PDB-5wjo: Crystal structure of the unliganded PG90 TCR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wjo

タイトル

Crystal structure of the unliganded PG90 TCR

要素

PG90 TCR alpha chain
PG90 TCR beta chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T Cell Receptor / heterodimer.

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shahine, A. / Gras, S. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: A molecular basis of human T cell receptor autoreactivity toward self-phospholipids.
著者: Shahine, A. / Van Rhijn, I. / Cheng, T.Y. / Iwany, S. / Gras, S. / Moody, D.B. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2017年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wjo.cif.gz	355.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wjo.ent.gz	290.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wjo_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wjo_full_validation.pdf.gz	476.7 KB	表示
XML形式データ	5wjo_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	5wjo_validation.cif.gz	50.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wkeC 5wkgC 5wkiC 5wl1C 1mi5S 3dxaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5iw1-3 4x6b-2 5mbs-d 2vlm-d 4gg8-2 2ial-1 3axl-1 3vvf-d 3rev-d 6cph-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PG90 TCR alpha chain

B: PG90 TCR beta chain

C: PG90 TCR alpha chain

D: PG90 TCR beta chain

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PG90 TCR alpha chain

B: PG90 TCR beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: PG90 TCR alpha chain

D: PG90 TCR beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.150, 128.080, 169.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	PG90 TCR alpha chain 分子量: 22839.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#2: タンパク質	PG90 TCR beta chain 分子量: 27791.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)

-
非ポリマー , 4種, 377分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.29 % / 解説: Single rod shape
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.2M Magnesium Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→39.18 Å / Num. obs: 32046 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 48.6 Å² / CC_1/2: 0.982 / R_pim(I) all: 0.0129 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3558 / CC_1/2: 0.607 / R_pim(I) all: 0.0567 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DXA, 1MI5

3dxa

1mi5

解像度: 2.5→39.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.27 / SU R_free Blow DPI: 0.276 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.273

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	1625	5.07 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.209	32046	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.8034 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.1822 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.6212 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→39.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6791	0	28	365	7184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	7052	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	9598	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3194	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		191	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1023	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		7052	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.95
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.02
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		921	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		7814	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.58 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	130	4.44 %
R_work	0.243	2797	-
all	0.246	2927	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5399	-0.2921	0.3379	0.2169	0.1824	0	-0.0062	0.0331	-0.0428	0.0131	-0.0087	-0.0131	-0.0274	-0.0289	0.0149	-0.0295	-0.0379	0.0131	-0.0026	-0.0226	-0.0152	16.8959	26.9472	-40.3168
2	0.7968	-0.2494	0.22	0.2462	0.4558	0.073	-0.0256	0.0019	0.006	0.0252	-0.0048	-0.0038	0.0149	-0.025	0.0304	-0.0025	-0.0094	0.03	-0.0197	-0.0098	-0.0284	31.171	31.3299	-27.6182
3	0.42	0.085	0.039	0	0.2929	0.5957	0.011	-0.008	0.0284	-0.0096	-0.0005	-0.0221	-0.0134	0.0171	-0.0104	-0.0411	0.0043	0.0283	0.0352	-0.043	-0.0452	27.6768	-17.5088	-6.894
4	0.1991	0.0829	0.1283	0.3198	0.2087	0.2362	0.0217	0.0067	0.0513	-0.0231	0.015	0.0113	-0.0398	-0.0037	-0.0367	-0.0178	-0.0114	0.0611	-0.0047	-0.0605	-0.0017	13.5024	-4.1105	-5.8046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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