PDB-5wcp: Phosphotriesterase variant S7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wcp

タイトル

Phosphotriesterase variant S7

要素

Phosphotriesterase

キーワード

HYDROLASE / phosphotriesterase / organophosphate hydrolase / epistasis / directed evolution / laboratory evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

aryldialkylphosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphotriesterase variant S7
著者: Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.

履歴

登録	2017年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wcp.cif.gz	279.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wcp.ent.gz	225.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5wcp_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wcp_full_validation.pdf.gz	485.4 KB	表示
XML形式データ	5wcp_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	5wcp_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5wmsC 4cpcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wj0-d 5w3z-1 5vri-2 5wiz-d 5vri-1 2vc7-2 6bhk-1 3urb-d 3fdk-1 5in9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase

G: Phosphotriesterase

ヘテロ分子

72.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.598, 85.954, 88.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase 分子量: 35743.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GZX0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM NaCacodylate, 10% 2-methane-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→29.481 Å / Num. obs: 104698 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 13.6 % / Net I/σ(I): 18.62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CPC

4cpc

解像度: 1.5→29.481 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1747	5318	5.08 %
R_work	0.1514	-	-
obs	0.1526	104642	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.481 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4778	0	62	393	5233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	5396
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.591	7369
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.873	3259
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	849
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.2684	164	0.2083	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
1.517-1.5349	0.2367	184	0.197	3247	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5349-1.5536	0.2255	197	0.1872	3239	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5536-1.5733	0.2009	170	0.1815	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.2039	181	0.1748	3250	X-RAY DIFFRACTION	99
1.594-1.6158	0.1986	176	0.1711	3289	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6158-1.6389	0.1918	174	0.1645	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.1905	165	0.1574	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6893	0.1984	176	0.1562	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6893-1.717	0.189	189	0.1529	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.717-1.7466	0.184	207	0.1468	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7466-1.7784	0.1884	168	0.148	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.1699	177	0.1466	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.187	170	0.1472	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8898	0.1941	177	0.1468	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8898-1.9338	0.1634	167	0.1446	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9821	0.1754	186	0.1414	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9821-2.0357	0.1862	182	0.1454	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0357-2.0956	0.1842	185	0.146	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0956-2.1632	0.1609	170	0.1404	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1632-2.2405	0.1586	175	0.1383	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2405-2.3301	0.192	163	0.1498	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3301-2.4361	0.179	173	0.1471	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4361-2.5645	0.1671	167	0.1547	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5645-2.7251	0.1723	169	0.1519	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7251-2.9353	0.1658	176	0.1486	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9353-3.2304	0.1723	167	0.15	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2304-3.6971	0.1561	186	0.1441	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6971-4.6549	0.1423	201	0.1324	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6549-29.4867	0.2046	176	0.177	3579	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0689	-0.2591	-0.2581	0.4473	0.0458	2.4274	0.0153	-0.0246	-0.0881	-0.0377	-0.0265	-0.0914	0.1999	0.1312	0.0301	0.1543	0.0002	0.0072	0.0855	0.0097	0.1816	24.5343	14.1238	6.9643
2	1.1626	-0.486	-0.3296	1.3021	0.4626	1.8754	0.0044	-0.0843	0.0645	0.0224	0.047	-0.1437	-0.0539	0.0378	-0.0585	0.1535	-0.0189	-0.011	0.1217	0.0095	0.1783	21.634	25.66	12.453
3	1.7161	-1.132	-0.161	2.1204	-0.1641	2.4519	0.0066	-0.1128	0.0618	-0.0341	0.0215	0.0134	-0.0057	-0.0634	-0.0195	0.1689	-0.036	0.0054	0.0948	-0.0015	0.1889	19.8854	27.3483	9.6408
4	1.2863	-0.8245	-0.1772	1.9005	0.1037	2.9201	-0.0194	0.0616	-0.0747	-0.1074	-0.0167	0.1533	-0.0192	-0.3358	0.0299	0.1794	-0.0109	-0.0069	0.128	0.0117	0.1973	10.4768	31.6269	0.5664
5	2.2049	-1.6337	1.1116	2.9041	0.8544	2.6462	0.1494	0.0688	-0.2786	-0.121	-0.0296	0.3674	0.2203	-0.2322	-0.0986	0.179	-0.0243	-0.0244	0.1458	-0.0051	0.1711	8.8374	20.025	-10.1763
6	0.6194	-0.0613	0.164	1.5943	0.8406	3.9875	0.0575	-0.1037	-0.2567	0.0709	-0.0746	0.0562	0.5286	-0.3921	0.0397	0.2445	-0.0575	-0.0194	0.1765	0.0121	0.2398	12.4385	7.5954	4.8206
7	4.4739	0.4077	0.5616	2.166	0.3294	4.6301	-0.0052	0.3675	-0.0119	-0.4149	-0.0257	0.0329	0.0073	0.1615	0.0188	0.2117	0.0554	0.0077	0.1482	0.0133	0.1435	19.8742	18.4559	-13.0404
8	1.0678	-0.185	0.0393	0.871	-0.1854	2.8578	-0.0536	-0.2835	-0.0875	0.0535	0.0647	-0.0313	0.0883	-0.0058	-0.0073	0.1467	-0.0042	-0.0089	0.2585	0.0031	0.1795	23.2191	22.7851	37.7644
9	1.1673	0.3036	0.125	1.3096	-0.0435	7.7777	0.0591	-0.3972	0.2045	0.1887	-0.0163	-0.137	-0.4374	0.5748	-0.0225	0.1994	-0.0414	-0.0296	0.3506	-0.055	0.2391	29.9441	32.3001	40.2855
10	1.4665	0.1052	0.4441	0.7926	0.0843	2.0654	-0.0644	-0.2351	0.0264	0.0096	0.0227	-0.107	-0.0487	0.0671	0.0364	0.15	0	0.0051	0.2737	0.0111	0.1599	21.5776	22.4899	36.9909
11	1.8091	0.4348	0.0956	1.2509	-0.2345	2.73	-0.1011	-0.1484	-0.0546	-0.0153	0.0765	0.0687	0.1692	-0.1795	0.0158	0.1968	-0.0341	0.0161	0.2704	0.0395	0.1861	10.3221	12.2712	32.4011
12	2.2408	1.2372	-0.387	1.5169	0.5002	2.4624	-0.0374	-0.0451	0.2086	-0.0027	0.0621	0.2971	-0.1903	-0.4137	-0.0382	0.1834	0.022	0.0094	0.4355	0.0479	0.2095	1.8566	20.0225	43.0312
13	2.255	1.232	-0.5473	1.5905	0.0018	1.4649	0.0478	-0.202	0.2592	0.0444	-0.0192	0.1091	-0.2	-0.1199	-0.0336	0.2082	0.0372	-0.0045	0.3952	0.0035	0.2159	3.0519	27.1989	49.1153
14	1.756	1.2837	-0.8309	3.438	0.023	1.2546	0.0516	-0.1624	0.2363	0.0131	0.0322	0.2835	-0.1986	-0.2833	-0.0692	0.2612	0.0619	-0.0089	0.4903	-0.0254	0.2285	6.0739	30.7175	55.4857
15	0.2665	-0.0012	-0.1703	1.2125	0.7453	5.4651	0.0316	-0.1836	0.1593	0.0019	-0.0206	0.023	-0.5911	-0.2475	-0.006	0.2492	0.035	-0	0.3386	-0.0383	0.2355	17.4568	36.8016	38.7939
16	1.212	-0.0596	-0.5394	0.6646	-1.0537	2.0713	0.031	-0.1982	0.0658	0.3538	-0.0136	-0.0079	-0.127	0.024	0.0041	0.187	0.018	-0.0001	0.3819	-0.0088	0.1548	14.4163	26.0691	57.4368

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 34 through 109 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 110 through 155 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 156 through 177 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 178 through 236 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 237 through 298 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 299 through 330 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 331 through 363 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 35 through 75 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 76 through 92 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 93 through 135 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 136 through 194 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 195 through 236 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 237 through 276 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'G' and (resid 277 through 298 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'G' and (resid 299 through 330 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'G' and (resid 331 through 362 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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