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- PDB-5wjf: Crystal structure of murine 4-1BB from HEK293T cells in P21212 sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wjf
タイトルCrystal structure of murine 4-1BB from HEK293T cells in P21212 space group
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Tumor necrosis factor / apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / signaling receptor activity / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zajonc, D.M. / Doukov, T. / Bitra, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of murine 4-1BB and its interaction with 4-1BBL support a role for galectin-9 in 4-1BB signaling.
著者: Bitra, A. / Doukov, T. / Wang, J. / Picarda, G. / Benedict, C.A. / Croft, M. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2017年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9167
ポリマ－31,2882
非ポリマー6295
水1,40578
1
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9894
ポリマ－15,6441
非ポリマー3453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9273
ポリマ－15,6441
非ポリマー2832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.050, 67.760, 87.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / T-cell antigen 4-1BB


分子量: 15643.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfrsf9, Cd137, Ila, Ly63
発現宿主: Mammalian expression vector pcDNA3-N-HA-LIC (その他)
参照: UniProt: P20334
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M bicine and 30% W/V PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 2 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月24日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal monochromator, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→17.9 Å / Num. obs: 26227 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 70.055 % / Biso Wilson estimate: 57.135 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 33.04
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.49-2.5539.4152.3571.517270.5922.38888.5
2.55-2.6268.8551.6463.319310.9661.658100
2.62-2.770.9451.3154.3318390.9771.324100
2.7-2.7870.381.0195.6617880.9891.02699.9
2.78-2.8766.4740.8696.7217440.9890.87699.8
2.87-2.9773.3070.57810.3417020.9950.582100
2.97-3.0872.9510.44613.7116470.9970.449100
3.08-3.2171.6220.35317.4115570.9970.355100
3.21-3.3567.3770.25922.8615180.9990.261100
3.35-3.5275.7430.19232.0214140.9990.19399.9
3.52-3.7175.2540.14842.0413640.9990.149100
3.71-3.9373.9950.12252.6812980.9990.123100
3.93-4.268.3330.08864.55121810.089100
4.2-4.5478.4320.0876.63112310.08100
4.54-4.9777.5830.07980.89105310.079100
4.97-5.5675.1320.07980.0893810.079100
5.56-6.4272.030.08481.1983310.084100
6.42-7.8678.8010.06997.270010.069100
7.86-11.1271.4460.06103.2154210.061100
11.12-17.976.2750.043130.9129110.04397.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
BUCCANEERモデル構築
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→17.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 10.297 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.587 / ESU R Free: 0.349
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2876 1200 10.1 %RANDOM
Rwork0.2218 ---
obs0.2282 10728 95.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.21 Å2 / Biso mean: 57.379 Å2 / Biso min: 33.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.57 Å20 Å20 Å2
2--3.02 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→17.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1999 0 40 78 2117
Biso mean--89.65 56.51 -
残基数----269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192100
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1881.9662846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83534274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2575267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71224.09188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25515325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2761514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02475
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 78 -
Rwork0.273 698 -
all-776 -
obs--87.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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