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- PDB-5wkq: 2.10 A resolution structure of IpaB (residues 74-242) from Shigel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wkq
タイトル2.10 A resolution structure of IpaB (residues 74-242) from Shigella flexneri
要素Invasin IpaB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Shigella / type III secretion / T3SS / IpaB / translocon
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / host cell / host cell nucleus / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system, invasin protein B / Invasin IpaB, N-terminal / Type III cell invasion protein SipB / Secretion system effector C, SseC-like / Secretion system effector C (SseC) like family / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system translocon protein SctE
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.L. / Picking, W.D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Using disruptive insertional mutagenesis to identify the in situ structure-function landscape of the Shigella translocator protein IpaB.
著者: Barta, M.L. / Tachiyama, S. / Muthuramalingam, M. / Arizmendi, O. / Villanueva, C.E. / Ramyar, K.X. / Geisbrecht, B.V. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.L. / Picking, W.D.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Invasin IpaB
B: Invasin IpaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1562
ポリマ－39,1562
非ポリマー00
水3,135174
1
A: Invasin IpaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5781
ポリマ－19,5781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Invasin IpaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5781
ポリマ－19,5781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.429, 171.429, 40.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Invasin IpaB / 62 kDa antigen


分子量: 19578.061 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 74-242 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ipaB, CP0128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18011
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.0) and 15% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.86 Å / Num. obs: 34988 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 233850 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.166.60.9811881428620.8022100
8.91-42.866.30.0631565040.99728.196.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Aimlessデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U0C

3u0c


解像度: 2.1→35.873 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 27.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2445 1683 4.81 %Random selection
Rwork0.2005 33279 --
obs0.2027 34962 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.61 Å2 / Biso mean: 58.0747 Å2 / Biso min: 22.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→35.873 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 0 174 2649
Biso mean---48.61 -
残基数----323
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.16180.36331490.304227482897100
2.1618-2.23160.2681340.262727492883100
2.2316-2.31130.28451850.237126912876100
2.3113-2.40390.28371390.226827642903100
2.4039-2.51320.26621420.215627542896100
2.5132-2.64570.35891300.22427512881100
2.6457-2.81140.27171220.227927832905100
2.8114-3.02840.24261200.21927722892100
3.0284-3.33290.30911220.224128092931100
3.3329-3.81480.24051650.194927622927100
3.8148-4.80440.22671270.157528152942100
4.8044-35.87840.17321480.17622881302999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45550.1825-0.22420.1261-0.16620.11490.1223-0.0939-0.40.0332-0.1005-0.3104-0.06090.02140.00110.2898-0.0578-0.00990.3013-0.02330.3122-78.8346-45.214214.339
20.1250.23950.09720.43440.62540.1958-0.46460.24990.2468-0.46240.3590.155-0.20040.1219-0.0010.3694-0.1138-0.01770.40970.04820.3644-58.3951-27.78178.4488
3-0.0008-0.0033-0.00170.03390.01560.00630.44360.2947-0.20330.13870.4238-0.0686-0.2633-0.24780.00070.6254-0.0113-0.14690.76790.04850.6776-105.2984-48.37913.1352
40.05350.03030.07760.08580.06490.10680.0625-0.05730.4690.21640.021-0.3809-0.10130.05010.00030.33910.06390.01720.33290.0020.4816-38.6919-93.460717.291
50.8387-0.1969-0.37341.17280.43250.4174-0.4198-0.4030.1050.51110.4239-0.13040.09490.0682-0.00460.3360.0274-0.03920.35110.03140.2443-67.8638-57.381224.1215
60.36970.28990.26310.6319-0.16280.47950.0915-0.41441.0857-0.09460.2494-0.5188-0.1990.10350.01260.34960.0243-0.00310.3228-0.09970.5001-77.1843-40.087626.5417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 74 through 167 )A74 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 168 through 230 )A168 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 239 )A231 - 239
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 74 through 92 )B74 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 93 through 166 )B93 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 167 through 230 )B167 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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