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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wky | ||||||||||||
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タイトル | Bromide sites in the structure of an acid sensing ion channel in a resting state | ||||||||||||
![]() | Acid-sensing ion channel 1 | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Ion channel / ASIC / ASIC1a / Sodium channel / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Yoder, N. / Gouaux, E. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Divalent cation and chloride ion sites of chicken acid sensing ion channel 1a elucidated by x-ray crystallography. 著者: Yoder, N. / Gouaux, E. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 250 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 195.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 700.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 712.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50241.160 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 25-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: 25-463 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-BA / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.37 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 100 mM NaCl, 29% PEG 400, 5 mM BaCl2. Crystal soaked in 150 mM NaBr prior to freezing. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9191 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4→45 Å / Num. obs: 38333 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.46 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5WKU 解像度: 4→43.15 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4→43.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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