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- PDB-5wmm: Crystal structure of an adenylation domain interrupted by a methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wmm
タイトルCrystal structure of an adenylation domain interrupted by a methylation domain (AMA4) from nonribosomal peptide synthetase TioS
要素
  • MbtH homologue
  • NRPS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Nonribosomal peptide / Thiocoraline / Depsipeptide / Thiolation / Nucleotidyl transferase / N-methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / phosphopantetheine binding / methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-like / Structural Genomics, Unknown Function 30-nov-00 1gh9 Mol_id / MbtH-like protein / MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase, thioesterase domain ...Rubredoxin-like / Structural Genomics, Unknown Function 30-nov-00 1gh9 Mol_id / MbtH-like protein / MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Thioesterase / Thioesterase domain / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B6G / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / MbtH homologue / NRPS
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora sp. ML1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pang, A.H. / Mori, S. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for backbone N-methylation by an interrupted adenylation domain.
著者: Mori, S. / Pang, A.H. / Lundy, T.A. / Garzan, A. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S.
履歴
登録2017年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NRPS
B: MbtH homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,95210
ポリマ－111,9082
非ポリマー1,0438
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area39460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.712, 136.712, 228.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NRPS


分子量: 102016.586 Da / 分子数: 1 / 断片: Adenylation domain (UNP residues 1902-2806) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora sp. ML1 (バクテリア)
遺伝子: tioS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ybdZ::aac(3)IV / 参照: UniProt: Q333U7
#2: タンパク質 MbtH homologue / MbtH-like protein TioT


分子量: 9891.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora sp. ML1 (バクテリア)
遺伝子: tioT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ybdZ::aac(3)IV / 参照: UniProt: Q333U6

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非ポリマー , 5種, 12分子

#3: 化合物 ChemComp-B6G / (2S)-2-amino-3-methylbutanoyl (2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl hydrogen (S)-phosphate


分子量: 432.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N6O8P
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.64 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.12 M calcium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 22% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 54895 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.5 % / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4GR5

4gr5


解像度: 2.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.661 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25316 2855 5.2 %RANDOM
Rwork0.23566 ---
obs0.23657 52034 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.75 Å21.38 Å20 Å2
2--2.75 Å20 Å2
3----8.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7277 0 61 4 7342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.96910268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.908316287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2675931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.25322.415352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.102151145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7491586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0018.4973736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0018.4963735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.00112.7394663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other512.7394664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5268.6413781
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5268.643781
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.79812.8765606
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.04866.0737887
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.04866.0767888
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.902→2.977 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 207 -
Rwork0.358 3734 -
obs--98.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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