PDB-5wpi: The virulence-associated protein HsvA from the fire blight pathog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wpi

タイトル

The virulence-associated protein HsvA from the fire blight pathogen Erwinia amylovora is a polyamine amidinotransferase

要素

HsvA

キーワード

TRANSFERASE / amidinotransferase

機能・相同性

amidinotransferase activity / Glycine/inosamine-phosphate amidinotransferase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta / HsvA

機能・相同性情報

生物種

Erwinia amylovora (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Shanker, S. / Lawton, J.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The virulence-associated protein HsvA from the fire blight pathogen Erwinia amylovora is a polyamine amidinotransferase.
著者: Shanker, S. / Schaefer, G.K. / Barnhart, B.K. / Wallace-Kneale, V.L. / Chang, D. / Coyle, T.J. / Metzler, D.A. / Huang, J. / Lawton, J.A.

履歴

登録	2017年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wpi.cif.gz	308.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wpi.ent.gz	252.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5wpi_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wpi_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	5wpi_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	5wpi_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wpi	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2fcu-d 1q7q-2 4jdw-1 1q8a-1 1q85-2 3b8v-1 6p2l-d 3ti3-d 3jdw-1 1q85-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HsvA

B: HsvA

ヘテロ分子

90.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.543, 127.543, 92.229
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	HsvA 分子量: 45123.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Erwinia amylovora (バクテリア) / 遺伝子: hsvA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58PW8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.74 % / Mosaicity: 0.9 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 30% (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→38.03 Å / Num. obs: 38767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.93 % / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.88 % / R_merge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
d*TREK		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.3→38.03 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	1942	5.01 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.173	38762	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5953	0	12	282	6247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6157
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.879	8371
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.12	3652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	876
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1088

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3575	0.284	136	0.2331	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3575-2.4213	0.2754	150	0.2183	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4213-2.4925	0.2794	126	0.2157	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4925-2.5729	0.2966	146	0.2137	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5729-2.6649	0.2759	121	0.2157	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6649-2.7715	0.3216	152	0.2224	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7715-2.8976	0.2914	126	0.2173	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8976-3.0503	0.2734	139	0.2192	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0503-3.2414	0.2917	145	0.2042	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2414-3.4915	0.2499	130	0.1928	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4915-3.8425	0.2108	145	0.1536	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8425-4.3978	0.1738	153	0.1258	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3978-5.5381	0.1389	127	0.1181	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5381-38.0384	0.1846	146	0.1436	2760	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8042	-0.0738	0.3655	0.3011	0.155	1.9008	0.0529	-0.1235	-0.0802	0.0852	0.051	-0.0465	0.2522	0.0105	-0.1126	0.2837	0.0575	0.0032	0.3391	0.0323	0.3237	48.2043	59.4394	33.0568
2	2.6084	1.5228	1.2865	2.1291	0.8727	2.7993	0.0047	0.1874	-0.153	0.0208	0.1261	-0.3248	0.3135	0.5043	-0.1475	0.2756	0.112	0.0067	0.4692	0.0074	0.3361	58.7992	58.9193	17.3183
3	0.9753	-0.1813	0.6359	0.4823	-0.7229	1.9919	-0.0113	-0.01	-0.0062	0.0287	-0.0312	-0.108	0.1463	0.513	0.0596	0.2993	0.1044	0.002	0.4982	-0.0435	0.3627	67.2998	60.0407	33.1776
4	0.5386	-0.3129	0.1924	0.6354	-0.2885	1.5247	-0.001	0.0181	-0.0421	-0.1173	0.0445	0.0919	0.0679	-0.2111	-0.0607	0.2629	0.0203	-0.0063	0.3012	-0.0074	0.2985	33.3954	71.1338	13.3928
5	1.6068	1.3733	-0.3369	3.9642	-1.0148	2.3368	0.0057	-0.3685	0.1651	0.1844	-0.0522	0.3892	-0.1504	-0.4815	0.0051	0.2865	0.1047	0.0163	0.4965	-0.0615	0.3139	26.1651	77.3661	30.0038
6	0.6027	-1.1827	0.7478	3.8977	-0.4612	3.5059	-0.0519	-0.1744	-0.0556	0.1151	0.1881	0.343	-0.6498	-0.5777	-0.0921	0.3353	0.1053	0.0141	0.3983	-0.0104	0.3208	32.0436	84.3194	27.2772
7	2.4262	0.0914	0.4032	2.71	0.3007	2.3676	-0.0763	-0.1648	0.1445	0.0666	0.0701	0.3471	-0.4564	-0.5637	0.0324	0.3692	0.1537	0.0122	0.4039	0.0169	0.3567	23.0745	89.5411	11.6214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 172 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 173 THROUGH 220 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 221 THROUGH 366 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 172 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 173 THROUGH 220 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 221 THROUGH 253 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 254 THROUGH 366 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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