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- PDB-5wor: Corkscrew assembly of SOD1 residues 28-38 with familial mutation G37R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wor
タイトルCorkscrew assembly of SOD1 residues 28-38 with familial mutation G37R
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-related oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / retrograde axonal transport / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / retrograde axonal transport / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of protein kinase activity / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / myeloid cell homeostasis / positive regulation of catalytic activity / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / heart contraction / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / negative regulation of reproductive process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / : / neuronal action potential / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of superoxide anion generation / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / embryo implantation / glutathione metabolic process / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / placenta development / locomotory behavior / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / Platelet degranulation / peroxisome / protein-folding chaperone binding / gene expression / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
Model detailsamyloid-related oligomer
データ登録者Sangwan, S. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)ag054022 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Atomic structures of corkscrew-forming segments of SOD1 reveal varied oligomer conformations.
著者: Sangwan, S. / Sawaya, M.R. / Murray, K.A. / Hughes, M.P. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2017年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,57514
ポリマ－13,17710
非ポリマー3984
水25214
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,15028
ポリマ－26,35320
非ポリマー7968
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-x+y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)59.615, 59.615, 98.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 1317.665 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 29-39 / 変異: P29K,G38R / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: reservoir contained 15% PEG 3350, 0.3M Sodium Malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→45.8 Å / Num. obs: 5444 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.907

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Four strands composed of residues VKVWGSI of PDBID 5DLI were used as initial model

5dli


解像度: 2.77→45.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU R Cruickshank DPI: 0.458 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.476 / SU Rfree Blow DPI: 0.289 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.29
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 525 9.68 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.214 5422 98 %-
原子変位パラメータBiso max: 174.81 Å2 / Biso mean: 74.24 Å2 / Biso min: 37.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5727 Å20 Å20 Å2
2---4.5727 Å20 Å2
3---9.1454 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.77→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数918 0 27 14 959
Biso mean--66.03 63.87 -
残基数----110
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d358SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes10HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes124HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it951HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion110SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance72HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1005SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d951HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1252HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.67
LS精密化 シェル解像度: 2.77→3.1 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2687 142 9.77 %
Rwork0.2468 1312 -
all0.2489 1454 -
obs--94.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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