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万見
- PDB-5wi5: 2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wi5
タイトル2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Streptococcus pneumoniae in Complex with Uridine-diphosphate-2(n-acetylglucosaminyl) butyric acid, (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid and Magnesium.
要素UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Uridine-diphosphate-2(n-acetylglucosaminyl) butyric acid / (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid / Magnesium
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / : / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid / Chem-EPU / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Streptococcus pneumoniae in Complex with Uridine-diphosphate-2(n-acetylglucosaminyl) ...タイトル: 2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Streptococcus pneumoniae in Complex with Uridine-diphosphate-2(n-acetylglucosaminyl) butyric acid, (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid and Magnesium.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,26316
ポリマ－184,7764
非ポリマー3,48712
水11,476637
1
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0664
ポリマ－46,1941
非ポリマー8723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0664
ポリマ－46,1941
非ポリマー8723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0664
ポリマ－46,1941
非ポリマー8723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0664
ポリマ－46,1941
非ポリマー8723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1328
ポリマ－92,3882
非ポリマー1,7446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area29280 Å2
手法PISA
6
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1328
ポリマ－92,3882
非ポリマー1,7446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area29530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.243, 80.130, 126.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA1 - 4224 - 425
21ALAALABB1 - 4224 - 425
12ILEILEAA1 - 4204 - 423
22ILEILECC1 - 4204 - 423
13ALAALAAA1 - 4224 - 425
23ALAALADD1 - 4224 - 425
14ILEILEBB1 - 4204 - 423
24ILEILECC1 - 4204 - 423
15ALAALABB1 - 4224 - 425
25ALAALADD1 - 4224 - 425
16ILEILECC1 - 4204 - 423
26ILEILEDD1 - 4204 - 423

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1 / Enoylpyruvate transferase 1 / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase 1 / EPT 1


分子量: 46194.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: murA1, murA, SP_1966 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic
参照: UniProt: Q97NQ4, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-0V5 / (2R)-2-(phosphonooxy)propanoic acid / (+)-2-O-ホスホノ-D-乳酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EPU / URIDINE-DIPHOSPHATE-2(N-ACETYLGLUCOSAMINYL) BUTYRIC ACID / ENOLPYRUVYL-URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / N-アセチル-1-O-[(5′-ウリジリルオキシ)ヒドロキシホスフィニル]-3-O-(1-カルボキシエテニル)-α-D(以下略)


分子量: 677.400 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N3O19P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 8.2 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: PACT (B4), 0.01M MIB buffer (pH 7.0), 25% (w/v) PEG 1500.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月12日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 113220 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.076 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.756 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 5600 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.405 / Rsym value: 0.756 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SG1

3sg1


解像度: 2→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.668 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26625 5833 5.2 %RANDOM
Rwork0.22225 ---
obs0.22457 107143 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å20 Å20.14 Å2
2---2.21 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12687 0 220 637 13544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01913195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.98717894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886329511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.03651705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.21424.712520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.922152323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9771576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.0214585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.022403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8075.0016799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.80856798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7677.4758511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.7677.4768512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7195.3666396
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7195.3666395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0677.8919384
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.51759.49414315
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.52359.52514192
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A265600.08
12B265600.08
21A261300.08
22C261300.08
31A265680.07
32D265680.07
41B256780.1
42C256780.1
51B258400.09
52D258400.09
61C257580.08
62D257580.08
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 425 -
Rwork0.301 7624 -
obs--96.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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