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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wp5 | |||||||||
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タイトル | Arabidopsis thaliana phosphoethanolamine N-methyltransferase 2 (AtPMT2) in complex with SAH | |||||||||
![]() | Phosphomethylethanolamine N-methyltransferase 2 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Phosphoethanolamine N-Methyltransferase / AtPMT2 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / phosphoethanolamine N-methyltransferase activity / phosphatidylcholine biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / mRNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lee, S.G. / Jez, J.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational changes in the di-domain structure of Arabidopsis phosphoethanolamine methyltransferase leads to active-site formation. 著者: Lee, S.G. / Jez, J.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 419.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 337.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56115.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NMT2, PMEAMT, At1g48600, T1N15.22/T1N15.23, T1N15_20 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q944H0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM potassium formate, 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 162824 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 37.4 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.5 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entries 4KRG & 4KRH 解像度: 1.5→30 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.52
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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