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- PDB-6owx: Spy H96L:Im7 L18pI-Phe complex; multiple anomalous datasets conta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6owx
タイトルSpy H96L:Im7 L18pI-Phe complex; multiple anomalous datasets contained herein for element identification
要素Periplasmic chaperone Spy
キーワードCHAPERONE / periplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein folding chaperone / unfolded protein binding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / LTXXQ motif family protein / LTXXQ motif family protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / IODIDE ION / Periplasmic chaperone Spy
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Rocchio, S. / Duman, R. / El Omari, K. / Mykhaylyk, V. / Yan, Z. / Wagner, A. / Bardwell, J.C.A. / Horowitz, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00 GM120388 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Identifying dynamic, partially occupied residues using anomalous scattering.
著者: Rocchio, S. / Duman, R. / El Omari, K. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Yan, Z. / Salmon, L. / Wagner, A. / Bardwell, J.C.A. / Horowitz, S.
履歴
登録2019年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 2.02019年10月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / computing / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _cell.volume / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.d_res_low / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _struct_asym.entity_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id / _struct_site_gen.symmetry / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Atoms with unrealistic or zero occupancies / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic chaperone Spy
B: Periplasmic chaperone Spy
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,42423
ポリマ－23,0312
非ポリマー1,39421
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, analytical ultracentrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.800, 42.800, 253.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-209-

ZN

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Periplasmic chaperone Spy / Spheroplast protein Y


分子量: 11515.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77754

-
非ポリマー , 5種, 63分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22-34% PEG 3000, 70-270 mM zinc acetate, and 0.1 M imidazole, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 75 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.3843 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.3843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→42.3 Å / Num. obs: 15670 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 49.05 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / Num. unique obs: 1112 / CC1/2: 0.651

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5wnw

5wnw


解像度: 2.06→42.2 Å / SU ML: 0.3119 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 29.1666
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 1716 6.17 %
Rwork0.2408 --
obs0.243 27823 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→42.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1356 0 41 42 1439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01171410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21611887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0518214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7703522
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.120.39361400.34742180X-RAY DIFFRACTION99.19
2.12-2.190.33181390.34812134X-RAY DIFFRACTION99.82
2.19-2.270.28791470.30292212X-RAY DIFFRACTION99.96
2.27-2.360.28931370.27672166X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.470.29991450.26442157X-RAY DIFFRACTION99.87
2.47-2.60.2651470.26052195X-RAY DIFFRACTION99.96
2.6-2.760.32511430.26482181X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.970.27841420.25772161X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.270.28761480.25712182X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.740.26811450.23562165X-RAY DIFFRACTION99.91
3.74-4.710.24681410.20242195X-RAY DIFFRACTION99.96
4.71-40.560.28051420.22932179X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9181384915-3.83761338844.700817963557.015793575851.657304963941.929799264060.6081465296851.007007747830.112836414208-0.5009696351170.109440793405-1.52188334924-0.4369294412981.45729401243-0.4918098011570.4613116535-0.02078297546970.0551895367591.02875258110.01659233831190.696872176424-9.25230724533-4.10005968305254.330706378
22.77809453144-4.09977816618-2.107420776362.505588928641.7177101986710.01725484810.004180586751610.1210863656280.180023475367-0.0824677372696-0.524646665530.159371056314-1.00291651403-0.5788000133920.6061185566070.409610277573-0.0334597449180.02167835835570.521069119693-0.02310890437320.518392954091-18.78208626411.40790866633260.54212579
39.03362378201-0.647502868043-0.1315099934816.27424803178-3.241430035476.730209577330.528688093050.571636008988-0.4534744223970.1287443831710.1491737346931.491568243821.45920094071-1.01837787742-0.4970007488050.446499671221-0.123135241004-0.03699954115490.527830746830.02817498190410.5937913169061.8053848163227.4044429266274.614996675
43.87812663855.449204183513.551495762377.983046679615.021427367332.15366165916-0.2236155344840.1205253928560.496892643673-0.1229554517690.03987927938630.624687837905-0.1562173344230.1547714534860.2039739012830.492329334353-0.111000803364-0.0455103006390.439215291693-0.006054612417070.495579118535-6.025210897879.86517784774275.267297274
52.064044822541.51503761471-0.6392582468748.51158882823-4.38465599082.06487410349-0.8977192767982.02312679459-1.39238787429-1.644348158840.7388818230841.049424260070.5565147565920.7315717852440.2853394795960.800280422637-0.243069767870.08391671369340.976665568894-0.2159646907610.9778181788519.063300765729.9865185971261.170739184
61.886943850151.936888490011.545974532142.082969868872.016430882122.131809582240.189532138131-0.714111134699-2.722167239270.838080180702-1.0207430485-2.967363468290.3105157516631.376609365951.860222169590.71333809333-0.08967834675470.04309019110420.6579588404480.05530314141821.8650676184521.613187874620.7639161839271.782649667
71.982355488319.440762769437.918094722926.119032749375.101928540444.342887126590.253359830123-0.4107561998381.763063135820.475400047096-0.0985253801686-2.12881459433-0.000653586993382-0.314237775691-0.2492775558171.6951482148-0.3420793156670.04658689886971.13626785052-0.1584035608911.245704393587.534736210671.23446098402276.636808455
86.811979323652.25066866576-0.4511631483857.931106734380.608786124748.393564039380.589073378059-0.6930925358160.2243855067340.647461819584-0.5038608691890.09964362436730.03389571799770.3241819827-0.03100396260580.440063307693-0.117469405695-0.08319435089320.528291902031-0.001814227724290.481367369571-6.19475837538-5.53110903766273.467935288
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 28 THROUGH 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 37 THROUGH 50 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 57 THROUGH 71 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 72 THROUGH 108 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 29 THROUGH 36 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 37 THROUGH 52 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 57 THROUGH 61 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 62 THROUGH 72 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 73 THROUGH 108 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 109 THROUGH 122 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 109 THROUGH 122 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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