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- PDB-5wpu: Crystal structure HpiC1 Y101S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wpu
タイトルCrystal structure HpiC1 Y101S
要素12-epi-hapalindole C/U synthase
キーワードISOMERASE / cyclase
機能・相同性: / HpiC1 cyclase / metal ion binding / 12-epi-hapalindole C/U synthase
機能・相同性情報
生物種Fischerella sp. ATCC 43239 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Newmister, S.A. / Li, S. / Garcia-Borras, M. / Sanders, J.N. / Yang, S. / Lowell, A.N. / Yu, F. / Smith, J.L. / Williams, R.M. / Houk, K.N. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1205646 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA70375 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118101 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM076477 米国
National Science Foundation (NSF, United States)OCI-1053575 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of the Cope rearrangement and cyclization in hapalindole biogenesis.
著者: Newmister, S.A. / Li, S. / Garcia-Borras, M. / Sanders, J.N. / Yang, S. / Lowell, A.N. / Yu, F. / Smith, J.L. / Williams, R.M. / Houk, K.N. / Sherman, D.H.
履歴
登録2017年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-epi-hapalindole C/U synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6514
ポリマ－24,4491
非ポリマー2023
水5,693316
1
A: 12-epi-hapalindole C/U synthase
ヘテロ分子

A: 12-epi-hapalindole C/U synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3038
ポリマ－48,8982
非ポリマー4056
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.936, 49.622, 53.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 12-epi-hapalindole C/U synthase / HpiU5


分子量: 24449.018 Da / 分子数: 1 / 変異: Y101S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella sp. ATCC 43239 (バクテリア)
遺伝子: hpiU5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076NBW8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% MEPEG 5000, 150 mM CaCl2, 100 mM Tris pH 8.5, 5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月7日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→45.213 Å / Num. obs: 52971 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 18.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WPP

5wpp


解像度: 1.39→45.213 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1817 2623 4.96 %
Rwork0.1495 --
obs0.1512 52840 93.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.33 Å2 / Biso mean: 24.5082 Å2 / Biso min: 12.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→45.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1524 0 10 316 1850
Biso mean--36.28 40.38 -
残基数----199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7942170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.629898
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3897-1.41490.5183840.58861486157053
1.4149-1.44210.4954890.50241816190565
1.4421-1.47160.44011010.41162086218775
1.4716-1.50360.3591270.3212483261087
1.5036-1.53860.29291630.26362735289899
1.5386-1.5770.27231530.21728112964100
1.577-1.61970.23371340.198328432977100
1.6197-1.66730.20911240.177427932917100
1.6673-1.72120.16961510.135228172968100
1.7212-1.78270.21171520.13528352987100
1.7827-1.85410.16821370.121327662903100
1.8541-1.93840.16531290.123528632992100
1.9384-2.04060.15831500.124928092959100
2.0406-2.16850.18421420.130128402982100
2.1685-2.33590.18331550.141928202975100
2.3359-2.5710.17761440.142928352979100
2.571-2.94290.17031730.149328373010100
2.9429-3.70750.15631570.133528172974100
3.7075-45.23650.15771580.138729253083100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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