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- PDB-5wi9: Crystal structure of KL with an agonist Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wi9
タイトルCrystal structure of KL with an agonist Fab
要素
  • 39F7 Fab heavy chain
  • 39F7 Fab light chain
  • Beta-klotho
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta-klotho / scaffold protein / fibroblast growth factors
機能・相同性
機能・相同性情報


betaKlotho-mediated ligand binding / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / fibroblast growth factor receptor binding / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / PI3K Cascade / SHC-mediated cascade:FGFR4 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / FRS-mediated FGFR4 signaling ...betaKlotho-mediated ligand binding / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / fibroblast growth factor receptor binding / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / PI3K Cascade / SHC-mediated cascade:FGFR4 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / FRS-mediated FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / carbohydrate metabolic process / positive regulation of cell population proliferation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Johnstone, S. / Min, X. / Wang, Z.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Agonistic beta-Klotho antibody mimics fibroblast growth factor 21 (FGF21) functions.
著者: Min, X. / Weiszmann, J. / Johnstone, S. / Wang, W. / Yu, X. / Romanow, W. / Thibault, S. / Li, Y. / Wang, Z.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-klotho
B: Beta-klotho
L: 39F7 Fab light chain
H: 39F7 Fab heavy chain
E: 39F7 Fab light chain
F: 39F7 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,53421
ポリマ－203,6346
非ポリマー1,90015
水2,810156
1
A: Beta-klotho
L: 39F7 Fab light chain
H: 39F7 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,11614
ポリマ－101,8173
非ポリマー1,29911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area33320 Å2
手法PISA
2
B: Beta-klotho
E: 39F7 Fab light chain
F: 39F7 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4187
ポリマ－101,8173
非ポリマー6014
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area34070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.018, 68.465, 147.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 LEHF

#2: 抗体 39F7 Fab light chain


分子量: 23240.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 39F7 Fab heavy chain


分子量: 24111.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Beta-klotho / BetaKlotho / Klotho beta-like protein


分子量: 54465.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLB
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q86Z14
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 167分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 60307 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / CC1/2: 0.617 / Rpim(I) all: 0.547 / Rrim(I) all: 1.073 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.6データスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 16.136 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.2 / ESU R Free: 0.361
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 2979 4.9 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.2183 57323 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.53 Å2 / Biso mean: 47.553 Å2 / Biso min: 8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å20 Å2-1.81 Å2
2--3.55 Å2-0 Å2
3----2.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13280 0 120 156 13556
Biso mean--57.51 26.92 -
残基数----1680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01913773
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.93818682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.025329121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.59851667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95823.659615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.968152163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5491565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.22001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023346
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 192 -
Rwork0.319 4221 -
all-4413 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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