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万見
- PDB-5wnm: Crystal structure of murine receptor-interacting protein 4 (Ripk4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wnm
タイトルCrystal structure of murine receptor-interacting protein 4 (Ripk4) D143N bound to tozasertib (VX-680)
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 4
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Inhibitor / Complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


skin development / morphogenesis of an epithelium / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VX6 / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Huang, C.S. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of Ripk4 Reveals Dimerization-Dependent Kinase Activity.
著者: Huang, C.S. / Oberbeck, N. / Hsiao, Y.C. / Liu, P. / Johnson, A.R. / Dixit, V.M. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2017年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4883
ポリマ－38,9881
非ポリマー5002
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 4
ヘテロ分子

A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9766
ポリマ－77,9762
非ポリマー1,0004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x,-y,-z-1/21
Buried area4670 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.820, 109.612, 146.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 4 / Ankyrin repeat domain-containing protein 3 / PKC-associated protein kinase / PKC-regulated protein kinase


分子量: 38988.039 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-342 / 変異: D143N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ripk4, Ankrd3, Pkk
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9ERK0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-VX6 / CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE / VX-680


分子量: 464.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N8OS / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 200 mM magnesium chloride, 10% isopropanol, 15% ethylene glycol, and 10% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50.01 Å / Num. obs: 33710 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 32.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.297 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26431 845 4.7 %RANDOM
Rwork0.22788 ---
obs0.2296 17007 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.188 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å20 Å20 Å2
2--2.86 Å20 Å2
3----4.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2030 0 34 30 2094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.9532889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9072.984437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6435260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.37622.82485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96615327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5061513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8597.041049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8487.0361048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.69610.5411306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.69410.5461307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.596.9331074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5886.9341075
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.24310.3391581
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.25778.8122264
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.23978.8022264
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 61 -
Rwork0.329 1194 -
obs--98.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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