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- PDB-5wkc: Saccharomyces cerevisiae acetohydroxyacid synthase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wkc
タイトルSaccharomyces cerevisiae acetohydroxyacid synthase in complex with the herbicide penoxsulam
要素(Acetolactate synthase catalytic subunit, ...) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Transferase / AHAS / acetohydroxyacid synthase / ScAHAS / thiamine diphosphate / flavin adenine dinucleotide / penoxsulam / aminoethenethiol diphosphate / peracetate.
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase complex / acetolactate synthase / branched-chain amino acid biosynthetic process / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AUJ / ETHANEPEROXOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-PXD / Chem-TP9 / Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.334 Å
データ登録者Guddat, W.L. / Lonhienne, G.T.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1008736 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the mechanism of inhibition of AHAS by herbicides.
著者: Lonhienne, T. / Garcia, M.D. / Pierens, G. / Mobli, M. / Nouwens, A. / Guddat, L.W.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02022年5月25日Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
B: Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
E: Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
D: Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,54623
ポリマ－294,4074
非ポリマー7,13919
水21,1141172
1
A: Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
D: Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,78711
ポリマ－147,2112
非ポリマー3,5769
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10870 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area39530 Å2
手法PISA
2
B: Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
E: Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,75812
ポリマ－147,1952
非ポリマー3,56310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11740 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area39620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.213, 218.213, 361.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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Acetolactate synthase catalytic subunit, ... , 2種, 4分子 ABED

#1: タンパク質 Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial / Acetohydroxy-acid synthase catalytic subunit / ALS


分子量: 73597.656 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 58-687 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ILV2, SMR1, YMR108W, YM9718.07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07342, acetolactate synthase
#2: タンパク質 Acetolactate synthase catalytic subunit, mitochondrial / Acetohydroxy-acid synthase catalytic subunit / ALS


分子量: 73613.664 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 58-687 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ILV2, SMR1, YMR108W, YM9718.07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07342, acetolactate synthase

-
非ポリマー , 7種, 1191分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PXD / 2-(2,2-difluoroethoxy)-N-(5,8-dimethoxy[1,2,4]triazolo[1,5-c]pyrimidin-2-yl)-6-(trifluoromethyl)benzenesulfonamide / Penoxsulam / ペノキススラム


分子量: 483.370 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14F5N5O5S
#5: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-F50 / ETHANEPEROXOIC ACID / 過酢酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#7: 化合物 ChemComp-AUJ / 2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-2-[(1~{S})-1-(dioxidanyl)-1-oxidanyl-ethyl]-4-methyl-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate


分子量: 501.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23N4O10P2S
#8: 化合物 ChemComp-TP9 / (3Z)-4-{[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]AMINO}-3-MERCAPTOPENT-3-EN-1-YL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE


分子量: 412.296 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N4O7P2S
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 M succinic acid pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0 and 1% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000.
PH範囲: 6.8 - 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→48.79 Å / Num. obs: 183012 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.33→2.37 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.751 / Num. unique obs: 8829 / Rpim(I) all: 0.316 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N0H

1n0h


解像度: 2.334→48.794 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1802 2000 1.09 %
Rwork0.1504 --
obs0.1507 182982 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.334→48.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18144 0 465 1172 19781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00819091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91725972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2647131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372882
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3338-2.39210.24951390.212412638X-RAY DIFFRACTION99
2.3921-2.45680.22531420.206112807X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.52910.22821420.189712855X-RAY DIFFRACTION100
2.5291-2.61070.22461410.179612789X-RAY DIFFRACTION100
2.6107-2.7040.19031420.174612880X-RAY DIFFRACTION100
2.704-2.81230.22341430.181112840X-RAY DIFFRACTION100
2.8123-2.94020.22241420.172612889X-RAY DIFFRACTION100
2.9402-3.09520.20021420.163312860X-RAY DIFFRACTION100
3.0952-3.28910.17591430.157512902X-RAY DIFFRACTION100
3.2891-3.5430.18991420.144712949X-RAY DIFFRACTION100
3.543-3.89940.16011440.132512983X-RAY DIFFRACTION100
3.8994-4.46330.1541440.120313006X-RAY DIFFRACTION100
4.4633-5.6220.14911450.121713110X-RAY DIFFRACTION100
5.622-48.80460.14141490.136813474X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05640.03050.21561.61130.04261.1709-0.00020.37760.0512-0.26080.0107-0.2105-0.05640.2303-0.00810.2081-0.04020.05110.25230.00190.188228.9248474.00440.2435
28.6571.0526.66980.17770.86845.16040.40241.4407-0.5325-0.29590.0414-0.21590.47950.8944-0.42160.60870.0180.0020.8454-0.05150.317121.5023465.36418.0725
30.9109-0.0051-0.07210.77960.13580.8421-0.00580.34610.1677-0.2267-0.00660.1041-0.1403-0.16360.02030.31130.0036-0.05610.32890.09530.2515-1.7871483.301234.0487
40.5595-0.23110.16320.979-0.56090.78440.0084-0.0021-0.1187-0.0260.01280.13170.0873-0.0317-0.03150.1649-0.0308-0.01670.1744-0.01860.274319.9853458.0303115.3545
50.68310.06750.0870.40070.04310.6259-0.0125-0.00720.1563-0.01070.0048-0.0015-0.16130.07580.01080.2173-0.0545-0.02730.1824-0.01540.283829.3442480.6568111.2466
61.8016-0.35130.16062.4658-0.28621.2891-0.0076-0.36870.16540.47950.00810.0858-0.1663-0.01190.0030.2973-0.06140.01090.2998-0.0760.216825.8836476.568141.4778
71.3384-3.29463.18659.5174-9.49759.4071-0.3021-0.9877-0.08361.04590.88290.7552-0.2902-1.2035-0.65470.9054-0.01260.12860.98890.05160.57820.4427466.6842163.8899
81.0803-0.0626-0.35271.3317-0.02541.0894-0.0406-0.6268-0.28650.63040.0355-0.04960.2180.19640.00370.5901-0.0027-0.12720.62260.13630.37741.2921449.9186156.2126
91.10850.18420.08931.9732-0.03530.75830.0006-0.1868-0.1980.22920.0074-0.33240.10220.2555-0.02050.2674-0.0134-0.10940.3760.03970.359250.7239451.7185133.9492
101.7635-0.00460.11841.1440.03351.2363-0.01680.0242-0.1229-0.02180.00990.08990.0398-0.0990.01560.1337-0.0204-0.0040.121-0.00540.17044.7305464.755759.2184
112.9281-0.34510.86620.31080.18220.52330.1242-0.3978-0.50250.1595-0.07590.10490.1348-0.2625-0.05710.2178-0.0597-0.02280.22140.03360.30330.8355455.480860.1831
121.72980.2565-0.07041.9191-0.11952.16070.0244-0.0585-0.07340.2154-0.0569-0.20920.1350.23980.02080.17610.0084-0.05560.1691-0.00620.229236.4494459.814679.0773
131.39120.1125-0.02980.54180.11160.75070.0184-0.05960.20360.019-0.0034-0.123-0.180.1609-0.01760.2158-0.0575-0.01540.1528-0.00360.263229.0411486.847667.4534
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 85 through 255 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 256 through 298 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 299 through 687 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 83 through 366 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 367 through 687 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 84 through 255 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 256 through 298 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 299 through 542 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 543 through 687 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 84 through 238 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 239 through 278 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 279 through 457 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 458 through 687 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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