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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wju | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments A39V, N133H | |||||||||
![]() | Flagellin | |||||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / bacteria flagella / helical polymers / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region / Flagellin![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
![]() | Wang, F. / Burrage, A.M. / Kearns, D.B. / Egelman, E.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A structural model of flagellar filament switching across multiple bacterial species. 著者: Fengbin Wang / Andrew M Burrage / Sandra Postel / Reece E Clark / Albina Orlova / Eric J Sundberg / Daniel B Kearns / Edward H Egelman / ![]() 要旨: The bacterial flagellar filament has long been studied to understand how a polymer composed of a single protein can switch between different supercoiled states with high cooperativity. Here we ...The bacterial flagellar filament has long been studied to understand how a polymer composed of a single protein can switch between different supercoiled states with high cooperativity. Here we present near-atomic resolution cryo-EM structures for flagellar filaments from both Gram-positive Bacillus subtilis and Gram-negative Pseudomonas aeruginosa. Seven mutant flagellar filaments in B. subtilis and two in P. aeruginosa capture two different states of the filament. These reliable atomic models of both states reveal conserved molecular interactions in the interior of the filament among B. subtilis, P. aeruginosa and Salmonella enterica. Using the detailed information about the molecular interactions in two filament states, we successfully predict point mutations that shift the equilibrium between those two states. Further, we observe the dimerization of P. aeruginosa outer domains without any perturbation of the conserved interior of the filament. Our results give new insights into how the flagellin sequence has been "tuned" over evolution.Bacterial flagellar filaments are composed almost entirely of a single protein-flagellin-which can switch between different supercoiled states in a highly cooperative manner. Here the authors present near-atomic resolution cryo-EM structures of nine flagellar filaments, and begin to shed light on the molecular basis of filament switching. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8848MC ![]() 8847C ![]() 8849C ![]() 8850C ![]() 8851C ![]() 8852C ![]() 8853C ![]() 8855C ![]() 8856C ![]() 5wjtC ![]() 5wjvC ![]() 5wjwC ![]() 5wjxC ![]() 5wjyC ![]() 5wjzC ![]() 5wk5C ![]() 5wk6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 20 / Rise per n subunits: 4.65 Å / Rotation per n subunits: 65.81 °) |
詳細 | A helical assembly can be generated by applying the helical parameters to a single subunit, e.g., chain A. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32713.383 Da / 分子数: 46 / 変異: A39V,N133H,T209C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Bacillus subtilis flagella filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: Imidazole buffer |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: negative stain |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 詳細: Images were stored containing seven parts, where each part represented a set of frames corresponding to a dose of ~20 electrons per Angstrom^2. The full dose image stack was used for the ...詳細: Images were stored containing seven parts, where each part represented a set of frames corresponding to a dose of ~20 electrons per Angstrom^2. The full dose image stack was used for the estimation of the CTF as well as for boxing filaments. Only the first two parts were used for the reconstruction (~5 electrons per Angstrom^2). |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2471: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 65.81 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.65 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 134766 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: model-map FSC 0.38 cut-off / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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