PDB-5wig: Structure of New Delhi Metallo-Beta-lactamase 4 (NDM-4)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wig

タイトル

Structure of New Delhi Metallo-Beta-lactamase 4 (NDM-4)

要素

NDM-4

キーワード

HYDROLASE / lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

VanPelt, J. / Williams, C. / Page, R.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2017
タイトル: Clinical Variants of New Delhi Metallo-beta-Lactamase Are Evolving To Overcome Zinc Scarcity.
著者: Stewart, A.C. / Bethel, C.R. / VanPelt, J. / Bergstrom, A. / Cheng, Z. / Miller, C.G. / Williams, C. / Poth, R. / Morris, M. / Lahey, O. / Nix, J.C. / Tierney, D.L. / Page, R.C. / Crowder, M. ...

履歴

登録	2017年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wig.cif.gz	200 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wig.ent.gz	157.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wig_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wig_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	5wig_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	5wig_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/5wig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/5wig	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wihC 4tyfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tzf-d 5ypi-6 8dfr-d 6d1j-d 6v1m-d 5ypk-3 6d1a-d 5zgy-d 5ypm-8 1dr1-d 1dr4-d 6tgd-2 5ypm-3 6d1d-d 6ogo-2 7ct2-2 6lj0-d 4rl0-3 6c89-2 4rbs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: NDM-4

B: NDM-4

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NDM-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, the monomer is the biological assembly
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NDM-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.414, 59.154, 84.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NDM-4 分子量: 24302.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0G2ST15, UniProt: C7C422*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M bis-tris, 20% polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→39.18 Å / Num. obs: 79231 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.68
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 7915 / CC_1/2: 0.396 / % possible all: 99.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4tyf

4tyf

解像度: 1.4→39.177 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2252	3826	2.51 %
R_work	0.2003	-	-
obs	0.2009	79231	97.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→39.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3393	0	4	608	4005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3542
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.473	4842
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.275	1244
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	647

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4177	0.4088	140	0.3823	5475	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4177-1.4364	0.3853	142	0.3793	5454	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4364-1.4561	0.4179	142	0.3629	5478	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4561-1.4769	0.3924	142	0.3554	5616	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4769-1.4989	0.2732	143	0.3362	5432	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4989-1.5223	0.3622	142	0.3284	5556	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5223-1.5473	0.3098	141	0.3159	5566	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5473-1.574	0.3078	142	0.2939	5516	X-RAY DIFFRACTION	99
1.574-1.6026	0.296	148	0.2896	5606	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6026-1.6334	0.2954	144	0.2703	5564	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6334-1.6668	0.3002	140	0.2611	5532	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6668-1.703	0.2685	140	0.2516	5516	X-RAY DIFFRACTION	98
1.703-1.7426	0.2602	147	0.2318	5623	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7426-1.7862	0.2333	141	0.2203	5626	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7862-1.8345	0.2439	146	0.208	5578	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8345-1.8885	0.2282	143	0.2032	5591	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8885-1.9494	0.2195	140	0.2018	5550	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9494-2.0191	0.2062	146	0.1851	5558	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0191-2.0999	0.2287	141	0.1787	5484	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0999-2.1955	0.2523	142	0.1769	5569	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1955-2.3112	0.2108	144	0.1862	5468	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3112-2.456	0.2042	141	0.1673	5453	X-RAY DIFFRACTION	97
2.456-2.6456	0.1921	138	0.1698	5424	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6456-2.9118	0.1895	142	0.1622	5437	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9118-3.3329	0.1976	143	0.1565	5362	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3329-4.1984	0.1459	138	0.1486	5319	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1984-39.1921	0.1761	128	0.1452	5079	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9176	1.7224	1.4437	5.6233	5.3664	7.2611	0.0045	-0.0918	0.1137	0.1428	-0.0224	0.4862	0.1116	-0.1954	0.0564	0.1437	-0.0171	0.0372	0.1273	0.0109	0.1879	-15.9082	36.5808	86.1304
2	2.508	-0.2521	0.3935	5.0563	0.4492	3.9083	-0.0364	-0.2317	-0.4361	0.2554	-0.0281	-0.0615	0.3891	0.1445	-0.0186	0.1223	-0.0191	0.0188	0.1178	0.0264	0.1661	-6.6216	28.6527	87.2206
3	1.7841	-1.2159	0.3452	5.2547	-0.5193	1.4991	0.0475	0.0799	0.0345	-0.1355	-0.0616	0.1254	-0.0303	-0.1246	0.0039	0.0811	0.0005	0.0098	0.084	0.0054	0.0853	-7.5823	40.5456	81.2176
4	1.1929	0.0412	-0.0775	2.1243	0.3375	1.2725	0.0664	-0.0633	0.0078	0.1689	-0.0292	-0.4722	0.0283	0.0565	-0.0391	0.12	-0.008	-0.0253	0.0944	0.0193	0.1881	6.9778	42.5465	86.7576
5	2.345	-1.2377	0.2359	4.328	-1.7244	1.4686	0.0998	-0.3185	-0.0784	0.5279	-0.0019	-0.2418	0.2019	-0.0524	-0.0929	0.3887	-0.0398	-0.0803	0.18	0.0034	0.1426	0.9875	35.5487	98.7436
6	0.5205	0.6328	0.2779	0.7685	0.3376	0.1482	0.15	-0.3432	-0.1552	0.6745	-0.0788	-0.1992	0.2641	0.0023	-0.0417	0.5443	-0.059	-0.0721	0.2463	0.0172	0.1609	-0.3161	36.668	104.1028
7	0.5056	1.4165	0.9257	4.7421	2.2636	2.2427	-0.0043	-0.0961	0.0977	0.0737	-0.0515	0.5446	0.0542	-0.2669	0.0642	0.0872	-0.0168	0.0167	0.1855	-0.0162	0.2604	-22.2297	35.8685	128.0265
8	5.2665	-3.8085	-1.8236	2.8094	1.3294	1.6331	-0.2064	-0.2134	-0.5467	0.2487	0.0181	0.3123	0.2866	0.0563	0.1605	0.1215	-0.0182	0.025	0.157	0.0088	0.2473	-12.1425	26.6739	129.1249
9	1.3495	-0.1555	0.1652	1.4036	-0.0487	0.677	-0.0171	0.0364	-0.0558	-0.0002	-0.0144	0.2689	0.0251	-0.1163	0.0188	0.0591	-0.0038	0.0062	0.1044	-0.0151	0.1306	-13.9998	39.9601	123.0735
10	0.6305	0.0887	0.2606	2.3208	0.4527	1.9027	-0	-0.0202	-0.0363	0.0178	-0.0113	-0.1205	0.0887	0.0155	0.0104	0.0387	-0.0097	0.0111	0.1009	0.0057	0.0868	0.508	41.7144	128.3605
11	2.3423	-0.8395	0.6829	3.5417	-1.4673	2.3289	-0.0497	-0.1585	-0.1472	0.2008	0.1	0.188	0.234	-0.1296	-0.0306	0.1598	-0.0299	0.0252	0.1618	-0.0085	0.082	-5.1448	35.0288	140.2033
12	3.2504	0.8895	0.4439	1.7384	-0.0469	4.0027	0.0492	-0.1739	-0.0928	0.3066	-0.0052	0.1791	0.0982	-0.1383	-0.0416	0.1533	-0.0079	0.0517	0.138	0.0111	0.088	-6.3871	35.713	145.5169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 194 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 195 through 228 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 229 through 270 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 42 through 57 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 58 through 70 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 71 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 119 through 194 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 195 through 228 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 229 through 270 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)