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- PDB-5wo3: Chaperone Spy bound to Im7 (Im7 un-modeled) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wo3
タイトルChaperone Spy bound to Im7 (Im7 un-modeled)
要素Periplasmic chaperone Spy
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein folding chaperone / : / outer membrane-bounded periplasmic space / protein folding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / LTXXQ motif family protein / LTXXQ motif family protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Periplasmic chaperone Spy
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Horowitz, S. / Koldewey, P. / Martin, R. / Bardwell, J.C.A.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Visualizing chaperone-assisted protein folding.
著者: Horowitz, S. / Salmon, L. / Koldewey, P. / Ahlstrom, L.S. / Martin, R. / Quan, S. / Afonine, P.V. / van den Bedem, H. / Wang, L. / Xu, Q. / Trievel, R.C. / Brooks, C.L. / Bardwell, J.C.
履歴
登録2017年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年8月16日ID: 5IOA
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic chaperone Spy
B: Periplasmic chaperone Spy
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,09419
ポリマ－23,0312
非ポリマー1,06317
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.150, 43.150, 260.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-317-

HOH

21A-371-

HOH

31A-392-

HOH

41B-328-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic chaperone Spy / Spheroplast protein Y


分子量: 11515.285 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 52-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77754
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3000, imidazole, zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→33.21 Å / Num. obs: 20932 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5INA

5ina
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.87→33.214 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 1982 9.57 %
Rwork0.2191 --
obs0.2223 20701 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→33.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1404 0 29 179 1612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3891965
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.117586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8701-1.91690.50751220.50621186X-RAY DIFFRACTION88
1.9169-1.96870.4671270.41541178X-RAY DIFFRACTION86
1.9687-2.02660.32461340.28551262X-RAY DIFFRACTION96
2.0266-2.0920.31311330.24891266X-RAY DIFFRACTION93
2.092-2.16680.29391370.23031277X-RAY DIFFRACTION93
2.1668-2.25350.35511370.27011302X-RAY DIFFRACTION96
2.2535-2.3560.26421380.21541323X-RAY DIFFRACTION97
2.356-2.48020.25371420.2191332X-RAY DIFFRACTION98
2.4802-2.63560.24171450.20361363X-RAY DIFFRACTION99
2.6356-2.8390.25791470.20511389X-RAY DIFFRACTION99
2.839-3.12450.22731490.21291400X-RAY DIFFRACTION100
3.1245-3.57610.2491500.19161426X-RAY DIFFRACTION100
3.5761-4.50370.20621530.16641434X-RAY DIFFRACTION100
4.5037-33.21970.22051680.22541581X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.95170.0856-0.55922.8716-0.34043.012-0.22320.3151-0.49770.0982-0.01330.22480.4758-0.1203-0.03920.3222-0.02150.11740.3653-0.03060.275915.5325-0.26384.8041
24.71940.1003-1.57012.48680.35013.47770.18270.03770.2143-0.43590.0829-0.3407-0.38230.3573-0.02130.3592-0.09150.11350.2888-0.03020.28990.9321-28.003920.2198
30.96090.8205-0.30671.5204-1.0340.4358-0.06610.0114-0.203-0.1321-0.0558-0.23810.1078-0.09630.02250.3061-0.10550.08510.1986-0.01470.22134.8214-13.556623.3725
46.39191.1113-1.36812.844-0.534.04390.29780.53230.1196-0.376-0.29940.24260.3388-0.4319-0.01910.2848-0.01250.06710.2774-0.00910.26052.74847.07359.0255
52.45820.60120.53134.82662.09293.4534-0.2430.46150.9091-0.6711-0.12840.3354-0.2569-0.58880.03340.21340.0237-0.05670.4485-0.07240.6767-21.2301-25.228615.0966
60.77590.5655-0.90410.96070.57410.39030.12590.26230.07820.17580.00520.2229-0.1391-0.0958-0.01410.2449-0.0949-0.02320.23640.06890.2874-0.9116-9.529323.9433
76.81610.911-0.69542.63750.5713.4345-0.05061.04170.1418-0.4208-0.45910.5010.53760.21710.03690.2178-0.19760.01980.3624-0.10780.3314-9.4897-33.384912.76
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 28 THROUGH 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 57 THROUGH 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 69 THROUGH 106 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 107 THROUGH 123 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 29 THROUGH 50 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 60 THROUGH 106 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 107 THROUGH 122 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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