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- PDB-5wks: Crystal structure of chalcone isomerase engineered from ancestral... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wks
タイトルCrystal structure of chalcone isomerase engineered from ancestral inference complexed with naringenin (ancR1)
要素Engineered Chalcone Isomerase ancR1
キーワードISOMERASE / chalcone isomerase / naringenin / flavanone
機能・相同性
機能・相同性情報


10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / NARINGENIN
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Burke, J.R. / Kaltenbach, M. / Tawfik, D.S. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Evolution of chalcone isomerase from a noncatalytic ancestor.
著者: Kaltenbach, M. / Burke, J.R. / Dindo, M. / Pabis, A. / Munsberg, F.S. / Rabin, A. / Kamerlin, S.C.L. / Noel, J.P. / Tawfik, D.S.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered Chalcone Isomerase ancR1
B: Engineered Chalcone Isomerase ancR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3496
ポリマ－47,8662
非ポリマー4824
水9,998555
1
A: Engineered Chalcone Isomerase ancR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2513
ポリマ－23,9331
非ポリマー3182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Engineered Chalcone Isomerase ancR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0973
ポリマ－23,9331
非ポリマー1642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.300, 69.120, 126.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Engineered Chalcone Isomerase ancR1


分子量: 23933.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NAR / NARINGENIN / ナリンゲニン


分子量: 272.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 42%MPD, 50mM acetic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→33.34 Å / Num. obs: 79600 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 12.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB:4DOI

4doi


解像度: 1.5→33.34 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1831 1999 2.51 %
Rwork0.1621 --
obs0.1626 79502 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 34 555 3813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9954807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2031310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.53750.23951400.19715425X-RAY DIFFRACTION98
1.5375-1.57910.20221400.18795399X-RAY DIFFRACTION99
1.5791-1.62560.20911410.18695465X-RAY DIFFRACTION99
1.6256-1.6780.19171410.17345488X-RAY DIFFRACTION100
1.678-1.7380.20541430.17025503X-RAY DIFFRACTION100
1.738-1.80760.19311420.16715529X-RAY DIFFRACTION100
1.8076-1.88980.22021420.17355510X-RAY DIFFRACTION100
1.8898-1.98950.17711420.16385530X-RAY DIFFRACTION100
1.9895-2.11410.18111430.15985536X-RAY DIFFRACTION100
2.1141-2.27730.18111430.14965572X-RAY DIFFRACTION100
2.2773-2.50640.19511450.16125570X-RAY DIFFRACTION100
2.5064-2.86890.18291450.1635627X-RAY DIFFRACTION100
2.8689-3.61380.17031460.15275663X-RAY DIFFRACTION100
3.6138-33.35240.16921460.15985686X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.7138 Å / Origin y: -26.3736 Å / Origin z: 8.5676 Å
111213212223313233
T0.0919 Å20.0093 Å2-0.0011 Å2-0.0817 Å20.0068 Å2--0.1115 Å2
L0.1723 °20.0196 °20.0806 °2-0.0895 °2-0.0365 °2--0.7426 °2
S0.0136 Å °-0.0063 Å °-0.0254 Å °0.0135 Å °0.0016 Å °-0.0013 Å °0.0421 Å °0.0112 Å °0.0016 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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