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- PDB-5wp1: Complex of ERK2 with 5,7-dihydroxychromone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wp1
タイトルComplex of ERK2 with 5,7-dihydroxychromone
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / signal-regulated kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process ...phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / Signaling by NODAL / ERKs are inactivated / Signaling by MAP2K mutants / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / response to exogenous dsRNA / MAPK1 (ERK2) activation / pseudopodium / lung morphogenesis / face development / positive regulation of telomere maintenance / Bergmann glial cell differentiation / Recycling pathway of L1 / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of ossification / MAP kinase activity / negative regulation of cell differentiation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Signal attenuation / phosphatase binding / Growth hormone receptor signaling / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Schwann cell development / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NPAS4 regulates expression of target genes / ERK1 and ERK2 cascade / phosphotyrosine residue binding / myelination / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / ESR-mediated signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thymus development / Regulation of PTEN gene transcription / Signal transduction by L1 / B cell receptor signaling pathway / response to nicotine / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Oncogene Induced Senescence / caveola / regulation of protein stability / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / long-term synaptic potentiation / chemotaxis / Interferon gamma signaling
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,7-dihydroxy-4H-1-benzopyran-4-one / BENZOIC ACID / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kurinov, I. / Malakhova, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Multiple phytochemicals at low doses accumulatively inhibit one key protein in cancers
著者: Shin, S.H. / Malakhova, M. / Kurinov, I. / Lim, D.Y. / Bode, A.M. / Dong, Z.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7964
ポリマ－41,4001
非ポリマー3963
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.685, 69.070, 59.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41399.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-B7S / 5,7-dihydroxy-4H-1-benzopyran-4-one


分子量: 178.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.1-1.3 M ammonium sulfate, 2% PEG500 MME, 0.1 M HEPES/NaOH, crystals soaked in precipitant solution containing 1.5 mM DHC in 2.5% DMSO for one week

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月3日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→60 Å / Num. obs: 236314 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.032 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / CC1/2: 0.808 / Rpim(I) all: 0.307 / Χ2: 0.49 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZXT

4zxt


解像度: 1.4→56.871 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.88
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1796 2000 2.78 %random selection
Rwork0.1413 ---
obs0.1424 71842 97.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→56.871 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2777 0 27 339 3143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8953982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6411111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4011-1.43610.26951340.24354674X-RAY DIFFRACTION91
1.4361-1.4750.25241390.21044859X-RAY DIFFRACTION95
1.475-1.51840.24631420.1834951X-RAY DIFFRACTION97
1.5184-1.56740.1931420.15794968X-RAY DIFFRACTION97
1.5674-1.62340.23851430.14354974X-RAY DIFFRACTION97
1.6234-1.68840.15991430.12634983X-RAY DIFFRACTION98
1.6884-1.76530.16171420.12024988X-RAY DIFFRACTION98
1.7653-1.85830.16091430.11565011X-RAY DIFFRACTION98
1.8583-1.97480.1491440.1155006X-RAY DIFFRACTION98
1.9748-2.12730.15271450.11925051X-RAY DIFFRACTION98
2.1273-2.34130.15591440.11975069X-RAY DIFFRACTION99
2.3413-2.68010.17531450.12865065X-RAY DIFFRACTION98
2.6801-3.37660.18081470.14575110X-RAY DIFFRACTION99
3.3766-56.91820.19091470.15715133X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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