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- PDB-5wl3: Crystal structure of chalcone isomerase engineered from ancestral... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wl3
タイトルCrystal structure of chalcone isomerase engineered from ancestral inference (ancR2)
要素Engineered Chalcone Isomerase ancR2
キーワードISOMERASE / chalcone isomerase / naringenin / flavanone
機能・相同性10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Chalcone isomerase / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Burke, J.R. / Kaltenbach, M. / Tawfik, D.S. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Evolution of chalcone isomerase from a noncatalytic ancestor.
著者: Kaltenbach, M. / Burke, J.R. / Dindo, M. / Pabis, A. / Munsberg, F.S. / Rabin, A. / Kamerlin, S.C.L. / Noel, J.P. / Tawfik, D.S.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered Chalcone Isomerase ancR2
B: Engineered Chalcone Isomerase ancR2
C: Engineered Chalcone Isomerase ancR2
D: Engineered Chalcone Isomerase ancR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9948
ポリマ－95,8524
非ポリマー1424
水37821
1
A: Engineered Chalcone Isomerase ancR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9992
ポリマ－23,9631
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Engineered Chalcone Isomerase ancR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9992
ポリマ－23,9631
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Engineered Chalcone Isomerase ancR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9992
ポリマ－23,9631
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Engineered Chalcone Isomerase ancR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9992
ポリマ－23,9631
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.740, 219.430, 104.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Engineered Chalcone Isomerase ancR2


分子量: 23963.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 40% PEG 500-MME, 100mM TAPS, 0.3M MgCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→75.68 Å / Num. obs: 37657 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Net I/σ(I): 13.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB:4DOI

4doi


解像度: 2.4→75.677 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 2000 5.32 %
Rwork0.2086 --
obs0.211 37626 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→75.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6364 0 4 21 6389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8618786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8682372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321036
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.35631400.32505X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.52650.35951410.2842512X-RAY DIFFRACTION100
2.5265-2.60090.31231420.26462509X-RAY DIFFRACTION100
2.6009-2.68490.33351410.2592526X-RAY DIFFRACTION100
2.6849-2.78080.31991410.26092517X-RAY DIFFRACTION100
2.7808-2.89220.30981420.2572520X-RAY DIFFRACTION100
2.8922-3.02380.29381420.25042522X-RAY DIFFRACTION100
3.0238-3.18320.29651420.25192536X-RAY DIFFRACTION100
3.1832-3.38260.27781420.24152538X-RAY DIFFRACTION100
3.3826-3.64380.26091430.21652531X-RAY DIFFRACTION100
3.6438-4.01050.21851430.19532551X-RAY DIFFRACTION100
4.0105-4.59080.20961440.17192578X-RAY DIFFRACTION100
4.5908-5.78360.23591460.17242588X-RAY DIFFRACTION100
5.7836-75.71430.23531510.18582693X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5753-0.3819-0.35181.88990.7955.1756-0.6520.0935-0.20120.07710.518-0.30630.4352-0.56510.08870.9470.02460.07580.6228-0.05260.639621.0514453.7969141.8986
20.9523-1.32890.51792.7889-1.93433.6910.2848-0.2234-0.09080.505-0.07220.26570.2839-0.1963-0.24440.80490.00050.12780.54710.03120.436614.9327445.8849132.716
34.6405-0.31630.48814.2613-0.04754.02240.08180.48420.21150.07750.13190.7721-0.3881-0.5333-0.19680.53980.06280.13950.66040.06340.64218.7832455.8029121.5747
42.5539-0.03250.01296.4667-2.03553.9968-0.1301-0.160.00431.09570.2387-0.1478-0.15260.076-0.12290.6946-0.01650.04460.5126-0.00210.39922.9731444.7946133.4635
54.4351-0.95592.5613.0382-1.67639.03890.04120.0444-0.47930.4565-0.1303-0.20970.98880.23380.17170.71910.00330.03110.47060.01650.610123.5944435.257121.967
63.07710.7503-0.99924.44920.73425.2445-0.0849-0.2226-0.15480.57470.1057-0.6181-0.08750.7015-0.05480.57680.0247-0.08070.506-0.01370.518831.2484442.7069127.8147
71.7195-0.39190.71331.8432-0.95941.8670.0389-0.1775-0.1280.52060.10320.49030.244-0.411-0.11490.5124-0.03360.17120.44560.01140.404314.7906448.1806125.819
81.26312.05430.76174.84131.51420.6926-0.6483-0.2547-0.5449-1.57230.29290.15260.3361-0.28030.18480.5898-0.12750.22650.60650.04650.7945.5463481.688693.3431
94.41981.2067-0.41133.1503-0.84832.21220.1056-0.06010.99650.06970.1508-0.2585-0.07440.0213-0.16150.36480.02280.10.47140.07750.539537.92470.986898.3678
104.715-0.00140.65923.6063-1.21373.05010.09860.16820.3975-0.20820.0506-0.25410.04380.4482-0.43420.311-0.00250.07720.52620.06440.568541.9198466.230498.259
115.65710.2630.05275.497-0.12294.576-0.0309-0.9689-0.52160.82630.0868-0.5970.33230.9127-0.11720.53920.0683-0.03760.7270.06180.642549.505460.8343110.0817
122.72210.244-0.61684.16920.70423.96240.03770.43830.2996-0.1827-0.11480.39990.0203-0.33380.01690.3678-0.01210.04290.57080.07130.526428.2855460.74796.2888
132.03170.60580.04121.88230.70152.49480.13-0.0313-0.0619-0.0282-0.0642-0.23240.34010.1488-0.09880.29410.01560.07170.3880.04210.471342.7056460.9493101.8696
141.5267-2.17580.3973.6005-1.64143.57680.0949-0.1101-0.84420.4555-0.57050.95320.24320.27270.48850.41520.099-0.09250.4377-0.00820.86287.2578505.946116.8214
151.4492-2.04090.73173.54720.33754.5707-0.4010.00990.57140.395-0.0634-0.5782-0.40660.15340.42390.51950.0386-0.08780.45240.04410.69916.0412494.908117.6755
163.1638-1.54532.00272.93311.02783.1024-0.35480.01760.0137-0.2596-0.0684-0.208-0.01970.09740.45130.58180.05630.02280.45620.0490.544412.468490.4703114.8102
176.5721-0.31210.01994.7492-1.43222.7529-0.45781.05330.0107-0.8245-0.047-0.15350.22810.16570.46820.65420.005-0.00080.52320.01580.523715.1985487.0854108.9057
182.5648-1.4159-1.21456.25673.4033.8856-0.376-0.34410.18670.93880.49340.13160.38380.0435-0.01160.66940.04930.14070.53590.02640.544116.8518475.6172124.9475
192.5807-1.1113-1.49347.24232.30595.4205-0.522-0.2112-0.42670.55050.2853-0.56280.27120.54430.12920.66030.10840.06220.5540.04260.595325.8104474.788126.1878
203.77220.8211-1.65676.3602-0.69753.9782-0.1827-0.41660.68870.49530.003-0.9583-0.32150.28820.16460.42520.0441-0.13580.5116-0.0430.661923.995490.5529125.4076
213.64810.91190.40351.7972-0.93272.7164-0.31340.63860.0005-0.4170.15280.14040.19190.07860.14450.4535-0.0275-0.01850.45090.02940.462414.079485.0103111.7576
222.163-1.0127-0.9514.5794-2.95644.21080.2561-0.2946-0.00330.20490.1840.31320.23530.6044-0.43480.7031-0.07530.06330.8526-0.09810.5682-5.9526459.1402106.0338
234.50060.3599-3.03162.5716-1.90093.40160.2469-0.40561.10480.04780.07880.3494-0.66660.2313-0.14690.7493-0.09260.06240.7411-0.21720.768-9.9019467.5184102.3478
243.94521.44330.49363.162-0.24213.3972-0.176-0.71960.8710.24340.35560.5393-0.38480.1475-0.13110.7578-0.1010.08410.7076-0.13530.8469-10.1363470.2336101.0103
254.6849-0.10740.38957.1854-3.17975.05960.63370.58720.3965-2.31190.2321-0.4490.25140.5996-0.90891.3024-0.1615-0.01020.6147-0.03120.6533-3.2203467.206284.4136
263.83570.74640.47352.8309-0.58076.0472-0.10780.05850.2255-0.3914-0.0229-0.5768-0.37621.27150.15340.7413-0.12920.0970.9388-0.13130.69375.3296465.490292.5927
273.0157-0.6199-0.36693.70291.01162.93620.15510.17790.5546-0.7607-0.03570.5001-1.1236-0.1271-0.11280.7109-0.1256-0.01790.5373-0.07190.7445-10.4254470.210798.6651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 84 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 85 through 100 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 101 through 118 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 119 through 178 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 179 through 211 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 10 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 11 through 38 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 39 through 60 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 61 through 84 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 85 through 178 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 179 through 211 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 10 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 11 through 38 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 39 through 60 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 61 through 100 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 101 through 118 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 119 through 138 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 139 through 178 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 179 through 211 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1 through 38 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 39 through 64 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 65 through 100 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 101 through 118 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 119 through 178 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 179 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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