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万見
- PDB-5wly: E. coli LpxH- 8 mutations -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wly
タイトルE. coli LpxH- 8 mutations
要素UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
キーワードHYDROLASE / lipid A synthesis / open conformation / UDP-diacyl-glucosamine pyrophosphohydrolase / apha/beta-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase activity / lipid A biosynthetic process / extrinsic component of plasma membrane / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase LpxH-like / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bohl, T.E. / Aihara, H. / Shi, K. / Lee, J.K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41-GM103403 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The substrate-binding cap of the UDP-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxH is highly flexible, enabling facile substrate binding and product release.
著者: Bohl, T.E. / Ieong, P. / Lee, J.K. / Lee, T. / Kankanala, J. / Shi, K. / Demir, O. / Kurahashi, K. / Amaro, R.E. / Wang, Z. / Aihara, H.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32018年7月11日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9856
ポリマ－27,7321
非ポリマー2535
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子

A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,97112
ポリマ－55,4642
非ポリマー50710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.012, 62.064, 66.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

HOH

詳細monomer by gel filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2 / 3-diacylglucosamine diphosphatase


分子量: 27731.977 Da / 分子数: 1
変異: F141H, L142S, L146S, F147H, E14A, E15A, K161T, E162A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5alpha
遺伝子: lpxH, AUQ13_20415, BK337_17315, BUE81_23120, EC3234A_5c00260, PGD_02789
プラスミド: pET24+ / 詳細 (発現宿主): short C-terminal His-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 DE3
参照: UniProt: Q0P6L0, UniProt: P43341*PLUS, UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 154分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 % / 解説: parallelogram shaped plate crystals
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 7.1 g/L protein in 0.25 M NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.4, 2.5 mM DTT, 1.25 mM MnCl2, and 20 mM reduced glutathione was combined 2:1 (protein to well solution) with 0.1 M Tris-HCl pH 8.2, 80 mM ...詳細: 7.1 g/L protein in 0.25 M NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.4, 2.5 mM DTT, 1.25 mM MnCl2, and 20 mM reduced glutathione was combined 2:1 (protein to well solution) with 0.1 M Tris-HCl pH 8.2, 80 mM magnesium formate, and 5% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→66.05 Å / Num. obs: 16046 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.973 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1090 / CC1/2: 0.279 / Rpim(I) all: 0.867 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.11.1_2575精密化
Cootv0.8.7モデル構築
Aimlessv0.5.21データスケーリング
PHENIXv1.11.1_2575位相決定
XDSvOct 15, 2015データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B4A

5b4a


解像度: 2→45.23 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 689 4.67 %
Rwork0.1983 --
obs0.1998 14750 90.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 10 149 1846
LS精密化 シェル解像度: 2→2.16 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3626 117 4.85 %
Rwork0.331 2414 -
obs--71.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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