.0071	4.1864	-0.2786	2.0956	0.1127	-0.6853	0.499	0.0417	0.0067	-0.7541	-0.2325	0.3561	-0.1194	0.229	-0.0713	0.1095	0.2556	-0.0806	0.4101	11.247	-21.405	-18.967
4	5.9675	-1.0607	0.013	3.674	-1.1642	2.6441	-0.1086	0.3469	0.4136	-1.1476	0.073	-0.8389	0.0994	0.2476	0.0356	0.4515	-0.0922	0.2499	0.1333	0.0404	0.3224	14.391	-23.147	-32.561
5	3.5935	0.7352	-1.1652	4.3108	0.57	1.8831	-0.1688	0.118	-0.4875	-0.3067	0.0818	0.3085	0.3251	-0.0095	0.087	0.1263	0.014	0.0136	0.0725	0.0066	0.2592	15.019	-72.236	-14.126
6	4.276	-0.9672	-1.1597	2.6232	0.9168	3.8092	-0.1938	-0.5641	-0.5822	0.6496	0.1267	0.2052	0.5847	0.6782	0.0671	0.2457	0.118	0.1059	0.278	0.0993	0.2118	18.038	-75.56	-0.718
7	3.3101	1.6689	0.4793	3.3512	1.151	1.7521	0.1674	-0.5702	-0.1001	0.1943	-0.1353	0.5772	0.0403	-0.3196	-0.0322	0.2476	0.0205	0.0136	0.1861	0.1402	0.3273	-16.428	-39.734	-21.515
8	5.7281	0.8016	-0.2863	5.7117	2.4116	2.0033	-0.0015	0.0742	0.0914	-0.6484	-0.108	0.642	-0.4729	-0.0551	0.1095	0.3749	0.0094	-0.0816	0.0671	0.0762	0.2283	-18.546	-36.303	-35.149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 183
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	195 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	195 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 183
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	195 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	195 - 229

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関連情報:EMDBヘッダ

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