PDB-5wly: E. coli LpxH- 8 mutations

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wly

タイトル

E. coli LpxH- 8 mutations

要素

UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase

キーワード

HYDROLASE / lipid A synthesis / open conformation / UDP-diacyl-glucosamine pyrophosphohydrolase / apha/beta-hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase activity / extrinsic component of plasma membrane / lipid A biosynthetic process / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bohl, T.E. / Aihara, H. / Shi, K. / Lee, J.K.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41-GM103403	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The substrate-binding cap of the UDP-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxH is highly flexible, enabling facile substrate binding and product release.
著者: Bohl, T.E. / Ieong, P. / Lee, J.K. / Lee, T. / Kankanala, J. / Shi, K. / Demir, O. / Kurahashi, K. / Amaro, R.E. / Wang, Z. / Aihara, H.

履歴

登録	2017年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.3	2018年7月11日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wly.cif.gz	143.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wly.ent.gz	111.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wly_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wly_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	5wly_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	5wly_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b4aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fc3-d 2ggv-d 6l9f-2 6gek-1 5c5s-3 3ke7-d 2gdz-d 3nfh-2 5i0j-1 5hva-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase

ヘテロ分子

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase

ヘテロ分子

A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.012, 62.064, 66.047
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- HOH

詳細

monomer by gel filtration

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2 / 3-diacylglucosamine diphosphatase 分子量: 27731.977 Da / 分子数: 1 変異: F141H, L142S, L146S, F147H, E14A, E15A, K161T, E162A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5alpha 遺伝子: lpxH, AUQ13_20415, BK337_17315, BUE81_23120, EC3234A_5c00260, PGD_02789 プラスミド: pET24+ / 詳細 (発現宿主): short C-terminal His-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 DE3 参照: UniProt: Q0P6L0, UniProt: P43341*PLUS, UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase

#1: タンパク質

UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2 / 3-diacylglucosamine diphosphatase

分子量: 27731.977 Da / 分子数: 1
変異: F141H, L142S, L146S, F147H, E14A, E15A, K161T, E162A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5alpha
遺伝子: lpxH, AUQ13_20415, BK337_17315, BUE81_23120, EC3234A_5c00260, PGD_02789
プラスミド: pET24+ / 詳細 (発現宿主): short C-terminal His-tag / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 DE3
参照: UniProt: Q0P6L0, UniProt: P43341*PLUS, UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 154分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 % / 解説: parallelogram shaped plate crystals
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 7.1 g/L protein in 0.25 M NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.4, 2.5 mM DTT, 1.25 mM MnCl2, and 20 mM reduced glutathione was combined 2:1 (protein to well solution) with 0.1 M Tris-HCl pH 8.2, 80 mM ...詳細: 7.1 g/L protein in 0.25 M NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.4, 2.5 mM DTT, 1.25 mM MnCl2, and 20 mM reduced glutathione was combined 2:1 (protein to well solution) with 0.1 M Tris-HCl pH 8.2, 80 mM magnesium formate, and 5% 2-propanol

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 % / 解説: parallelogram shaped plate crystals

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 7.1 g/L protein in 0.25 M NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.4, 2.5 mM DTT, 1.25 mM MnCl2, and 20 mM reduced glutathione was combined 2:1 (protein to well solution) with 0.1 M Tris-HCl pH 8.2, 80 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→66.05 Å / Num. obs: 16046 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.179 / R_pim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 1.973 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1090 / CC_1/2: 0.279 / R_pim(I) all: 0.867 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.11.1_2575	精密化
Coot	v0.8.7	モデル構築
Aimless	v0.5.21	データスケーリング
PHENIX	v1.11.1_2575	位相決定
XDS	vOct 15, 2015	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B4A

5b4a

解像度: 2→45.23 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2271	689	4.67 %
R_work	0.1983	-	-
obs	0.1998	14750	90.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1687	0	10	149	1846

LS精密化シェル

解像度: 2→2.16 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3626	117	4.85 %
R_work	0.331	2414	-
obs	-	-	71.09 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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