PDB-5wj0: Phosphotriesterase variant S5+254R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wj0

タイトル

Phosphotriesterase variant S5+254R

要素

Phosphotriesterase

キーワード

HYDROLASE / phosphotriesterase / organophosphate hydrolase / epistasis / directed evolution / laboratory evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

aryldialkylphosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphotriesterase variant S5+254R
著者: Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.

履歴

登録	2017年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wj0.cif.gz	255.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wj0.ent.gz	204.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wj0_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wj0_full_validation.pdf.gz	480.7 KB	表示
XML形式データ	5wj0_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	5wj0_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cpcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vri-2 5wiz-d 5wcq-d 4pbf-d 5wcp-d 5wcr-d 5w3u-1 3fdk-1 4h9x-d 1hzy-d 5w3w-2 3urb-d 5w3z-1 4zst-d 6fwe-1 5vsa-1 4kev-2 2o4m-2 5wms-2 2oql-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase

G: Phosphotriesterase

ヘテロ分子

73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.327, 85.785, 88.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase 分子量: 35915.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GZX0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM NaCacodylate, 10% 2-methane-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→29.43 Å / Num. obs: 78576 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Net I/σ(I): 13.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CPC

4cpc

解像度: 1.65→29.427 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2483	4051	5.16 %
R_work	0.2151	-	-
obs	0.2168	78465	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4813	0	62	205	5080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5105
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.109	6921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.431	3049
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	808
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	886

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6694	0.3263	119	0.3248	2531	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6694-1.6898	0.3554	108	0.3083	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6898-1.7112	0.359	129	0.3306	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7112-1.7337	0.3511	141	0.3176	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7337-1.7574	0.3626	138	0.3057	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7574-1.7825	0.3549	123	0.2834	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7825-1.8091	0.2943	120	0.2887	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8091-1.8374	0.2792	131	0.2769	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8374-1.8675	0.2804	170	0.2599	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8675-1.8997	0.2956	130	0.266	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8997-1.9342	0.2749	154	0.2675	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9342-1.9714	0.3116	169	0.2662	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9714-2.0117	0.3208	125	0.2583	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0117-2.0554	0.2879	137	0.2492	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0554-2.1032	0.2543	138	0.2395	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1032-2.1558	0.2682	190	0.2335	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1558-2.214	0.2742	135	0.2337	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.2792	0.2894	130	0.2344	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2792-2.3527	0.2674	149	0.2306	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3527-2.4368	0.2454	102	0.2223	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4368-2.5343	0.2462	161	0.2132	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5343-2.6495	0.2319	159	0.2166	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6495-2.7891	0.2374	148	0.2125	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7891-2.9637	0.2319	135	0.2019	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9637-3.1923	0.2279	184	0.1977	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1923-3.5131	0.2356	136	0.1871	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5131-4.0203	0.1977	107	0.1702	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0203-5.061	0.1857	155	0.1578	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
5.061-29.4313	0.2166	128	0.1831	2804	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0225	0.0126	-0.0076	0.0101	0.0011	0.0062	0.0479	0.0231	0.1131	0.0367	-0.0018	-0.0253	-0.0111	0.0255	0.0044	0.1707	0.0054	-0.0065	0.0672	0.0241	0.1777	24.3954	26.6218	36.743
2	0.0835	-0.0223	-0.0064	0.0222	0.0113	0.0252	-0.0236	-0.02	-0.0239	0.037	0.0175	-0.0142	-0.0078	-0.0164	0.026	0.1568	-0.0077	0.0224	-0.1094	0.0053	0.1943	17.6049	18.1857	38.3977
3	0.0027	0.0005	0.0001	0.0015	0.0025	0.0037	0.0249	-0.0292	0.0016	0.0094	-0.0049	0.0036	0.0112	-0.0237	-0	0.2295	0.012	0.01	0.1281	-0.0038	0.2103	8.3868	25.0014	48.8461
4	0.0027	0.0002	-0.0025	0.0017	-0.0002	0.0014	0.0461	-0.0725	0.0359	0.0472	0.0015	0.0259	0.0261	-0.0109	-0	0.2378	-0.0573	0.0503	0.2339	-0.0374	0.1305	9.8107	24.3773	57.9176
5	0.0036	-0.0001	-0.0058	-0.0007	0.0014	0.0091	0.0489	-0.0071	0.0779	0.0023	-0.0051	0.0268	-0.0178	-0.0191	0.0285	0.208	0.0434	0.0375	0.0543	-0.0365	0.2686	12.6057	35.8532	39.6624
6	0.0042	0.0015	0.0011	0.0017	-0.0023	0.0044	0.0422	-0.1182	-0.0069	0.0527	-0.0906	-0.0082	-0.0089	0.0272	0	0.2308	-0.0395	-0.0008	0.1481	-0.0486	0.1516	19.8898	24.2675	57.4459
7	0.0011	0.0033	0.0009	0.0213	0.0025	0.0175	-0.0067	0.3065	0.0422	0.0234	-0.0172	-0.0468	0.0218	-0.0236	0.0015	0.1535	0.016	0.0078	0.349	0.041	0.1402	23.5157	19.8135	6.5183
8	0.0033	-0.0001	-0.0011	0.0001	0.0007	0.0009	-0.0066	0.0439	-0.0054	0.0031	-0.024	-0.0262	0.0032	0.0042	-0	0.1833	0.0463	0.0151	0.4128	-0.1056	0.1933	30.1644	10.1799	4.8203
9	0.0625	0.0231	-0.0072	0.0839	-0.0474	0.0374	-0.0368	0.3262	0.0663	-0.0162	0.0399	0.0185	-0.0257	-0.007	0.0159	0.1527	0.0262	-0.0426	0.4937	0.1438	0.0863	12.0544	26.0819	7.7914
10	0.0815	0.0094	-0.0489	0.0011	-0.0056	0.0298	0.0061	0.0587	-0.0169	-0.0143	0.0244	0.0117	0.009	-0.0028	0.1081	0.1149	-0.0104	-0.0315	0.5694	0.0235	0.0574	4.4345	13.5422	-6.9937
11	-0.0011	0.0057	0.0026	0.0888	0.0136	0.0026	0.0005	0.2584	0.0058	-0.0075	-0.0034	0.0026	0.0055	-0.0021	-0.0078	0.1964	0	-0.0029	0.6012	-0.0744	0.1415	16.2054	11.6504	-3.7045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 34 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 245 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 246 through 276 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 277 through 298 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 299 through 331 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 332 through 363 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 34 through 75 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 76 through 92 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 93 through 228 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 229 through 298 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 299 through 363 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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